AREM

AREM هو على أساس MACS (التحليل القائم على نموذج للبيانات ذات رقاقة وما يليها).
ويستخدم على نطاق واسع عالية الإنتاجية تسلسل بالإضافة إلى هطول الأمطار المناعية لونين (رقاقة تسلسل) في وصف الجينوم على نطاق أنماط ملزمة عوامل النسخ، والعوامل المساعدة، معدلات الكروماتين، وغيرها من البروتينات الحمض النووي ملزم. خطوة رئيسية في تحليل البيانات الشذرة يليها هي الخريطة باختصار يقرأ من الإنتاجية العالية التسلسل إلى الجينوم المرجعية وتحديد مناطق الذروة المخصب مع قصيرة يقرأ.
على الرغم من أن تم اقتراح عدة طرق للتحليل رقاقة وما يليها، معظم وسائل isting السابقين تنظر فقط يقرأ التي يمكن وضعها فريد في الجينوم المرجعية، وبالتالي لديها طاقة منخفضة للكشف عن القمم lo- تسلمت خلال تكرار متواليات. نحن هنا نقدم بنهج احتمالي لتحليل البيانات رقاقة يليها الذي يستخدم جميع يقرأ، تقديم وجهة نظر حقا الجينوم على نطاق أنماط ملزمة.
يقرأ على غرار باستخدام نموذج خليط الموافق K مناطق غنية وخلفية الجينومية فارغة. نستخدم أقصى احتمال لتقدير مواقع المناطق المخصب، وتنفيذ-تعظيم توقع (EM) آل gorithm، ودعا AREM، لتحديث الاحتمالات محاذاة كل قراءة إلى مواقع الجينومية مختلفة.
للحصول على معلومات إضافية، راجع ورقة لدينا في RECOMB 2011 أو زيارة موقعنا على الانترنت: http://cbcl.ics.uci.edu/AREM
ويستند AREM على شعبية MACS الذروة المتصل، كما هو موضح أدناه:
مع تحسن تقنيات التسلسل، وجاء لونين مناعي التي كتبها عالية الإنتاجية تسلسل (رقاقة تسلسل) تزداد شعبية لدراسة التفاعلات DNA البروتين على نطاق الجينوم. لمعالجة نقص قوي أسلوب التحليل رقاقة وما يليها، نقدم خوارزمية جديدة، واسمه التحليل الذي يعتمد الموديل رقاقة تسلسل (MACS)، لتحديد نص عامل مواقع الربط.
MACS يجسد تأثير تعقيد الجينوم لتقييم أهمية المناطق رقاقة التخصيب، وMACS يحسن القرار المكاني لمواقع الربط من خلال الجمع بين المعلومات من كلا التسلسل موقف العلامة والتوجه. MACS يمكن استخدامها بسهولة للبيانات ذات رقاقة وما يليها وحده، أو مع العينة الضابطة وذلك بارتفاع قدره خصوصية

المتطلبات:.

بيثون