وبناء نظم مثل جعل كثير من الأحيان يتم استخدامها لإنشاء سير العمل المعقدة، على سبيل المثال في المعلوماتية الحيوية على & nbsp؛ وتهدف snakemake للحد من تعقيد خلق سير العمل من خلال توفير مجال اللغة نظيفة وحديثة محددة المواصفات (DSL) في الاسلوب الثعبان، جنبا إلى جنب مع بيئة تنفيذ سريعة ومريحة.
تركيب
- في أوبونتو 12.04، يمكنك تثبيت حزمة ديبيان python3-snakemake متوفرة في منطقتنا مستودع انطلاق.
- في الأنظمة الأخرى، تحتاج إلى تثبيت عمل بيثون> = 3.2. اعتمادا على النظام الخاص بك، ثم يمكنك تثبيت snakemake عن طريق إصدار إما easy_install snakemake أو easy_install3 snakemake في سطر الأوامر. إذا لم يكن لديك امتيازات المسؤول، إلقاء نظرة على --user حجة easy_install.
- وأخيرا، snakemake يمكن تثبيت يدويا عن طريق تحميل أرشيف شفرة المصدر من pypi.
استعمال
تقدم Snakemake لDSL بسيط لوصف سير العمل التي تخلق الملفات في عدة خطوات لاحقة:
عينات = ["01"، "02"]
# تعريف اختياريا دليل حيث يجب أن يتم إنجاز العمل.
workdir: "مسار / إلى / workdir"
# مماثل لجعل، تحديد قواعد وهمية والتي تكون بمثابة أهداف بناء.
حكم كل:
على & nbsp؛ الإدخال: "diffexpr.tsv"، ...
حكم تلخيص:
على & nbsp؛ الإدخال: "{عينة} .mapped.bam" .format (عينة = ق) لق في عينات
على & nbsp؛ الإخراج: "diffexpr.tsv"
على & nbsp؛ تشغيل:
على & nbsp؛ # ... توفير بعض رمز الثعبان لإنتاج الإخراج من ملفات الإدخال
على & nbsp؛ # e.g. ملفات الإدخال وصول المؤشر
على & nbsp؛ المدخلات [1]
على & nbsp؛ # القيم الوصول البدل
على & nbsp؛ wildcards.sample
على & nbsp؛ # بسهولة تشغيل الأوامر قذيفة تلقائيا باستخدام قذيفة الافتراضية الخاصة بك في حين وجود إمكانية الوصول المباشر
على & nbsp؛ # لكافة المتغيرات المحلية والعالمية عبر minilanguage شكل
على & nbsp؛ المواضيع = 6
على & nbsp؛ قذيفة ("--threads somecommand {المواضيع} {المدخلات [0]} {الانتاج [0]}")
حكم map_reads:
على & nbsp؛ # تعيين أسماء المدخلات والمخرجات الملفات
على & nbsp؛ الإدخال: يقرأ = "{عينة} .fastq"، hg19 = "hg19.fasta"
على & nbsp؛ # ملفات الإخراج علامة لتكون بعد إنشاء محمي ضد الكتابة
على & nbsp؛ الإخراج: تعيين = المحمية ("{عينة} .mapped.sai")
على & nbsp؛ # تعريف اختياريا الرسائل التي يتم عرضها بدلا من وصف القاعدة عام على تنفيذ حكم:
على & nbsp؛ الرسالة: "رسم الخرائط يقرأ إلى {input.hg19}"
على & nbsp؛ المواضيع: 8
على & nbsp؛ قذيفة:
على & nbsp؛ # تقدم مباشرة الأوامر قذيفة (في سلسلة خط متعددة أو واحدة) إن لم يكن هناك حاجة جملة الثعبان.
على & nbsp؛ # مرة أخرى، والمتغيرات العالمية والمحلية يمكن الوصول إليها عن طريق minilanguage الشكل.
على & nbsp؛ # وعلاوة على ذلك، عدد من المواضيع التي تستخدمها القاعدة يمكن تحديد. جدولة snakemake يضمن أن يتم تشغيل القاعدة مع عدد محدد من المواضيع إذا بذلت ما يكفي من النوى متوفرة عن طريق خيار سطر الأوامر -j.
على & nbsp؛ "" "
على & nbsp؛ التحالف ن. -t {المواضيع} {} {input.hg19 input.reads}> {} output.mapped
على & nbsp؛ بعض --other --command
على & nbsp؛ "" "
نظرا ل"Snakefile" مع مثل هذا النحو، سير العمل يمكن تنفيذ (على سبيل المثال باستخدام ما يصل إلى 6 عمليات موازية) من خلال issueing:
على & nbsp؛ snakemake -j6 -s Snakefile
لمزيد من التفاصيل الرجاء مراجعة دروس
الميزات:.
تحديد سير العمل بطريقة نصية عن طريق كتابة قواعد كيفية إنشاء ملفات الإخراج من ملفات الإدخال في بناء جملة استنادا الثعبان بسيط. وعلى النقيض من GNU جعل (والذي هو في المقام الأول نظام بناء)، snakemake يسمح قاعدة لإنشاء ملفات إخراج متعددة.
Snakemake تلقائيا بحساب التي تحتاج قواعد ليتم تنفيذها لإنشاء النتيجة المرجوة.
ويدعم كل من قذيفة قواعد تقوم وكذلك في بناء الجملة الثعبان الكامل داخل القاعدة. الأوامر قذيفة من الوصول المباشر إلى جميع المتغيرات الثعبان المحلية والعالمية.
مثل GNU جعل، snakemake يمكن جدولة عمليات الإعدام قاعدة موازية حيثما أمكن ذلك. وعلاوة على ذلك، أمور الحكم الموازاة يمكن الجمع بين داخل الحكم الموازاة (على سبيل المثال المواضيع) وsnakemake يضمن أن عدد النوى المستخدمة لا يتجاوز قيمة معينة.
الملفات يمكن أن تكون علامة مؤقت (أي أنها يمكن حذفها مرة واحدة لا حاجة إلى أي أكثر) أو المحمية (أي أنها سوف تكون محمية ضد الكتابة بعد الخلق).
يمكن أن تحتوي على المدخلات والمخرجات ملفات متعددة البدل اسمه.
المدخلات والمخرجات يمكن تسمية الملفات بحيث التصدي لها داخل القاعدة يصبح في متناول يدي.
ويتم إنجاز خريطة طريق الحد من مثل وظيفة باستخدام سهلة القراءة الثعبان تركيب قائمة الفهم.
كميزة تجريبية، snakemake يمكن تشغيلها على كتلة لتحديد تقديم الأوامر (على سبيل المثال qsub لصن الشبكة المحرك).
المتطلبات:
بيثون
لم يتم العثور على التعليقات