وهذا المشروع مارفن يقدم مجموعة من الأدوات جافا للرسم، وعرض وتوصيف البنى الكيميائية، الأساسات وردود الفعل.
مارفن يمكن تركيبها بسهولة على سطح المكتب الخاص بك ومتكاملة بسلاسة في صفحات الويب وتطبيقات الطرف الثالث عبر واجهة برمجة التطبيقات (API).
وتتكون الأسرة مارفن من الأدوات التالية:
* MarvinSketch
* MarvinView
* MarvinSpace
* MolConverter
تطبيقات أو الفول؟
مارفن هو متاح في اثنين من الحزم حسب الاستخدام:
* مارفن بريمجات لالمطور على شبكة الإنترنت
* الفول مارفن لسطح المكتب الكيميائي وللمطور البرمجيات.
مارفن بريمجات هي أدوات لبناء صفحات الويب الكيميائية، والتي هي متوافقة مع معظم المتصفحات (إنترنت إكسبلورر، فايرفوكس، وسفاري، أوبرا، الخ) كما أنها توفر الوصول من / إلى جافا سكريبت وقابلة للتخصيص من قبل المعلمات الصغير.
الفول مارفن هي تطبيقات للتثبيت بسهولة لسطح المكتب وأدوات لدمج قدرات مارفن في أي تطبيق جافا
ما هو الجديد في هذا الإصدار:.
MarvinSketch:
البحث في قاعدة البيانات العام في chemicalize.org.
إمكانية لتغيير النظام يجند في MarvinSketch.
يمكن السيطرة عليها الضباب والنتيجة بطرق مختلفة:
هناك شريط التمرير على علامة التبويب عرض من مربع الحوار تفضيلات في رسم / عرض واجهة المستخدم الرسومية لضبط قوة الضباب تأثير ومربع لإيقاف التلقائي الضباب النتيجة.
وقدم الصغير والفاصوليا المعلمات: fogFactor، automaticFogEnabled. (منتدى الموضوع).
ربط إلى نقطة التعلق المجموعة لا فك تجميع تلقائيا Sgroup بعد الآن.
تحديد محتوى S-مجموعة: S-مجموعات متعددة والعامة يجب أن تحتوي على رسم بياني ثانوي كله بين السندات عبور بين قوسين.
تحديث المحتوى S-مجموعة إذا تغيرت مواقف قوس: إما قوسين أو بنية يتم نقل.
يتم التحقق من التضمين S-مجموعة والتداخل في تدقيق التناسق جزيء.
يدعم استيراد سمارتس الكربون الأليفاتية مع الرابطة المزدوجة (منتدى الموضوع).
SMILES استيراد / تصدير يدعم allenes.
توليد الاسم التقليدي لشظايا داخل مجمع أكبر (على سبيل المثال ومثل، هيدروبروميد ديكستروميتورفان ومثل؛).
دعم CAS تحويل عدد.
تحسين تصحيح OCR خطأ في DocumentExtractor (الفواصل في عداد المفقودين، misrecognized نوع قوسين، مسافات إضافية، ...).
النازع الوثيقة على وثائق PDF الآن يعطي رقم الصفحة من الزيارات.
تحسين الدعم لأسماء شائعة في هيكل إلى اسم واسم إلى الهيكل. زيادة الدعم العام للاسم استيراد بنحو 5٪ للمشترك و 10٪ للأسماء منهجية. يتم زيادة سرعة التحويل بنحو 20٪.
JChem ومارفن الفول تركيب ويندوز أيضا استخراج قذيفة النصي لسيغوين.
الحفاظ على مجموعات exocycyclic في أطر بيميس-Murcko.
الهالوجين يمكن أن يكون أكثر من اتصال أثناء تعداد.
وتعتبر السندات العطرية خلال حساب عدد من روابط مزدوجة لفحص الملكية التماثل.
يمكن تعيين وضع التحديد لاسو ليكون الافتراضي في MSketchPane (منتدى الموضوع).
وثمة وظيفة جديدة، تمت إضافة isChiral إلى TopologyAnalyzer.
شروط Chmical جديدة ظائف: isQuery ()، fieldAsString ().
بوجفيكسيس:
لم يتم تحديث المربع اسم بعد إنشاء مجموعة لإنشاء مجموعة لا يزيد العد التغيير ثابتة الرسم البياني (منتدى الموضوع).
لم تطبيق MarvinSketch لا يفهم ومثل، - {اسم} ومثل. معلمة سطر الأوامر.
عندما الهيكل & GT. البحث عن هيكلة تم استدعاء لينكس القائمة على الإنترنت، لا يمكن أن يتم الكشف عن المتصفح الافتراضي لعرض نتيجة (منتدى الموضوع).
تحميل الملف isotopes.data من ذاكرة التخزين المؤقت جافا فشل إذا تم تخزين نسخته غير مضغوط في ذاكرة التخزين المؤقت (أي إذا تم إجراء فك الضغط تلقائيا من قبل خادم الويب، وليس من قبل مارفن). المنتدى الموضوع والتوثيق.
وقد لا يتم عرض الكائنات الرسومية في النتيجة نافذة الهندسة البرنامج المساعد.
على السهم الإلكترون التدفق، وكان غاب عن المربع الأزرق لتسليط الضوء على (منتدى الموضوع).
لم يكن ظهور أجل يجند على منصة الاعدام إذا تم حذف تعريفات، حتى لو كان ومثل، ودائما مثل. تم تعيين خيار العرض لومثل، يجند أوامر ومثل. في مربع الحوار تفضيلات.
أصبح مؤشر للذرة متعددة المراكز الفاسدين بعد تصدير إلى تنسيق MDL مول إذا تم توصيله إلى المجموعة R.
السهم تمسك لحقت أضرار المستطيلات خلال MRV الاستيراد / التصدير (منتدى الموضوع).
استيراد 1-إلكتروني الببتيد فشل في الحامض الأميني واحد (منتدى الموضوع).
الهيدروجين ضمنية في عداد المفقودين عن طريق استيراد من SKC.
قيمة العقار فارغة من MolAtom لم يتم تصديره / المستوردة في شكل MRV.
عن طريق استيراد بعض SMARTS، تم تحديد الخطأ نوع السندات بدلا من السندات واحد أو العطرية.
تم عرض بعض الأقواس المستوردة من الملفات CDX تعادل في ChemDraw في الاتجاه الخاطئ.
تم تصدير 1-ذرة جار السندات واحد من عصابة العطرية كما السندات واحد بدلا من واحد / العطرية: SMARTS التصدير.
كانت تصدير الاستعلامات مع عقدة الارتباط وR-مجموعات في شكل SMARTS غير صحيحة.
كان التعامل مع ذرة H غامض في SMARTS التعبيرات.
فشل مول ملف تعليق الحقل الاستيراد.
استيراد بعض SMILES كان مخطئا (منتدى الموضوع).
إذا كان القالب يحتوي على جزء السلسلة التي يمكن أن يكون موجودا في الهدف كجزء من حلقة (أو نظام عصابة) يجب أن نتجاهل ذلك الجزء من القالب.
لم الجميلة مع يهدرج خيار Clean3D لا فك تجميع S-مجموعات تلقائيا (منتدى الموضوع).
Molecule.contractSgroups () افسدت الإحداثيات جزيء (منتدى الموضوع).
لم تؤخذ الهيدروجين واضحة بشكل صحيح في الاعتبار في رابطة الدول المستقلة / عبر حساب الفراغية.
ألقى صنو مولد ArrayIndexOutOfBoundsException في بعض الحالات.
تنتج التماثل تعداد جزيئات غير متسقة لبعض المدخلات VMN.
العد تهمة غير صحيحة بعد تطبيق CovalentCounterion يتدخل.
تنسيق الإخراج سجل من سطر الأوامر StructureChecker يختلف عن الشكل الناتج من المعالج.
لم ChiralFlagErrorChecker لا يعالج شرليتي بشكل صحيح. بدلا من حساب شرليتي من البيانات التكافؤ، فإنه يستخدم التنفيذ بناء على طريقة isChiral من TopologyAnalyser.
ما هو جديد في الإصدار 5.4.0.1:
Highlighting من الإلكترون السهام تدفق كان مخطئا عندما كانت القاعدة أو نهاية نقطة رباط (منتدى الموضوع).
لم التكوين القائمة تسلسل لا تعمل.
تم إنشاء مؤشر للذرة متعددة المراكز بشكل غير صحيح أثناء التصدير MDL MOLFile في حالة الهياكل حيث تم توصيل ل-R مجموعة إلى ذرة متعددة المراكز (السندات تباين موقف).
الهيدروجين ضمنية في عداد المفقودين من ذرات بعد الاستيراد أو عجينة من الهياكل في شكل ملف رسم ISIS / Symyx (تنسيق ملف SKC).
لا يمكن استيراد ملفات CDX بما في ذلك الكائنات الرسومية استدارة تصديرها من الإصدارات القديمة من ChemDraw.
صنو حساب
كان صنو عام يست فريدة من نوعها بما فيه الكفاية في بعض الحالات. يرجع ذلك إلى الإصلاح، يتم توفير صنو عام شكل العطرية.
تم تحسين Canoncical حساب صنو بسبب الإصلاح من dearomatization.
أعطت بعض الهياكل مع الهيدروجين واضحة على اتصال مع إسفين السندات استثناء أثناء tautomerization عام.
حساب حجم كان في عداد المفقودين من cxcalc.
رمى مدقق هيكل NullPointerException أ بدلا من تجاهل ملف التكوين غير صحيحة.
ما هو جديد في الإصدار 5.1.03.2:
IUPAC اسم الاستيراد: تحويل أسماء IUPAC إلى الهياكل.
OLE 2 دعم: تحسين دعم اللصق MarvinSketch الكائنات في وثائق مايكروسوفت أوفيس.
شروط الكيميائية: المتاحة من مارفن في سطر الأوامر، API، ويمكن استخدامها في البرامج النصية جافا (في تطبيقات).
تسارع تهيئة MarvinSketch وMarvinView عند بدء التشغيل، سواء إصدار مستقل، وكمكون تنفيذها في تطبيقات أخرى.
المتطلبات:
جافا 2 الإصدار القياسي للبيئة وقت التشغيل
لم يتم العثور على التعليقات