MetagenomeDB هي مكتبة بايثون مصممة لتخزين بسهولة، واسترداد وتعليم تسلسل metagenomic & nbsp؛ يمكنك MetagenomeDB تكون بمثابة طبقة تجريد فوق قاعدة بيانات MongoDB. أنه يوفر API لإنشاء وتعديل وربط نوعين من الكائنات، وهي سلاسل ومجموعات:
على & nbsp؛ * تسلسل (الدرجة تسلسل) يمكن أن يكون يقرأ، contigs، استنساخ PCR، الخ
على & nbsp؛ * مجموعات (فئة مجموعة) تمثل مجموعات من متواليات. على سبيل المثال، يقرأ الناتجة عن تسلسل عينة، contigs تجميعها من مجموعة من يقرأ، مكتبة PCR
يمكن المشروح أي كائن باستخدام بناء جملة مثل القاموس:
# أولا، واستيراد مكتبة
استيراد MetagenomeDB كما MDB
# ثم نقوم بإنشاء كائن تسلسل جديد مع اثنين
# (إلزامي) خصائص، 'اسم' و 'تسلسل'
الصورة = mdb.Sequence ({"اسم": "تسلسل بلدي"، "تسلسل": "atgc"})
# يمكن الآن المشروح الكائن
طباعة الصورة ["طول"]
الصورة ["نوع"] = "قراءة"
# تعديلها مرة واحدة، والهدف يحتاج إلى أن يلتزم
# لقاعدة البيانات للتعديلات على البقاء
s.commit ()
يمكن ان تكون مرتبطة كائنات من نوع تسلسل أو مجموعة مع بعضها البعض من أجل تمثيل مختلف مجموعات البيانات metagenomic. ومن الأمثلة على ذلك، ولكن لا تقتصر على:
على & nbsp؛ * مجموعة من يقرأ الناتجة عن تشغيل التسلسل (العلاقة بين تسلسل عدة كائنات ومجموعة واحدة)
على & nbsp؛ * مجموعة من contigs الناتجة عن تجميع مجموعة من يقرأ (العلاقة بين كائنين مجموعة)
على & nbsp؛ * يقرأ التي هي جزء من contig (العلاقة بين تسلسل عدة كائنات وتسلسل واحد)
على & nbsp؛ * تسلسل مشابه لتسلسل آخر (العلاقة بين اثنين من تسلسل الكائنات)
على & nbsp؛ * المجموعة التي هي جزء من مجموعة أكبر (العلاقة بين كائنين مجموعة)
والنتيجة هي شبكة من تسلسل وجمع، والتي يمكن استكشافها باستخدام طرق مخصصة. مجموعة التقييم المستقلة، Collection.list_sequences ()، Sequence.list_collections ()، Sequence.list_related_sequences (). كل واحد من هذه الأساليب السماح للمرشحات متطورة باستخدام بناء الجملة الاستعلام MongoDB:
# قائمة جميع المجموعات من نوع 'collection_of_reads "
# تسلسل الصورة "تنتمي إلى
مجموعات = s.list_collections ({"اكتب": "collection_of_reads"})
# قائمة جميع متواليات التي تنتمي أيضا إلى هذه المجموعات
# بطول لا يقل عن 50 سنة مضت
سكن ج في مجموعات:
على & nbsp؛ c.list_sequences الطباعة ({"طول": {"$ GT": 50}})
يوفر MetagenomeDB أيضا مجموعة من أدوات سطر الأوامر لاستيراد تسلسل النوكليوتيدات، سلاسل بروتين، BLAST والمواءمة FASTA خوارزميات الإخراج، والملفات الجمعية ACE. يتم توفير أدوات أخرى لإضافة أو إزالة كائنات متعددة، أو لتخصيصها
المتطلبات:.
بيثون
لم يتم العثور على التعليقات