MetagenomeDB هي مكتبة بايثون مصممة لتخزين بسهولة، واسترداد وتعليم تسلسل metagenomic & nbsp؛ يمكنك MetagenomeDB تكون بمثابة طبقة تجريد فوق قاعدة بيانات MongoDB. أنه يوفر API لإنشاء وتعديل وربط نوعين من الكائنات، وهي سلاسل ومجموعات:على & nbsp؛ * تسلسل (الدرجة تسلسل) يمكن أن يكون يقرأ، contigs، استنساخ PCR، الخعلى &...
وSSuMMo هي مكتبة من الوظائف مصممة حول تكرارا باستخدام hmmer لتعيين متواليات لأصناف & nbsp؛ يمكنك النتائج هي أشجار المشروح للغاية تظهر الأنواع / توزيع جنس داخل هذا المجتمع.البرامج المضمنة مع شفرة المصدر وتشمل الأدوات اللازمة ل: -- بناء قاعدة بيانات هرمية خفية نماذج ماركوف - dictify.py.- تخصيص متواليات لأسماء التصنيفية...
tigreBrowser هو التعبير الجيني متصفح نموذج للحصول على نتائج من حزمة R تيغري (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).التركيب:يتطلب tigreBrowser بيثون الإصدار> = 2.5. يمكن تركيبها tigreBrowser مع الأمر التالي:بيثون setup.py تثبيتلمزيد من المعلومات حول تثبيت وحدات بيثون (على سبيل المثال،...
وMACS2 هو أداة تحليل نموذج يستند للبيانات ذات رقاقة وما يليها.مع تحسن تقنيات التسلسل، وجاء الكروماتين مناعي التي كتبها عالية الإنتاجية تسلسل (رقاقة تسلسل) تزداد شعبية لدراسة التفاعلات-DNA البروتين على نطاق الجينوم. لمعالجة نقص قوي أسلوب التحليل رقاقة وما يليها، نقدم خوارزمية جديدة، واسمه التحليل الذي يعتمد الموديل من...
وedittag هو جمع تطبيق لتصميم مجموعات من تعديل العلامات تسلسل متري، والتحقق من علامات تسلسل التشكل لتحرير متري، ودمج علامات تسلسل لمحولات التسلسل منصة محددة والاشعال PCR. edittag يختلف عن المناهج الأخرى:ونبسب؛ * edittag يولد أطوال التعسفية من الأكواد تسلسل تحرير المتري في أطر زمنية معقولة باستخدام المعالجة...
MacMolPlt هو برنامج الرسومات الحديثة بتهمة التآمر الهياكل الجزيئية 3-D وسائط العادية (الاهتزازات). الوسائل...
picme هو حزمة بايثون الذي يحتوي برامج لتقدير ومؤامرة informativeness النشوء والتطور لمجموعات البيانات الكبيرة.تركيبفي الوقت الحالي، وأسهل طريقة لتثبيت البرنامج هي:بوابة استنساخ بوابة: //github.com/faircloth-lab/picme.git / مسار / إلى / picmeلتشغيل الاختبارات:مؤتمر نزع السلاح / مسار / إلى / picme /اختبار الثعبان /...
SyntenyMiner هو تطبيق لتصور واستجواب مقارنات بين عدة تسلسل الجينوم كاملة. يوفر واجهة وجهة نظر للملاحة من المباريات لتسلسل الجينوم مرجعية. تسلسل مباريات بين الكروموسومات من جينومات مختلفة يمكن مزيد من البحث في سياق مؤامرة نقطة، وكشف عن rearragements الجينوم كبيرها وصغيرها النطاق بما في ذلك ظاهرة الانقلاب، الإدراج /...
ProteinShop هو أداة تفاعلية لمعالجة هياكل البروتين. وقد صمم هذا البرنامج بسرعة لخلق مجموعة من التشكيلات البروتين باستخدام المعرفة الإنسانية والحدس. هذه التكوينات يمكن أن تخضع لتحسين المحلي أو العالمي. على الرغم من أن ProteinShopلا يتم تنفيذ عملية التحسين العالمية نفسها، فإنه يوفرالإطار التي يمكن استخدامها للتفاعل مع...
وPySCeS هو مشروع وضعته الثلاثي J المجموعة للخلية الجزيئية علم وظائف الأعضاء على & nbsp؛ من أجل محاولة نموذج وفهم العمليات والأنظمة المعقدة التي تشكل الخلية الحية الميزات:. ونص يستند وصف نموذج اللغة.وحدة تحليل الهيكلية.تكامل لمحاكاة الوقتيحلون غير الخطية لتحليل الحالة المستقرةوحدة نمطية لأداء التمثيل الغذائي تحليل...
