وبدأ المشروع STEME الحياة كما تقريب للخوارزمية التوقع-Maximisation لنوع النموذج المستخدم في المكتشفون عزر مثل MEME.
STEME و؛ [س] EM تقريب يدير أمر من حجم أسرع من تنفيذ MEME لإعدادات المعلمة النموذجية. وقد وضعت STEME الآن إلى مكتشف عزر كامل العضوية في حد ذاتها.
لماذا استخدام STEME؟
تقنيات النتيجة عزر ثبت
ويستند STEME على خوارزمية MEME تمت تجربتها واختبارها. MEME هي واحدة من المكتشفون عزر الأكثر نضجا وشعبية. كان واحدا من أفضل البلدان أداء في تومبا وآخرون & [رسقوو]؛. المقارنة المرجعية الصورة من المكتشفون عزر.
مصممة لمجموعات البيانات الكبيرة
تم تصميم STEME لاستخدامها على نوع من مجموعات البيانات الكبيرة الناتجة عادة عن طريق التجارب البيولوجية الحديثة. وقد تم اختبار STEME على المدخلات في عشرات megabases، ولكن ليس هناك من سبب لماذا لا ينبغي أن تستخدم على مجموعات البيانات الكبيرة.
بسرعة
STEME سريع. عادة المكتشفون الحافز لديهم وقت التشغيل الذي ينمو بسرعة مع حجم المدخلات. بسبب STEME و؛ [س] استخدام الأشجار لاحقة أنها لا تعاني هذه المشكلة. يوفر STEME الخيارات للتحكم في وقت التشغيل بحيث يتحكم المستخدم متى انهم مستعدون لانتظار النتائج.
نماذج عزر مرنة
العديد من المكتشفون عزر (سريع وخاصة المكتشفون عزر سردي) استخدام تسلسل توافق في الآراء نماذج من مواقع الربط. هذه ليست مرنة مثل PWMs أن STEME الاستخدامات، ولا يمكن التقاط نفس مجموعة من الزخارف كما PWMs.
سهلة الاستخدام
STEME تنتج الانتاج في MEME &؛ [س] شكل راسخة مما يجعلها سهلة الاستخدام في أدوات المصب. وقد تم اختبار الصورة الإخراج مع الأدوات من MEME، بايو بايثون وBioPerl، STEME و [رسقوو].
حسابات أهمية دقيقة
تم تصميم الصورة حسابات أهمية مع مجموعات كبيرة من البيانات في الاعتبار؛ STEME و [رسقوو]. يمكن المكتشفون عزر التي لم يتم مكتوبة لمجموعات البيانات الكبيرة غالبا ما اخطأ الحساب بشدة على أهمية الزخارف وجدوا. وهذه مشكلة غدرا ولا سيما والثابت للمستخدم لتحديد.
كما تتوفر خدمة الإنترنت
STEME يمكن تركيبها محليا على الجهاز الخاص بك أو يمكن تشغيلها من خلال شبكة الإنترنت على خدمتنا.
حزمة الوثائق
المتطلبات:
بيثون
لم يتم العثور على التعليقات