وSSuMMo هي مكتبة من الوظائف مصممة حول تكرارا باستخدام hmmer لتعيين متواليات لأصناف & nbsp؛ يمكنك النتائج هي أشجار المشروح للغاية تظهر الأنواع / توزيع جنس داخل هذا المجتمع.
البرامج المضمنة مع شفرة المصدر وتشمل الأدوات اللازمة ل: -
- بناء قاعدة بيانات هرمية خفية نماذج ماركوف - dictify.py.
- تخصيص متواليات لأسماء التصنيفية المعترف بها - SSUMMO.py.
- تحليل التنوع البيولوجي، وذلك باستخدام سيمبسون، شانون والبعض rankAbundance.py methods-.
- تصور نتائج cladograms مع قدرة متميزة بسهولة عبر مقارنة مجموعات البيانات - comparative_results.py
- تحويل النتائج إلى تنسيق phyloxml: dict_to_phyloxml.py.
- تمثيل بناء أتش تي أم أل - dict_to_html.py.
- مؤامرة المنحنيات والفراغ، وحساب مؤشرات التنوع البيولوجي المقابلة
يتم توفير بيثون شفرة المصدر هنا، على مدونة جوجل. قاعدة البيانات التي سبق إنشاؤها الهرمية للHMMs، فضلا عن قاعدة بيانات SQL التصنيف الأمثل (التي تستخدم لاستنتاج صفوف كل الأصناف) ويمكن تحميلها من: - http://bioltfws1.york.ac.uk/ssummo/Download/
لتثبيت المعلومات، يرجى الرجوع إلى README. للحصول على معلومات الاستخدام، وهناك ويكي (أعلاه)، وتمت إضافة دليل المستخدم الأولي إلى جذع إس
المتطلبات:.
بيثون
لم يتم العثور على التعليقات