وأدوات تطوير الكيمياء (المعروف أيضا باسم معلمين) هو منصة مستقلة، توزع مجانا والبرمجيات مفتوحة المصدر مكتبة تنفيذها في جاوة ومصممة خصيصا للالمعلوماتية الحيوية الهيكلية، معلوماتية كيميائية والكيمياء الحسابية.
وهذا المشروع يتألف من مختلف الخوارزميات وهياكل البيانات مفيدة مصممة خصيصا للمبرمجين الذين يريدون انقاذ الكثير من الوقت والجهد عن طريق إعادة استخدام التعليمات البرمجية. لم يتم تصميم أدوات تطوير الكيمياء لاستخدامها من قبل المستخدمين النهائيين.
الميزات في لمحة
وتشمل السمات الرئيسية دعم القراءة والكتابة تنسيقات البيانات الكيميائية، ودعم تقديم البنى الكيميائية، ودعم QSAR (الهيكل الكمي وندش]؛ النشاط العلاقة). اصفات، وكذلك المدمج في خوارزميات لدعم نظرية الرسم البياني الكيميائية
لراحتك، يتم توزيع التطبيق كما ثنائيات بنيت قبل في شكل ملف JAR. لاستخدامها في مشروعك، ببساطة تحميل أحدث نسخة مستقرة من Softoware باستخدام الرابط السابق، حيث يمكنك أيضا العثور على البرنامج و[رسقوو]؛ [س] كتل القطران مصدر
سوف تجد
والمبرمجين معلومات مفصلة حول كيفية ترجمة البرنامج من مصادر، وكيفية إجراء اختبارات مختلفة، فضلا عن كيفية استخدامها في برامج أخرى في الملف ReadMe.txt الذي يقع داخل tar.gz ارشيف.
تحت غطاء محرك السيارة ودعمت انظمة التشغيل
وإلقاء نظرة تحت غطاء محرك السيارة من معلمين (كيمياء أدوات تطوير) البرنامج، يمكن أن نذكر أنه قد تم مكتوب تماما في لغة البرمجة جافا.
وحاليا، وهو متوافق تماما مع النكهات 32 بت و 64 بت من جنو / لينكس، مايكروسوفت ويندوز وأنظمة التشغيل Mac OS X. ومع ذلك، ينبغي أن تعمل على أي نظام تشغيل بدعم من بيئة جافا (JRE) & nbsp؛ و جافا أدوات تطوير (جدك) ونبسب؛ التقنيات
ما هو الجديد في هذا الاصدار:.
ويتم نقلها تهمة رسمية من IAtomcontainer إلى IMolecularFormula
علة ثابتة 2787332 تم تعيين مجموعة السندات القديمة في حساب المسؤول gasteiger ل
تحديث لإصلاح الخلل 2788357 SMARTSQueryTool أدرك الآن TokenMgrError في CONSTRUC
وأضاف taglet جديدة لمعالجة cdk.githash العلامة وصلة Javadocs لمصادر في بوابة الريبو
علامات cdk.svnrev تحديث لcdk.githash علامات
Bug_2787332. اختبار مضافة للجزيء التريكلوسان (InChI = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
إزالة عفا عليها الزمن كود العارض: إما استخدام معلمين-1.0.x أو jchempaint الابتدائي
اختبار واضاف لعلة 2786624 في جناح اختبار محلل
وصلات إلى صفحات وأضاف PMD
إضافة إلى ربط احصائيات JUnit
قائمة الفئات في وحدة، مع وصلات إضافة إلى الليلة @ بيليه
وأضاف أنشئت من أجل إنشاء صفحات HTML وحدة
وأضاف أنشئت من أجل إنشاء صفحات HTML وحدة
ما هو الجديد في النسخة 1.5.10:
ونقلها التهمة رسميا من IAtomcontainer إلى IMolecularFormula
علة ثابتة 2787332 تم تعيين مجموعة السندات القديمة في حساب المسؤول gasteiger ل
تحديث لإصلاح الخلل 2788357 SMARTSQueryTool أدرك الآن TokenMgrError في CONSTRUC
وأضاف taglet جديدة لمعالجة cdk.githash العلامة وصلة Javadocs لمصادر في بوابة الريبو
علامات cdk.svnrev تحديث لcdk.githash علامات
Bug_2787332. اختبار مضافة للجزيء التريكلوسان (InChI = 1S / C12H7Cl3O2 / c13-7-1-3-11
إزالة عفا عليها الزمن كود العارض: إما استخدام معلمين-1.0.x أو jchempaint الابتدائي
اختبار واضاف لعلة 2786624 في جناح اختبار محلل
وصلات إلى صفحات وأضاف PMD
إضافة إلى ربط احصائيات JUnit
قائمة الفئات في وحدة، مع وصلات إضافة إلى الليلة @ بيليه
وأضاف أنشئت من أجل إنشاء صفحات HTML وحدة
وأضاف أنشئت من أجل إنشاء صفحات HTML وحدة
ما هو الجديد في النسخة 1.2.2:
وصلات ثابتة. دون المستوى الأمثل، كما لا يزال ضمنية الطريق إلى مثيل ليلا واحد، ولكن ليس لدينا إطار XML بعد أن نلخص الأمور على كل Nightlies (تشغيل
تحديث رقم الإصدار
لا تسللوا اختبار أضاف لضمان IAtomContainers في طريق IMoleculeSet.add (IAtomContainerSet)
addAtomContainer الكتابة فوق (IAtomContainer، انقر نقرا) أيضا، بطرح IllegalArgumentException عندما يتم تمرير غير IMolecule-
الآن يطرح IllegalArgumentException عندما حاولت ذلك لتخزين IAtomContainer التي ليست IMolecule
وأضاف وحدة اختبار ل# 2784182
اختبار جديد مع ريزيربين
taglets مضافة للسلامة خيوط
مع ذرة واحدة أو أقل، نعرف أن تكون متصلا، حيث لا يوجد تقسيم الحاجة (إصلاحات # 2784209، NullPointerException على IAtomContainer مع أي ذرات)
وأضاف وحدة اختبار لعلة # 2784209 الذي فشل حاليا
عن إزالة أسماء حزمة org.openscience.cdk صريحة: يلقي شروط
عن إزالة أسماء حزمة org.openscience.cdk صريح
عن إزالة أسماء حزمة org.openscience.cdk صريحة: لorg.openscience.cdk.Foo الجديدة () المكالمات
إزالة صريحة org.openscience.cdk.interfaces حزم أسماء (إصلاحات # 2783549)
إزالة أسماء حزمة صريحة، لصالح الواردات، لorg.openscience.cdk في وحدة datadebug (إصلاحات # 2783549)
إزالة أسماء حزمة صريحة، لصالح الواردات، لorg.openscience.cdk في وحدة البيانات (إصلاحات # 2783549)
اندلاع الخيار العودية على AllRingsFinder من
استخراج من الصيغة عنصري سلسلة التهمة.
استخراج من الصيغة عنصري سلسلة التهمة.
المراقب المالي للكتلة عندما يكون خارج نطاق
تحديث لإضافة بذكاء من H إلى PLANAR3 N، يحدد علة 2781199
وأضاف اختبارا للعلة 2781199
بما في ذلك مكالمات إلى CDKException منشئ في غضون كتلة الصيد الآن باستثناء الجذرية للحفاظ على تتبع مكدس
بما في ذلك مكالمات إلى CDKException منشئ في غضون كتلة الصيد الآن باستثناء الجذرية للحفاظ على تتبع مكدس
بما في ذلك مكالمات إلى CDKException منشئ في غضون كتلة الصيد الآن باستثناء الجذرية للحفاظ على تتبع مكدس
بما في ذلك مكالمات إلى CDKException منشئ في غضون كتلة الصيد الآن باستثناء الجذرية للحفاظ على تتبع مكدس
بما في ذلك مكالمات إلى CDKException منشئ في غضون كتلة الصيد الآن باستثناء الجذرية للحفاظ على تتبع مكدس
بما في ذلك مكالمات إلى CDKException منشئ في غضون كتلة الصيد الآن باستثناء الجذرية للحفاظ على تتبع مكدس
بما في ذلك مكالمات إلى CDKException منشئ في غضون كتلة الصيد الآن باستثناء الجذرية للحفاظ على تتبع مكدس
بما في ذلك مكالمات إلى CDKException منشئ في غضون كتلة الصيد الآن باستثناء الجذرية للحفاظ على تتبع مكدس
بما في ذلك مكالمات إلى CDKException منشئ في غضون كتلة الصيد الآن باستثناء الجذرية للحفاظ على تتبع مكدس
يدعو إلى CDKException منشئ في غضون التقاط كتلة تضم الآن باستثناء الجذرية للحفاظ على تتبع مكدس
يدعو إلى CDKException منشئ في غضون التقاط كتلة تضم الآن باستثناء الجذرية للحفاظ على تتبع مكدس
يدعو إلى CDKException منشئ في غضون التقاط كتلة تضم الآن باستثناء الجذرية للحفاظ على تتبع مكدس
يدعو إلى CDKException منشئ في غضون التقاط كتلة تضم الآن باستثناء الجذرية للحفاظ على تتبع مكدس
يدعو إلى CDKException منشئ في غضون التقاط كتلة تضم الآن باستثناء الجذرية للحفاظ على تتبع مكدس
وأضاف وحدة الاختبار للتأكد من المجالات SD تقرأ لجميع الجزيئات
تقسيم الاختبار
ملفات جديدة
المزيد من الاختبارات للقراءة CML
وأضاف وحدة اختبار ل# 1848591: إطار Murcko غير صحيح
يلقي ثابت، وإزالة زائدة الاسم الكامل حزمة
وأضاف وحدة اختبار ل# 2692107
الخطأ المطبعي ثابت: مفقودة 'S'
ما هو الجديد في النسخة 1.2.1:
علة ثابتة 2714283، الذي يلقي صحيح استثناء عندما لا يتم إغلاق حلقات بشكل صحيح. إذا لم يتم إغلاق حلقة مع عدد الدائري المناسب، يتم طرح InvalidSmilesException. مباريات السلوك الصيفي
علة ثابتة 2729120 وأضاف اختبار وحدة
تعليق تحديث لإصلاح الخلل 2768643.
إصلاح جزئي لعلة 2719237. صنع getBondOrderSum ثابت، اختبار وحدة أضاف لذلك
الخطأ المطبعي: proteinl - & GT. بروتين
جعل الطبقة الجمهور، إلى UnbReAk إضافته إلى بناء / *. javafiles
ثابت جزئيا سمارتس مطابقة لR0. تحديث هدف جزيء التهيئة لتشير صراحة ذرات ليس في الحلبة، وأيضا تحديث ذرة RingMembership للقيام الاختيار الصريح عندما يتم تحديد R0. جزئيا على إصلاح الخلل 2587204
ثابت اختبار المساواة مشكوك فيها. وهناك طريقة خاصة يتحرى الأشياء مزدوجة عبر الإشارة. عملت بشكل جيد عندما كانوا فارغة. فشل عندما كنا في حاجة للمقارنة من حيث القيمة. يتم تحديث الرمز إلى أخذه بعين الاعتبار. وأضاف اختبار وحدة (وجعلنا طريقة حماية بحيث يمكن اختبار)
وأضاف اختبار طريقة الشرح. يكمل تغطية وحدة البيانات
ChiIndexUtils ريفاكتوريد لجعله حزمة الخاص. ينظف API العام، حيث يتم استخدامه فقط من قبل كود اصف تشي. تحديث كافة الطبقات التابعة. رمز اختبار انتقلت (الذي يحتاج الى شغل في!)، وكذلك
تنظيف مدونة ChiIndexUtils. تحويلها إلى 1.5 التعابير
تنظيف من PathTools وأضاف اختبار طريقة الشرح، بحيث يتم تغطية ذلك الجوهر تماما
الثابتة السابقة الالتزام تحرير سطر cdk.keyword، وليس خط cdk.module
كلمات أكثر اتساقا المستخدمة
وأضاف اختبار لضمان أن تتم مقارنة الأجسام عدد صحيح من حيث القيمة بدلا من الإشارة
وأضاف اختبارا للتأكد من أن بيانات الاختلاف حاوية ذرة صحيحة عند استخدام الأجسام إلغاء تسلسل
ثابت IntegerDifference بحيث فعلا يتحقق قيمة عدد صحيح بدلا من إشارات للجسم صحيح. حل المشكلة حيث كائن تسلسل إلى القرص ثم إلغاء تسلسل لا يطابق الكائن الأصلي (أي غير سلسلة فرق فارغة)
التصحيح التطبيقية # 2675819 (ستيفان كوهن): تصحيح لإضافة removeReaction إلى reactionSet
استخدام واجهة بدلا من تنفيذ
إزالة استيراد غير المستخدمة
استخدام IAtomContainer بدلا من IMolecule، ومطابقة الفعلي باستخدام IAtomContainers بالفعل (إصلاحات # 2686249)
إصلاح ClassCastException (إصلاحات # 2685134)
وأضاف المصدر attrib لإصلاح بناء ديب أوبونتو
الثابتة نظام المساعدة على بناء: استخدام دوكليت الجرار في develjar /. تحديث للمجلد SRC جديد SRC / الرئيسية. إزالة استخدام قديمة جدا من rt.jar
تشمل libdepends إزالة لاختبار ioformats، التي لم يكن لديك فعلا libdepends
تحديث بحيث إذا ذرة الهدف ليس لها برمز (مثل ذرات الزائفة) المباراة ترجع كاذبة (بدلا من NPE)
الثابتة التعامل السليم مع # N سمارتس querys
وأضاف اختبارا للعلة 2686473
مذكرة المضافة على 1.7.1 النملة المطلوبة
ثابت مصدر NPE: '== باطل 2' حدوث استثناء، لذلك أول اختبار لnullness
حقوق التأليف ثابت لعام 2009
الثابتة تخزين مكررة من قوالب التخطيط، والتي تنتمي فقط في وحدة جنيه، وليس وحدة إضافية أيضا
دمج فرع "local1.2" من ../../git-svn/cdk
ما هو الجديد في النسخة 1.2.0:
بإصلاح مشكلة القليلة سمارتس تحليل واستخدام الرموز من حرفين وIPseudoAtom في Fingerprinter، ويضيف 4 تعريفات نوع ذرة جديدة، لاليود والكبريت.
ما هو الجديد في النسخة 1.1.5:
في الغالب إصلاحات الشوائب.
ما هو الجديد في النسخة 1.1.4:
بوجفيكسيس صغيرة في الغالب.
ما هو الجديد في النسخة 1.1.1:
الاصلاحات صغيرة في الغالب ورمز العام تنظيف.
ما هو الجديد في النسخة 1.1.0:
الكثير والكثير من التغييرات.
المتطلبات:
جافا 2 الإصدار القياسي للبيئة وقت التشغيل
لم يتم العثور على التعليقات