وبابل فتح هو مفتوح المصدر، والتعاوني وحرة والمتعدد برامج المكتبة التي تم تصميمها لتكون بمثابة الأدوات الكيميائية المهندسة خصيصا للاعتراف العديد من اللغات من البيانات الكيميائية. هو ببساطة سماها ودقوو]؛ المفتوح الكيمياء أدوات وردقوو]؛. الميزات في glanceWith بابل فتح، سوف يكون المستخدمون قادرين على بحث وتحليل، تحويل، وتخزين البيانات من والكيمياء، والنمذجة الجزيئية والكيمياء الحيوية، وكذلك المجالات الأخرى ذات الصلة. وهو يدعم مجموعة واسعة من صيغ الملفات الكيميائية الشائعة، بما في ذلك Mol2، قوات الدفاع الذاتى / MOL، PDB، XYZ، SMILES، وCML.
وبالإضافة إلى ذلك، يوفر بابل فتح دعم أدوات، MIME الكيميائية مبرمج كامل متميز، وSMARTS المنظر، ذرة مرنة / من نوع السندات، حذف الهيدروجين وبالإضافة إلى ذلك، bitvector الطبقة، المصفوفة وناقلات التحولات، فضلا عن اختبار suite.Under الجزيئية غطاء محرك السيارة و هو مكتوب دعم التشغيل systemsOpen بابل تماما في C ++ لغة برمجة. انها و[رسقوو]؛ سا البرمجيات عبر منصة صحيح أن تدعم جنو / لينكس، BSD، وسولاريس، SGI، مايكروسوفت ويندوز وأنظمة التشغيل Mac OS X. دعم كلا 32 بت و 64 بت أجهزة الكمبيوتر رسميا في وقت كتابة التي this.Getting مع توسيع BabelFirst من كل شيء، ونحن نوصي بشدة لك لتثبيت بابل فتح باستخدام حزم ثنائي بنيت قبل من مستودعات البرمجيات الافتراضية الخاصة بك توزيعة لينكس. إذا كان لديك نظام جنو / لينكس دوسن & [رسقوو]؛ ر لديك برنامج بابل فتح في اتفاقيات إعادة الشراء لها، ثم قمت و[رسقوو]؛ سيكون لديك لتجميع وتركيب التطبيق باستخدام مصادر عالمية أرشفة المقدمة على Softoware.
تحميل كتل القطران (أرشيف tar.gz)، واستخراج ذلك على الموقع الذي تختاره، افتح محاكي الطرفية، انتقل إلى المجلد المستخرج وتنفيذ ودقوو]؛. & cmake ردقوو]؛ الأمر (بدون علامتي الاقتباس) لتكوين المشروع. ثم، يجب تشغيل ودقوو]؛ جعل وردقوو]؛ الأوامر، دون أن يستشهد، بطبيعة الحال، إلى ترجمة عليه. يرجى التأكد من أن الأداة CMake في تثبيت على نظام التشغيل الخاص بك قبل الإرشادات المذكورة أعلاه
ما هو الجديد في هذا الإصدار:.
ويمثل هذا الإصدار علة الإصلاح الإفراج كبير وينبغي أن يكون على ترقية مستقرة، ينصح بشدة لجميع مستخدمي بابل فتح. تم إضافة العديد من البق والتحسينات في العام الماضي منذ إصدار 2.3.0.
ما هو الجديد في الإصدار 2.2.2:
هذا الإصدار يمثل الإصدار الرئيسي علة الإصلاح وهو ترقية مستقرة، ينصح بشدة لجميع مستخدمي بابل فتح. في حين قد لا يكون هناك العديد من الميزات الجديدة، وقد تم إصلاح العديد من حوادث وغيرها من الحشرات منذ 2.2.1.
ترقية إلى الجديد إطلاق سراح InChI 1.02 لإنتاج موحد InChI وInChIKey الانتاج.
العديد من الأخطاء الفراغية ثابتة عند قراءة / كتابة SMILES. هذا هو جزء من مشروع أكبر والتي سوف يتم الانتهاء في الإصدار 2.3.
تجميع وتركيب ثابت على Cygwin ومينغو المنصات.
تحسن كبير في الأروماتية وKekule احالة السندات.
تحسين 2D - & GT. 3D تنسيق الجيل
تحسين تنسيق جيل باستخدام عملية سطر الأوامر --gen3d
تحسين الأداء لتنسيق جيل.
جديدة --fillUC العملية سطر الأوامر لبابل.
الإصلاحات لتعتمد على درجة الحموضة إضافة الهيدروجين.
واضاف لدعم قراءة البيانات الذبذبات من ملفات الإخراج مولدن، Molpro، وNWChem.
تحديث أنصاف أقطار ذرية من الحسابات النظرية الأخيرة.
علة ثابتة عند قراءة Mol2 أو XML ملفات مضغوطة GZIP.
ملفات قريبة بعد خطأ. إصلاح الخلل مع Pybel حيث ستبقى الملفات المفتوحة.
العديد من الإصلاحات والتحسينات المزيد من علة ميزة صغيرة. == تنسيقات الملفات الجديدة == استيراد والتصدير:
المدخلات والمخرجات Molpro.
VASP تنسيق الملفات (CONTCAR وPOSCAR).
ما هو الجديد في الإصدار 2.2.1:
تحسين واجهات البرمجة، بما في ذلك بيثون 3 دعم وتحسين جافا وC # الدعم.
واضاف لدعم بصمات MACCS. وبفضل هذا المشروع RDKit.
العديد من الإصلاحات والتحسينات على رمز الحقل القوة. على وجه الخصوص، ينبغي على التنفيذ الميداني القوة UFF التعامل مع العديد من الجزيئات.
تحسين 3D تنسيق جيل، لا سيما مع شظايا الحلبة. يمكنك ان تعطي هذه المحاولة مع الأداة المساعدة obgen.
ثابت مجموعة متنوعة من الأخطاء استيراد PDB مع أنواع الذرة.
واضاف لدعم القراءة التهم وأنصاف أقطار من تنسيقات الملفات PQR.
واضاف لدعم القراءة والكتابة وحدة الخلايا في الأشكال PDB.
الجديدة ومثل، إنتاج ومثل. تنسيق الملف لاتخاذ عامة ومثل، .out ومثل ؛، ومثل، .LOG ومثل ؛، و & مثل؛ دات ومثل. الملفات والقراءة مع نوع الملف المناسب على أساس المحتويات. حاليا يعمل بشكل جيد للغاية لحزم كيمياء الكم.
وأضاف تحسين معالجة الأخطاء والإبلاغ عند غير قادر على تحميل تنسيقات الملفات.
تحسين CIF دعم تنسيق الملف.
كثيرة، والكثير والكثير من إصلاحات الشوائب إضافية وتحسينات صغيرة.
لم يتم العثور على التعليقات