وختم هو وحدة بيثون أن يوفر محاذاة تسلسل على Hadoop.ختم هو من مابريديوس طلب محاذاة تسلسل البيولوجية. أنه يعمل على Hadoop (http://hadoop.apache.org) من خلال Pydoop (http://pydoop.sourceforge.net)، وهو API بيثون مابريديوس وHDFS لHadoop المتطلبات:. ...
وTRMiner هو أداة بايثون الذي يهدف إلى القيمين البيانات العلمية على & nbsp؛. انها تسمح لتقليم بسرعة مجموعات كبيرة من المنشورات العلمية لأحكام ذات الصلة من أجل هدف التعدين معين.ويتحقق هذا في خطوتين. أولا، وtranlated النصوص على شكل سلاسل من رموز للكلمات ذات الصلة. ثانيا، يتم البحث أنماط التعبير العادية في تسلسل رمزية....
وPysam هو وحدة بيثون للقراءة والتلاعب Samfiles & nbsp؛ يمكنك انها المجمع خفيفة الوزن من samtools C-API.دليل البدء السريع هو هنا. وثائق أكثر تفصيلا متاحة هنا.الأسئلة والتعليقات هي موضع ترحيب للغاية وينبغي أن ترسل إلى مجموعة المستخدمين pysam في http://groups.google.com/group/pysam-user-groupWhat هو الجديد في هذا...
وPySCeS هو مشروع وضعته الثلاثي J المجموعة للخلية الجزيئية علم وظائف الأعضاء على & nbsp؛ من أجل محاولة نموذج وفهم العمليات والأنظمة المعقدة التي تشكل الخلية الحية الميزات:. ونص يستند وصف نموذج اللغة.وحدة تحليل الهيكلية.تكامل لمحاكاة الوقتيحلون غير الخطية لتحليل الحالة المستقرةوحدة نمطية لأداء التمثيل الغذائي تحليل...
والقوبيون هو خلق API بيثون لقراءة ملفات البيانات الثنائية باستخدام إطار إدارة البيانات القوبيون المقبل جنرال.عادة، ويأتي هذا الدليل كجزء من حزمة القوبيون كاملة، والمتاحة من:على & nbsp؛ المتشعب: //goby.campagnelab.org/وتتضمن حزمة كاملة شفرة المصدر جافا. إذا قمت بتحميل هذه الحزمة من PyPI أو بعض المصادر بيثون محددة أخرى،...
وSSuMMo هي مكتبة من الوظائف مصممة حول تكرارا باستخدام hmmer لتعيين متواليات لأصناف & nbsp؛ يمكنك النتائج هي أشجار المشروح للغاية تظهر الأنواع / توزيع جنس داخل هذا المجتمع.البرامج المضمنة مع شفرة المصدر وتشمل الأدوات اللازمة ل: -- بناء قاعدة بيانات هرمية خفية نماذج ماركوف - dictify.py.- تخصيص متواليات لأسماء التصنيفية...
والجحور-ويلر أليجنر (BWA) هو برنامج فعال التي تؤيد تسلسل النوكليوتيدات قصيرة نسبيا ضد تسلسل إشارة طويلة مثل الجينوم البشري.البرنامج ينفذ اثنين من الخوارزميات،-BWA القصير وBWA-SW. الأعمال السابقة للاستعلام تتابعات أقصر من 200bp والثاني لمتواليات أطول تصل إلى حوالي 100kbp.كلا خوارزميات تفعل محاذاة شق. وهي عادة ما تكون...
وPEAT هو مجموعة من البرامج لالتقاط، وتوقع وتحليل الخصائص الفيزيائية الحيوية للبروتينات.انظر http://enzyme.ucd.ie/PEAT للتوثيق والتعليمات، لقطات الخ المتطلبات:. ...
وOpenElectrophy هو إطار لتسهيل التلاعب، وتخزين وتحليل البيانات الكهربية. يمكن استيراد البيانات من العديد من تنسيقات الملفات المختلفة وتخزينها في قاعدة بيانات SQL من نوع واحد.أدوات التحليل المدرجة في OpenELectrophy هي الكشف عن التذبذب وارتفاع الكشف. المزيد من التحليل يجب أن تكون مكتوبة ولكنها توفر OpenElectrophy مكتبة...
و(كائنات العصبية فرقة) NEO وغير مشروع لتوفير مجموعة مشتركة من الفئات الأساسية لاستخدامها في تحليل البيانات العصبي، وذلك بهدف الحصول على OpenElectrophy، NeuroTools ومشاريع أخرى ربما مع أهداف مماثلة أكثر قريبة من بعضها البعض.وقد تم تحديد اثنين من الأهداف الرئيسية حتى الآن:ونبسب؛ * المعلم الأول هو تحديد أسماء فئة...
