مشروع Adun هو برنامج المحاكاة الجزيئية البيولوجية للمد يتضمن قدرات إدارة البيانات وتحليلها.يوفر Adun الخوارزميات والبروتوكولات المتقدمة لمحاكاة الجزيئية التي يمكن الوصول إليها من واجهة مستخدم بديهية ولكن أيضا من المستوى البرنامجي أكثر مرونة. أنها بنيت على الإطار Adun التي هي مكتبة قوية لخلق والتلاعب المحاكاة.ومع ذلك...
MacMolPlt هو برنامج الرسومات الحديثة بتهمة التآمر الهياكل الجزيئية 3-D وسائط العادية (الاهتزازات). الوسائل...
massXpert حزمة مطياف الكتلة هي بيئة مطياف الكتلة لالخطي (الحيوي) البوليمرات. فإنه يرث كل الابتكارات من GNU polyxmass، كما هو المنفذ لهذا المشروع لبيئة التطوير عبر منصة ما هو الجديد في هذا الإصدار:. تحسينات في XpertMiner الوحدة التي تجعل العمل مع القوائم أسهل.ثابت خلل الحساب التي ظهرت عند حساب الكتلة النظائر من...
والجحور-ويلر أليجنر (BWA) هو برنامج فعال التي تؤيد تسلسل النوكليوتيدات قصيرة نسبيا ضد تسلسل إشارة طويلة مثل الجينوم البشري.البرنامج ينفذ اثنين من الخوارزميات،-BWA القصير وBWA-SW. الأعمال السابقة للاستعلام تتابعات أقصر من 200bp والثاني لمتواليات أطول تصل إلى حوالي 100kbp.كلا خوارزميات تفعل محاذاة شق. وهي عادة ما تكون...
والقوبيون هو خلق API بيثون لقراءة ملفات البيانات الثنائية باستخدام إطار إدارة البيانات القوبيون المقبل جنرال.عادة، ويأتي هذا الدليل كجزء من حزمة القوبيون كاملة، والمتاحة من:على & nbsp؛ المتشعب: //goby.campagnelab.org/وتتضمن حزمة كاملة شفرة المصدر جافا. إذا قمت بتحميل هذه الحزمة من PyPI أو بعض المصادر بيثون محددة أخرى،...
وMACS2 هو أداة تحليل نموذج يستند للبيانات ذات رقاقة وما يليها.مع تحسن تقنيات التسلسل، وجاء الكروماتين مناعي التي كتبها عالية الإنتاجية تسلسل (رقاقة تسلسل) تزداد شعبية لدراسة التفاعلات-DNA البروتين على نطاق الجينوم. لمعالجة نقص قوي أسلوب التحليل رقاقة وما يليها، نقدم خوارزمية جديدة، واسمه التحليل الذي يعتمد الموديل من...
وPySCeS هو مشروع وضعته الثلاثي J المجموعة للخلية الجزيئية علم وظائف الأعضاء على & nbsp؛ من أجل محاولة نموذج وفهم العمليات والأنظمة المعقدة التي تشكل الخلية الحية الميزات:. ونص يستند وصف نموذج اللغة.وحدة تحليل الهيكلية.تكامل لمحاكاة الوقتيحلون غير الخطية لتحليل الحالة المستقرةوحدة نمطية لأداء التمثيل الغذائي تحليل...
وبدأ المشروع STEME الحياة كما تقريب للخوارزمية التوقع-Maximisation لنوع النموذج المستخدم في المكتشفون عزر مثل MEME.STEME و؛ [س] EM تقريب يدير أمر من حجم أسرع من تنفيذ MEME لإعدادات المعلمة النموذجية. وقد وضعت STEME الآن إلى مكتشف عزر كامل العضوية في حد ذاتها.لماذا استخدام STEME؟تقنيات النتيجة عزر ثبتويستند STEME على...
SyntenyMiner هو تطبيق لتصور واستجواب مقارنات بين عدة تسلسل الجينوم كاملة. يوفر واجهة وجهة نظر للملاحة من المباريات لتسلسل الجينوم مرجعية. تسلسل مباريات بين الكروموسومات من جينومات مختلفة يمكن مزيد من البحث في سياق مؤامرة نقطة، وكشف عن rearragements الجينوم كبيرها وصغيرها النطاق بما في ذلك ظاهرة الانقلاب، الإدراج /...
NetAtlas هو البرنامج المساعد Cytoscape التي تستخدم الأنسجة بيانات التعبير الجيني لتصفية شبكة الإشارات الخلوية. يحدد NetAtlas شبكات المعرفة من قبل الأنسجة، مكونات شبكة الأنسجة محددة، والمكونات مع التعبير مترابط عبر...
