وSTEPS هو عبارة عن حزمة لمحاكاة مؤشر ستوكاستيك الدقيقة لأنظمة رد فعل نشر في هندستها 3D معقدة بصورة تعسفية. لدينا خوارزمية محاكاة الأساسية هي تنفيذ SSA غيليسبي، وسعت للتعامل مع انتشار الجزيئات على عناصر من شبكة رباعي السطوح 3D.في حين وضعت أساسا لمحاكاة نماذج مفصلة لمسارات الإشارات العصبية في التشعبات وحول نقاط الاشتباك...
التابير هو أداة بايثون الذي يحتوي برامج لتقدير ومؤامرة informativeness النشوء والتطور لمجموعات البيانات الكبيرة.نقلا عن التابيرعند استخدام التابير، يرجى ذكر:- فيركلوث قبل الميلاد، وتشانغ J، الفارو ME: التابير يمكن تحليل إنتاجية عالية من informativeness النشوء والتطور.- تاونسند JP: التنميط informativeness النشوء...
picme هو حزمة بايثون الذي يحتوي برامج لتقدير ومؤامرة informativeness النشوء والتطور لمجموعات البيانات الكبيرة.تركيبفي الوقت الحالي، وأسهل طريقة لتثبيت البرنامج هي:بوابة استنساخ بوابة: //github.com/faircloth-lab/picme.git / مسار / إلى / picmeلتشغيل الاختبارات:مؤتمر نزع السلاح / مسار / إلى / picme /اختبار الثعبان /...
tigreBrowser هو التعبير الجيني متصفح نموذج للحصول على نتائج من حزمة R تيغري (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).التركيب:يتطلب tigreBrowser بيثون الإصدار> = 2.5. يمكن تركيبها tigreBrowser مع الأمر التالي:بيثون setup.py تثبيتلمزيد من المعلومات حول تثبيت وحدات بيثون (على سبيل المثال،...
checkmyclones هي البرامج التي توفر أدوات للتحقق سانجر نتائج التسلسل على & nbsp؛. (أو أي نص عادي أو ملفات FASTQ) ضد مجموعة من متواليات إشارة، المنصوص عليها في أي شكل معقول (بما في ذلك الإحداثيات) المتطلبات: ...
Syntainia هو التطبيق المبتكر لرؤية الجينوم متعددة على & nbsp؛ وهو يقدم واجهة مستخدم بسيطة وبديهية لعرض والتلاعب علاقات بين مجموعات من الجينات. مع التصور الجينات أكثر وضوحا، فإنه من السهل على الباحث لتحديد حفظ تصاحب جيني بين الجينوم متعددة. Syntainia هو تطبيق سطح المكتب التي تبدو كبيرة وتدير على نحو سلس على ويندوز،...
واتفاقية حظر الأسلحة الكيميائية محاكي هو C ++ تنفيذ اتفاقية حظر الأسلحة الكيميائية، وحساب التفاضل والتكامل للتمثيل ومحاكاة النظم البيولوجية على & nbsp؛ وبعد نجاح التثبيت (راجع تثبيت) عليك أن تكون قادرا على تشغيل المحاكاة على النماذج اتفاقية الأسلحة الكيميائية، كما هو مبين في بعض الأمثلة (انظر الأمثلة /).(سطر الأوامر)...
AREM هو على أساس MACS (التحليل القائم على نموذج للبيانات ذات رقاقة وما يليها).ويستخدم على نطاق واسع عالية الإنتاجية تسلسل بالإضافة إلى هطول الأمطار المناعية لونين (رقاقة تسلسل) في وصف الجينوم على نطاق أنماط ملزمة عوامل النسخ، والعوامل المساعدة، معدلات الكروماتين، وغيرها من البروتينات الحمض النووي ملزم. خطوة رئيسية في...
AHREA هو مجموعة sofware أن يجعل من العثور على التعبير النسبي المتعلمين سهلا. هو مكتوب في بيثون المتطلبات:. ...
نظام خلية E هو مفهوم بناء الخلايا الظاهرية على أجهزة الكمبيوتر.نظام خلية E هو مجموعة البرمجيات وجوه المنحى لالنمذجة، والمحاكاة، وتحليل النظم المعقدة على نطاق واسع مثل الخلايا البيولوجية، هندستها من قبل Kouichi تاكاهاشي وتأليف فريق رائع من المطورين. جزءا أساسيا من النظام، خلية E محاكاة البيئة الإصدار 3، يسمح العديد من...
