mpiBLAST هو التنفيذ المتوازي MPI أساس من NCBI BLAST. ويتكون المشروع من زوج من البرامج التي تحل محل formatdb وblastall مع الإصدارات التي تنفذ وظائف انفجار في نفس الوقت على مجموعة من أجهزة الكمبيوتر مع MPI تركيبها. هناك نوعان من المزايا الأساسية لاستخدام mpiBLAST مقابل BLAST التقليدي.
أولا، mpiBLAST يقسم قاعدة البيانات عبر كل عقدة في الكتلة. لأن شريحة كل عقدة من قاعدة البيانات هو أصغر يمكن أن يقيم عادة في المخزن المؤقت ذاكرة التخزين المؤقت، مما أسفر عن تسريع كبير بسبب القضاء على القرص I / O. ثانيا، فإنه يسمح للمستخدمين BLAST للاستفادة من كفاءة ومنخفضة التكلفة مجموعات بيوولف لمطالب الاتصالات interprocessor منخفضة.
mpiBLAST يحقق تسريع فائقة خطي في الحالات التي تكون فيها قاعدة بيانات كبيرة جدا لتناسب ذاكرة الوصول العشوائي، وبالقرب تسريع الخطي في حالات أخرى. أنها لا تتطلب مجموعة مخصصة.
المتطلبات:
لم يتم العثور على التعليقات