يوفر
وNCBI C ++ أدوات، والمحمولة، والمكتبات المجال العام الحر مع استخدام أي قيود. وهي تعمل على يونيكس، ويندوز من مايكروسوفت، وماك OS منصات:
ย ท الشبكات والاتصال Interprocess (IPC) مكتبة مع محولات IOSTREAM
ย ท مكتبة خاصية تعدد
ย ท CGI وسريعة-CGI المكتبة
ย ท مكتبة الجيل HTML
ย ท SQL قاعدة بيانات المكتبة الوصول
ย ท C ++ مكتبة المجمع لBerkeleyDB
ย ท C ++ IOSTREAM محول / مكتبة التفاف
ย ท GZIP وBZ2 C ++ مكتبة التفاف مع محولات IOSTREAM
ย ท ASN.1 ومكتبة التسلسل XML مع C ++ كود أداة مولد (datatool)
ย ท مكتبة التاريخ والوقت
ย ท ملف مكتبة وظيفة النظام
ย ท سطر الأوامر حجة، وتكوين مكتبة تجهيز البيئة
ย ท تسلسل محاذاة مكتبة الخوارزميات
ย ท مكتبة BLAST المحرك
ย ท البيولوجية تسلسل استرجاع وتجهيز المكتبة
ย ท FLTK المحمولة و OpenGL واجهة المستخدم الرسومية القائمة على الرسوم البيانية والمكتبات
بالإضافة إلى ما سبق، هناك مجموعة كبيرة المكتبات أكثر فائدة، سواء للأغراض العامة و(أحصت أيضا في مئات) ذات الصلة في مجال التكنولوجيا الحيوية التي يتم تطويرها باستمرار، والحفاظ عليها والمستخدمة في الإنتاج واقع الحياة قبل مئات الويب والتطبيقات المستقلة والمبرمجين بهم.
إذا كنت C ++ المطور سوف تجد طبيعة المحمولة من المكتبات مفيدة جدا في بناء التطبيقات عبر منصة حتى لو لم يكن لديك الكثير من الاهتمام في المعلوماتية الحيوية. المكتبات مثل تلك التي لCGI / تقديم سريع CGI، HTML، والشبكات، يمكن وصول قاعدة بيانات SQL، XML ASN.1 والتسلسل هي للأغراض العامة تماما، ويمكن استخدامها في مجموعة متنوعة من التطبيقات خارج نطاق المشكلة المعلوماتية الحيوية.
وC ++ أدوات يخضع التنمية النشطة مع المكتبات التي يجري بناؤها في كل ليلة. شفرة المصدر هو متاح مجانا من خلال بروتوكول نقل الملفات والسير الذاتية. وثائق مجموعة أدوات C ++ متاحة على الانترنت في شكل NCBI رف الكتب وأيضا كتاب للتحميل بصيغة أكروبات PDF و
ما هو الجديد في هذا الإصدار:.
أبرز الملامح:
واضاف LDS2 (V.2 تخزين البيانات المحلية) الذي يقوم على أساس SQLite3، لديها ميزات جديدة وأداء أفضل. نفذت أيضا محمل البيانات LDS2 لاستخدام LDS2 من وجوه مدير.
وكانت XmlWrapp، هذا مريحة API معالجة XML معظمهم النهائي (وحتى مصقول).
تنفيذ نفق وترخيص من اتصالات HTTP وحفر الأنفاق من المقابس الآمنة، من خلال وكلاء HTTP.
CFormatGuess يسمح الآن التمييز بين GTF، GFF3، وGFF2. انه تغيير ربما كسر. لمزيد من التفاصيل انظر أدناه.
أجزاء رئيسية تنفيذها من CFeatTree، الطبقة لتنظيم ملامح محددة على تسلسل البيولوجي في التسلسل الهرمي الذي يعكس العلاقات بين الوالدين وطفلهما (استنادا إلى أنماط فرعية الميزة).
CORELIB:
تنفيذ تحويل لغة مستقلة من سلسلة لمضاعفة والظهر؛ المكتبات الأساسية المتغيرة لاستخدامها.
NStr :: ضبط () - لتنسيق فقرات النص.
CNcbiApplication - جعل FindProgramExecutablePath ساكنة، وأكثر قوة. إضافة أسلوب GetAppName ثابت على مستوى أعلى. ابحث عن ملفات التكوين عالمية في أكثر الحالات.
CMetaRegistry :: FindRegistry - طريقة جديدة تعريض منطق تحديد أي ملف (إن وجدت) لتحميل.
CEnvironmentCleaner - فئة جديدة لتجاهل متغيرات البيئة غير المرغوب فيها.
CFileIO - إلى السلوك الأصلي: لا إغلاق مؤشر الملف إذا تم تعيينه عن طريق SetFileHandle ().
SERIAL:
التسلسل من كائنات البيانات AnyContent - ثابتة على الاعتراف وبشكل صحيح سمات العملية في قيمهم.
تصحيح قراءة بيانات XML لتعيين إلى القيمة الافتراضية العنصر عندما يكون لديه أي محتوى.
واضاف لدعم متواليات من العناصر، حيث عنصر له قيمة افتراضية.
DATATOOL:
رمز جيل تصحيح من:
كائنات البيانات الاختيار؛
أنواع البيانات الثنائية مع الصفات.
تحويل تصحيح القيم نوع مزدوجة للحفاظ على الأرقام أكثر أهمية.
CONNECT:
وأضاف خيار مأخذ keepalive (fSOCK_KeepAlive).
واضاف NCBI اختبار الاتصال (CConnTest).
UTILITES:
g_FindDataFile - وظيفة جديدة لتحديد مواقع ملفات البيانات في (شكلي) المواقع القياسية.
CChecksumStreamWriter - فئة جديدة لحساب الاختباري من البيانات المكتوبة إلى دفق.
g_GZip_ScanForChunks () - API جديدة، للاستعلام مواقف تيار المضغوطة. وأضاف تنفيذ من أجل الحصول على مناصب لغزيب ملفات منفصلة داخل ملف GZIP متسلسلة.
وأضاف المتلاعبين تيار ضغط / إلغاء ضغط (تشمل / UTIL / ضغط / stream_util.hpp).
CFormatGuess (UTIL / format_guess. {ح / ج} ص) المحدثة، مع تغيير ربما كسر. والغرض من هذا هو السماح CFormatGuess للتمييز بين GTF، GFF3، وGFF2. انها تحت مظلتها حاليا كل تلك الأشكال إلى واحد قيمة 'eGtf ". يجري استبدال قيمة القديمة "eGtf" (3) مع "eGtf_POISONED، ولن يتم إرجاعها مرة أخرى. فإن قيمة جديدة ل 'eGtf "(21) يعني الملف الذي ينبغي أن يقرأ مع CGtfReader (objtools / القراء / gtf_reader.hpp). القيمة الجديدة "eGff3" (22) هي لملفات تعني أن تقرأ مع CGff3Reader (objtools / القراء / gff3_reader.hpp)، و "eGff2" (24) للملفات المفترض أن تكون قراءة مع CGff2Reader (تشمل / objtools / القراء /gff2_reader.hpp)
BIO-قطع:
CBioseq :: GetNonLocalId - طريقة جديدة للمساعدة في تسلسل مكان المستوردة من الملفات FASTA مع مواصفات النطاق في أكثر السياق؛ ملفوفة بواسطة CBioseq_Handle :: GetNonLocalIdOrNull (جديد بالمثل).
CSeq_id :: IdentifyAccession - تنفيذ أو تحسين التعرف لمزيد من البادئات (GA، HH، مرحبا، HO-HU، JA-JO، EAAA-EZZZ، وIAA-عز، وبعضها تتوافق مع إمكانية جديدة من البيانات DDBJ TPA WGS ) ويخلط في TPA الانضمامات البروتين (ومعظمهم من EMBL، ولكن بعض من بنك الجينات أيضا).
تميز انضمام سيد WGS التي كتبها العلم قليلا الجديد. الاسترخاء المنطق الإفراط في صارم الاعتراف PDB.
CSeq_id :: IsValidLocalID، CSeq_id :: ParseIDs - وظائف جديدة للعمل مع معرفات تسلسل نص عادي، يؤخذ من CFastaReader وتعميمها إلى حد ما.
SSeqIdRange - نوع جديد (كاملة مع محلل وعلى ذبابة ومثل، ومثل مكرر،) للعمل مع نطاقات تسلسل معرف، وموجودة في بعض FASTA معدلات مصدر defline.
BIO-TOOLS:
CFastaOstream - استعرض اختياريا عناوين مخصصة لمتواليات واحدة. العلامة نطاقات سلبية حبلا مع "الرائدة في ج.
CFastaReader - دعم نطاقات السلبية حبلا والتعاقد على غرار defline الفجوة في بناء الجملة الترتر و(& مثل؛ & GT؛ N & مثل؛ حيث N هو رقم، أو ومثل؛ & GT؛ unk100 ومثل.؟؟).
COBALT:
وأضاف سطر الأوامر -num_domain_hits الخيار الذي يحد من عدد من المجالات المحفوظة في تسلسل المستخدمة في الحوسبة القيود المحاذاة.
أشجار النشوء والتطور:
وأضاف اجهة مستوى أعلى لحساب شجرة النشوء والتطور من التحالفات تسلسل (على سبيل المثال BLAST والنتائج COBALT). الطبقة CPhyTreeCalc يحسب شجرة النشوء والتطور، وCPhyTreeFormater يطبع شجرة في Newick ونيكزس الشكل.
المكتبات BIO-وجوه:
CheckNumRows تنفيذها () وغيرها من الأساليب للالتحالفات متفرق.
للحد من أثر الذاكرة: أدرجت قراءة السنانير للحد من الذاكرة المستخدمة من قبل التحالفات بعد إلغاء التسلسل. يستخدم نا-حبلا الآن بايت واحد من الذاكرة حيث أمكن ذلك؛ تم تضمين خيار Score.value الآن في CScore.
الاستفادة الانضمام في CSeq_id :: GetLabel ().
BIO-كائن إدارة:
طرق جالبة مضافة للحقول المنطقية في CTableFieldHandle.
واضاف GetBestGeneForFeat () على أساس CFeatTree.
نفذت GetBestOverlappingFeat () على CFeatTree.
وأضاف بسرعة CScope :: GetTaxid ().
نفذت تحميل الجزء الأكبر لACC / الاصدار، غي، والتسمية، وtaxid.
وأضاف الثغرات ذات طول صفري الاختيار لCSeqMap وCSeqVector.
نفذت GetLength () وGetCoverage () للمواقع السندات.
التحسينات:
وأضاف أسلوب مساعد لملء CFeatTree على الموقع.
اسرعت رسم خرائط لمواقع CSeq_loc_mix بسيطة في CFeat_CI.
فرز أكثر صرامة من الميزات في CFeat_CI لتجنب الغموض.
حاصل CSeq_feat_Handle يعمل الآن مع ميزات الجدول تسلسل أيضا.
ميزات الجدول يليها الآن تدعم الميادين المستخدم متعددة المستويات.
يتم إثبات عدم تسلسل-الفذ تسلسل الجداول الآن حتى لو تقع في قطعة الانقسام.
اسرعت CBioseq_Handle :: AddId ().
الأمثل CScope :: AttachXxx ().
دعم انقسام اسمه الشرح.
CSeqVector وCanGetRange CSeqVector_CI ل() العودة الآن زائف بدلا من رمي استثناء.
السماح لتحديد كيفية التعامل مع مقابض القائمة في ResetHistory ().
الأمثل إعادة الأبوة والأمومة، إذا تم إضافة المزيد من الميزات لCFeatTree.
وأضاف إمكانية لتصحيح CScope إنشاء / الحذف.
العديد من التغييرات على وظيفة تنظيف وC ++ لتقليد وظيفة تنظيف والتي وجدت بالفعل في C. لا يزال هناك المزيد من العمل الذي يتعين القيام به مع BasicCleanup، ولكن تم إحراز تقدم كبير. تم القيام به القليل من العمل لExtendedCleanup اعتبارا من بعد.
CSeq_loc_Mapper يمكن الآن تهيئة مع GC-الجمعية.
إصلاحات الشوائب:
رسم الخرائط الثابتة من مواقع المزيج على حبلا ناقص في CFeat_CI.
العديد من الإصلاحات في الطريق CFeatTree يربط الميزات.
عدة إصلاحات موضوع السلامة.
الخطأ المطبعي الثابتة منع مضيفا محاذاة والرسوم البيانية لCSeq_annot_EditHandle.
حماية ضد استثناءات عندما يكون الترتيب الميزات في CFeat_CI.
بنك الجينات البيانات LOADER:
الشروح الخارجية مسجلة HPRD.
وأضاف exclude_wgs_master المعلمة اختياري في pubseqos / القراء pubseqos2.
نفذت تحميل الجزء الأكبر لACC / الاصدار، غي، والتسمية، وtaxid.
واضاف CGBDataLoader :: CloseCache ().
تحسين:
استخدام طلبات تحميل السائبة في CScope :: GetBioseqHandles ().
إحصاءات القارئ منفصلة حسب نوع النقط المحملة.
الطابع الزمني تضاف إلى رسائل التصحيح بنك الجينات.
استخدام IConnValidator لفتح اتصالات PubSeqOS.
وأضاف تقسيم الإصدار إلى طلبات قطعة قطعة والمفاتيح الفرعية في ذاكرة التخزين المؤقت بنك الجينات لتجنب استخدام قطع خاطئة عند تغيير الدولة سائل انقسام في ID.
وأضاف أسماء المعلمة أقل مربكة الثانوية للمهلة مفتوحة.
لا تتضاعف إعادة المحاولة عدد من عدد الاتصالات.
كائن إدارة الاختبار وDEMO تقديم الطلبات:
id2_fetch_simple - أضاف خيارات -id لالتعسفية تسلسل معرف.
test_bulkinfo - تطبيق اختبار جديد.
FASTA:
أحرز ظائف الجدول ميزة C ++ أكثر وظيفية مثل لجزء من المشروع BankIt.
فائدة asn2flat
عدد كبير من التغييرات على flatfile المنسق لجعله أقرب دولة لاطلاق سراح جاهزة (ربما الافراج عن استعداد في هذه المرحلة، على الرغم من أن بعض القضايا لا تزال صغيرة نسبيا).
XMLWRAPP:
خطأ تجزئة ثابت في حالة أخذ إشارة إلى كسباث التعبير تشغيل النتائج.
وأضاف المساعدين للحصول على ID العام، معرف النظام واسم DTD لمجموعات فرعية الخارجية والداخلية.
طرق تضاف إلى بحث سمات العقدة.
إعدام الثابتة من كسباث التعبير: يبدأ الآن من عقدة معينة.
سمات البحث ثابت (بما في ذلك الافتراضي) عندما يتم توفير مساحة الاسم.
وأضاف القدرة على تشغيل كسباث التعبير دون وجود ضرورة لتسجيل النطاقات صراحة.
وأضاف القدرة على توفير حاويات لجمع الأخطاء والتحذيرات أثناء تحليل الوثائق.
وأضاف القدرة على تعديل القيم و مساحات الأسماء من السمات الافتراضية العقدة.
وأضاف القدرة على اختبار ما إذا كان السمة الافتراضية.
وأضاف القدرة على إدراج أو إزالة سمات مع الأخذ بعين الاعتبار مساحة الأسماء الخاصة بهم.
وأضاف القدرة على تجريد إعلان XML عند حفظ وثيقة.
WindowMasker:
وأضاف شكل مدخلات جديدة، ومثل، seqids ومثل ؛؛ مع هذا الشكل المدخلات، والمدخل هو ملف يحتوي على معرف تسلسل في كل سطر، ويستخدم خوارزمية مدير بيو كائن للبحث عن متواليات.
وأضاف فئة جديدة CWinMaskConfig، لتخزين كافة معلمات التكوين WindowMasker. الطبقة يمكن استخدامها لإضافة وسائط سطر الأوامر اللازمة لCArgDescriptions، ومن ثم الحصول على معلمات التكوين من وسائط سطر الأوامر.
الإطار BUILD (UNIX):
تفسير المواصفات سطر الأوامر من APP_PROJ أو LIB_PROJ باعتباره جديلة لمسح خارج الإعدادات * _PROJ أخرى لم تقدم أيضا هناك. (يتطلب GNU جعل، يبني مع صن جعل مواصلة العمل كما كان من قبل.)
توفير المزيد من الأهداف في الدلائل: * _f (باستخدام makefiles مسطحة المحلية المنتجة على الطلب، وتجاهل تبعيات على أجزاء أخرى من شجرة)، * _fd (التفاف المستوى الأعلى Makefile.flat)، clean_sources وpurge_sources.
تكوين ولها الراحة البرامج النصية (المجمعين / يونيكس / * ش.):
يذكر العلم الجديد --without-3psw - إلى عدم استخدام البرامج مع أي ل3 الحزبية.
وأضاف شيك GLEW.
تحسين الضوابط لتفعيل و OpenGL.
دعم تحديد مسارات تعمل على داروين (ماك) مع أنظمة toolchains الحديث.
BLAST:
على داروين (في Mac OS X)، وبناء فقط لمعالجات إنتل حتى في تبني خلاف عالمية بسبب وجود قيود باور toolchain.
واضاف لدعم استرجاع معرفات NCBI تصنيف الذي دعم WindowMasker هو متاح.
السماح للمواصفات من سلسلة الاستعلام جنبا إلى جنب مع عدة ملفات تسلسل المحاذاة في psiblast.
قاعدة بيانات أضاف يصعب اخفاء الدعم.
قاعدة بيانات أضاف لينة اخفاء لعمليات البحث ترجمتها.
واضاف لدعم btop (عمليات BLAST traceback) والاستعلام وطول الموضوع في تقرير جدولي.
تطبيقات سطر الأوامر - يسمح psiblast للبحث استعلامات متعددة، وأضاف -input_type اختياري لmakeblastdb
يسمح استخدام أفضل ضرب وXML في وضع blast2sequences.
تحسين الأداء التنسيق لعمليات البحث النائية.
يمكن makembindex الآن بناء مؤشر MegaBLAST ملثمين مباشرة من قاعدة بيانات BLAST النوكليوتيدات باستخدام معلومات اخفاء المخزنة في قاعدة البيانات BLAST. يتم ذلك عن طريق جديدة -db_mask خيار سطر الأوامر لmakembindex. يقبل خيار هوية عدد صحيح من الخوارزمية الترشيح بدعم من قاعدة بيانات BLAST. لا يمكن إلا أن الخيار تطبيقها بالتزامن مع blastdb -iformat.
لمساعدة المستخدم في معرفة هويات رقمية من الخوارزميات تصفية تدعمها قاعدة بيانات BLAST، وقدم -show_filters العلم. تطبيق العلم مع blastdb -iformat وقاعدة بيانات BLAST كما يسبب مدخلا makembindex لإخراج قائمة خوارزميات تصفية المتاحة والخروج.
تطبيقات NETCACHE:
NetCache هو إعادة صياغة لتشمل الميزات التالية:
إدارة أفضل من مساحة القرص.
قفل أقل عمل مع النقط، يتم استخدام الإصدارات بدلا من ذلك؛
الاستماع متعدد الميناء ولكل عميل إعدادات تفاضل.
NetCache وICache واجهات برمجة التطبيقات:
استخدام Uint8 في كل مكان لحجم النقطة.
السماح استرجاع سائل جزئي.
قدم الحماية سائل كلمة المرور. يتم التعامل مع كلمات السر فارغة كما لا كلمة المرور.
واجهات برمجة التطبيقات عقدة عامل:
معلمة جديدة لإنهاء عقدة العامل إذا تجاوز استهلاك الذاكرة الحد المعين (المعلمة ومثل، total_memory_limit ومثل؛).
معلمة جديدة لإنهاء عقدة عامل إذا وقته تشغيل يتجاوز الحد المحدد (المعلمة ومثل، total_time_limit ومثل؛).
تطبيقات GRID:
netscheduled
إصلاح الخلل الذي تسبب أي رد على الأمر انتظار الحذف.
remote_app
معلمة جديدة التكوين (ومثل، tmp_dir ومثل؛) للتحكم في كيفية مؤقتة يتم إنشاء اسم الدليل - للحد من طوله.
تسجيل خطأ الكتابة سائل.
netcache_control
السماح استرجاع سائل جزئي.
-إزالة قيادة جديدة لحذف النقط التي كتبها هوياتهم.
نيو -auth المعلمة لتحديد سلسلة التوثيق للاستخدام.
أوامر جديدة -reconf و-reinit للاستخدام من قبل المسؤولين NetCache.
netschedule_control
وضع التوافق سكريبت لجعل العمل netschedule_control مع العقد العامل الأكبر سنا.
cgi2rcgi.cgi
لا خلق فقاعة NetCache فارغة كعنصر نائب للرسالة التقدم.
تسجيل أخطاء الشبكة التي يتم الإعلام عنها للمستخدم.
تسمح المساحات في المعلمة ID العمل.
دعم الانتاج من المعلومات حالة مهمة في شكل JSON.
تسمح قوالب مخصصة HTML إلى أن تعرف عن الأخطاء GRID وغيرها من الأحداث.
وأضاف رؤوس HTTP لا ذاكرة التخزين المؤقت لتجنب التخزين المؤقت للنتائج المتوسطة.
ncfetch.cgi
معلمة جديدة للوصول إلى النقط محمي بكلمة مرور.
تفسير معلمة إضافية ومثل، اسم الملف ومثل. كاسم ملف لملف تحميلها.
ما هو جديد في الإصدار 31 ديسمبر 2008:
هذا الإصدار يضيف طريقة لحساب pseudocounts عمود محددة في PSI-BLAST.
ومن refactors المكتبة خدمات الشبكة.
وتضيف وحدة الإطار اختبار وتسجيل الخطأ لجميع فئات API ملف.
أنه يحدد دعم pthread على IRIX. لأنه يعزز دعم XML التسلسل.
أنه يحدد دعم سايبيس.
وتضيف الدعم للجداول البحث أصغر للاستعلامات الصغيرة.
وتضيف API لاسترداد إحصاءات محمل بنك الجينات.
وقد متنوعة ومن التحسينات الأخرى، speedups، وبوجفيكسيس.
لم يتم العثور على التعليقات