CodonW هو برنامج مصمم لتبسيط التحليل متعدد المتغيرات (تحليل المراسلات) من استخدام كودون والأحماض الأمينية. كما تحسب المؤشرات القياسية للاستخدام كودون. انها على حد سواء القائمة واجهة سطر الأوامر.
كتب المشروع CodonW التي كتبها جون بيدن في مختبر بول شارب، قسم علم الوراثة في جامعة نوتنغهام. ويعمل جون في علم الوراثة البشرية ويعمل حاليا كمدير قاعدة بيانات ProCardis في WTCHG في جامعة أكسفورد.
وهنا بعض الملامح الرئيسية "CodonW":
· كتب في ANSI C متوافق
· القائمة مدفوعة
· عدد واسع من خيارات سطر الأوامر
شفرة وراثية مستقلة
· لا حدود ل
1. عدد من متواليات
طول 2. تسلسل
وتحسب مؤشرات استخدام كودون
مؤشر التكيف تسلسل معلومات النظام الجيني: 1. CAI
2. المتأنق: تردد من الكودونات الأمثل
3. نورث كارولاينا: عدد الفعال للكودونات
4. CBI: مؤشر التحيز تسلسل معلومات النظام الجيني
وتحسب مؤشرات الأحماض الأمينية
النتيجة 1. المرق
2. الأروماتية
وتحسب تحليل المراسلات
1. تسلسل معلومات النظام الجيني الاستخدام
2. RSCU (النسبي استخدام كودون مرادف)
3. استخدام حمض أميني
· تحليل المراسلات
1. يمكن أن تشمل / استبعاد الكودونات / الأحماض الأمينية
2. الحصول على تقارير مفصلة الاتجاهات
3. محاولات لتحديد الكودونات المثلى تلقائيا
4. يمكن أن تسمح بيانات إضافية مجموعات لتضاف
5. يسجل أي عدد من الاتجاهات
وتحسب المعلمات الجينات
1. طول جين
2. GC، GC3s وموقف كودون معين G + C
3. ثنائي النوكليوتيد التكوين (في جميع الأطر كودون ثلاثة)
4. استخدام حمض أميني
5. النسبي استخدام الأحماض الأمينية
6. تسلسل معلومات النظام الجيني الاستخدام
7. النسبي استخدام كودون مرادف
· يمكن يترجم المفهوم تسلسل البروتين
· تنسيقه تسلسل البيانات
· الإنسان أو آلة الانتاج قراءة
· يمكن لسلسلة الجينات (مع المحافظة على إطار القراءة) لحساب
1. استخدام كودون العام
2. محتوى GC
3. تكوين ثنائي النوكليوتيد
يولد جداول كودون، الأحماض الأمينية، أو استخدام RSCU
· حتى يمكن أن تساعدك على معرفة الشفرة الوراثية.
· وأكثر من ذلك
لم يتم العثور على التعليقات