البرمجيات قطة:
تفاصيل البرنامج:
والاسترخاء هو مفتوح المصدر ومشروع البرنامج توزيعها مجانا والتي تم تصميمها لدراسة ديناميات الجزيئية عن طريق تحليل البيانات الرنين المغناطيسي النووي التجريبية، ودعم الجزيئات العضوية، RNA والبروتينات والسكريات، والحمض النووي، والعديد من الجزيئات الحيوية الأخرى.
الميزات في لمحة
والاسترخاء يدعم العديد من النظريات الرنين المغناطيسي النووي، تنفذ مختلف أدوات تحليل البيانات ومكونات وحدات، ويمكن التفاعل مع البرامج الأخرى، مثل داشا وModelfree. بالإضافة إلى ذلك، فإنه يدعم مجموعة واسعة من النظريات NMR، يتضمن العديد من أدوات تحليل البيانات، ويسمح للمستخدمين لتصور البيانات، فضلا عن التفاعل مع البرامج الأخرى.
تقدم بيئات CLI واجهة المستخدم الرسومية
وعلى الرغم من أن تطبيق يأتي مع كل من CLI (سطر الأوامر واجهة) واجهة المستخدم الرسومية (واجهة المستخدم الرسومية) الأمامية، والعديد من طرف ثالث واجهات المستخدم الرسومية (واجهات) موجودة للاسترخاء.
يدعم أنواع مختلفة من التحليلات
ومن بين الأنواع المعتمدة من التحليلات، والاسترخاء يمكن التعامل مع تشتت الاسترخاء، والاختبار اتساق NMR المجال متعددة (الرنين المغناطيسي النووي) البيانات الاسترخاء، نموذج N-الدولة والنظام الإطار، تحليل خالية من نموذج، R1 و R2، NOE، RSDM (خفضت رسم الخرائط الكثافة الطيفية)، وكذلك التحقيقات الفراغية.
إنشاء البرامج النصية معقدة جدا
في لأتمتة عملية تحليل البيانات، فمن الممكن لإنشاء البرامج النصية معقدة جدا باستخدام كتل المبنى. لهذا، توفر للمطورين مختلف نماذج البرامج النصية التي من شأنها أن تساعدك على فهم البناء النصي وأكثر سهولة إنشاء الخاصة بك.
تحت غطاء محرك السيارة، بدعم أنظمة تشغيل وتوافر
وتبحث تحت غطاء محرك السيارة، يمكننا أن نلاحظ أن هذا البرنامج هو مكتوب تماما في لغة البرمجة بايثون ويستخدم عبر منصة كيو تي واجهة المستخدم الرسومية أدوات لواجهة المستخدم الرسومية، مما يعني أنه يعمل على لينكس، مايكروسوفت ويندوز وماك OS X أنظمة التشغيل.
وتطبيق متاح للتحميل كما المحفوظات الثنائية للعديد من أنظمة جنو / لينكس التشغيل، ودعم كل من 32 بت (x86) و 64 بت (x86_64) مجموعة التعليمات أبنية، فضلا عن كتل القطران مصدر.
ما هو الجديد في هذا الإصدار:
ميزات:
العديد من التحسينات لتجميع إصدار HTML من الاسترخاء دليل.
تحديث الاسترخاء للقضاء على جميع FutureWarnings من numpy وجنرال الكتريك؛ 1.9، لمستقبل دليل على الاسترخاء ضد تغيير السلوك numpy القادمة.
القدرة على التعامل مع تكرار R2، نقاط البيانات ممثل المؤسسة بواسطة الدالة المستخدم relax_disp.r2eff_read، ولكن إضافة 0،001 إلى قيمة تردد عن وجهة تكرارها.
وهناك سيناريو عينة جديدة لتحميل ملف النتائج خالية من نموذج وحساب العودة البيانات الاسترخاء.
تحسينات لمعالجة البيانات الهيكلية فوسفات.
تنفيذ وظيفة المستخدم structure.pca لإجراء تحليلات عنصر مبدأ (PCA) من مجموعة من الهياكل.
إضافة النصي للانتشار السريع في البنية التحتية جوجل الحوسبة السحابية.
التغيرات:
إصلاح لجامدة إطار النظام نموذج درجة 2ND إطار النظام مصفوفة في الدليل. كان يستخدم رمز الخطأ.
إزالة newparagraph وnewsubparagraph تعريفات من دليل مطاط. كانت تسبب هذه الصراعات مع latex2html، ومنع إصدار HTML من دليل من يجري تجميع. هذه التعريفات ليست ضرورية لمجموعة تصل الحالي للباجتزاء في الدليل.
تعديل التسميات التوضيحية القصيرة في النماذج إطار فصل جديد من دليل. تم استبدال á الروني> الطابع ž ببساطة عن طريق "Daeg". ويرجع ذلك إلى عدم التوافق مع latex2html الذي يحول دون دليل HTML من يجري تجميع هذه.
إزالة تعريف عمود الجدول عرض ثابت من مطاط اليدوية الديباجة. هذا هو المطلوب كما latex2html فواصل تعريف التوافق، مما تسبب في الفساد في ترقيم الرقم الناتج في الصور في HTML إلى أن العشوائية أساسا.
إزالة حزمة لهجات للسماح دليل HTML التي سيتم تجميعها. حزمة هجات مطاط غير متوافق مع latex2html، وبالتالي فإن أسهل الإصلاح هو القضاء على الحزمة.
استدارة يدويا عنصر الإطار ترتيب مصفوفة EPS الأرقام اليدوية، من أجل التوافق latex2html. لقد تم حذف الأمر تدوير '90 'والمربع المحيط مبدل كما أ ب ج د - & GT. ب -c د -A. وهذا يسمح للحجة زاوية في includegraphics {} الأوامر ليتم إسقاط، كما latex2html لا تعترف بذلك. وهو يتيح للشخصيات أن تكون مرئية في إصدار HTML من دليل.
إعادة تصميم النظام إطار الجدول المعلمة تعشش في دليل من أجل التوافق latex2html. يستخدم الجدول حزمة tikz، وهي قاتلة للlatex2html، حتى لو لم تستخدم. ولذلك فقد تم تحويل الجدول في مستندات / المطاط / frame_order / ملف parameter_nesting.tex في وثيقة اللثي مستقل لإنشاء نسخة ذيل اقتصاص من الجدول tikz تنسيقها. تمت إضافة النصي تجميع كذلك. والآن تضمين ملف .PS * الناتجة في PCS قسم التكامل العددي، بدلا من هذا الباب إنشاء الجدول tikz. تمت إزالة جميع النصوص tikz ديباجة تسمح latex2html لتشغيل.
الحل البديل لlatex2html عدم القدرة على التعامل مع حزمة allrunes أو الخط المرتبطة بها. في بيئة htmlonly مقدمة الدستور، وإعادة تعريف رموز إطار النظام باستخدام النص "Daeg 'بدلا من الحرف الروني á> ž.
إصلاحات الفرعية والفوقية في جميع أنحاء دليل. هذا يدخل {} حول كل {} الحالات الفرعية وtextrm superscripted. ليست هناك حاجة لهذه نسخة PDF من دليل كما يتم تجنب مشكلة قوس المفقودة، ولكنه يؤثر إصدار HTML دليل جمعتها latex2html، الأمر الذي يتطلب تدوين الصحيح. الإصلاحات لكل من الفصل إطار النظام الجديد، فضلا عن الفصل الاسترخاء التشتت.
التحرير وإصلاحات الاسترخاء 4.0.0 جزء من الملف التغيرات.
تحديث وتحسين الإرشادات ويكي في الوثيقة المرجعية الاسترخاء يفرج عنه.
واحد أكثر يكي تعليمات حول التحقق من القتلى وصلات في وثيقة تسريح المرجعية.
تغييرات طفيفة عن لقسم "إعلان" وثيقة الافراج عن قائمة.
تحديث شيل للعثور على عناوين مكررة في ملفات اللثي من دليل.
تحويل عنوان مكررة العثور شيل في السيناريو بيثون. السيناريو بيثون هو أكثر تقدما بكثير ويستخدم منطق مختلفة لإنتاج جدول عناوين تكرارها والعد. إرجاع النصي أيضا حالة خروج فشل عند وجود مكررات.
تحويل عنوان تكرارها إيجاد النصي بيثون لاستخدام البنية الطبقية. وهذا يسمح البرنامج النصي ليتم استيرادها وحدة نمطية. وقد تحول هذا الاكتشاف تكرار في أسلوب فئة البحث ().
إعادة تسمية عنوان تكرار العثور النصي.
إزالة عنوان مطاط مكررة العثور شيل. يتم التعامل مع هذا الآن من قبل البرنامج النصي بيثون أكثر تقدما بكثير.
تجميع Scons من PDF و HTML أدلة يتحقق الآن لعناوين منسوخة. تمت إضافة الهدف replicate_title_check جديد للمخطوطات scons. هذا يستدعي أسلوب البحث () من تكرار مطاط النصي عنوان النتيجة لتحديد ما إذا كان يتم نسخ أي ألقاب، وإذا كان الأمر كذلك لscons تستهدف عوائد مع (1) دعوة لsys.exit. تم تعيين هذا الهدف في بداية أهداف user_manual_pdf، user_manual_pdf_nofetch، user_manual_html، user_manual_html_nofetch scons. والنتيجة هي أن الدليل لا يمكن تجميعها في حالة وجود عناوين تكرار، مما اضطر العناوين إلى تغيير. وستكون النتيجة أن صفحات HTML ستكون جميع فريدة من نوعها، وعناوين النتائج تكرارها في صفحة واحدة فقط HTML يتم إنشاؤه لجميع الأقسام.
القضاء على الألقاب تكرارها في مصادر اللثي أن فصول إطار النظام الجديدة التي أدخلت.
إزالة عنوان تكرارها القديم في المصادر مطاط للدليل. هذا هو عنوان "تحليل خالية من نموذج" الذي يستخدم لكامل الفصل تحليل محدد وكذلك لقسم تحليل خالية من نموذج القيم، التدرجات، وأبناء إقليم هيسن للفصل الأمثل.
إصلاحات وتحسين المطبوعات لهدف replicate_title_check scons.
تحديث كافة من الاسترخاء للحماية ضد التغيرات المستقبلية التي تحدث في حزمة numpy بيثون. من numpy الإصدار 1.9، وFutureWarning __main __: 1: FutureWarning: مقارنة `None` سوف يؤدي إلى المقارنة الكائن elementwise في المستقبل. وينظر في نسبة كبيرة من جميع الاسترخاء وظائف المستخدم. تم اكتشاف هذا وتحولت إلى RelaxWarning مع نفس الرسالة. القضية هي أن سلوك عوامل المقارنة == و! = سيتغير مع الإصدارات numpy في المستقبل. وقد تم استبدال هذه مع غير وليس في جميع أنحاء قاعدة الاسترخاء التعليمات البرمجية. كما تم إجراء تغييرات على minfx وbmrblib حزم للمباراة.
مزيد من الحماية المستقبل ضد التغييرات numpy. وFutureWarning هو `تم إهمال rank`. استخدام `السمة ndim` أو وظيفة بدلا من ذلك. للعثور على رتبة مصفوفة ترى `numpy.linalg.matrix_rank`. ولذلك فقد تم تحديث N-دولة paramag_info طريقة ظيفة نموذج الهدف () لاستخدام السمة .ndim وظيفة يعد استخدام numpy.rank ().
خلق اختبار نظام Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids. تم تصميم هذا للقبض على علة # 23933، و "NameError:" هويات "اسم عالمي لم يتم تعريف" مشكلة عند تحميل البيانات الاسترخاء. وهناك نسخة المقتطعة من ملف البيانات والاسترخاء PDB، وإرفاق نسخ كاملة منها لعلة التقرير، تقتصر على بقايا 329، 330، و 331 تم إضافتها إلى الدلائل بيانات اختبار جناح مشترك، واختبار نظام كتابة ل قبض على NameError.
تحديث اختبار نظام Mf.test_bug_23933_relax_data_read_ids للقبض على RelaxMultiSpinIDError. وهذا يسمح للاختبار النظام لتمرير، كما من المتوقع أن RelaxMultiSpinIDError.
تحديث الإصدارات minfx وbmrblib في وثيقة تسريح المرجعية ل1.0.12 و1.0.4. هذا هو لإزالة الرسائل FutureWarning numpy عن == لا يوجد و=! مقارنات لا شيء لهياكل البيانات numpy، والتي في المستقبل سوف تغير في السلوك.
زيادة GNA! خبر باجتزاء عمق في وثيقة تسريح المرجعية.
توسيع وصف وظيفة sequence.attach_protons المستخدم. ويتضح ذلك من http://thread.gmane.org/gmane.science.nmr.relax.user/1849/focus=1855.
وأضاف البيانات الأولية لاختبار البيانات من بول Schanda. وهذا يثبت أن هناك عدة احتمالات لتعزيز وR2، طريقة النقطة ممثل المؤسسة.
وأضاف اختبار نظام Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. هذا وسوف قبض على إعارة القيم نان.
جعل الاختيار إضافية في تسلسل القراءة، التي يتم تخطي القيم نان.
التأكد من أن منسوخة 4000 نقطة هرتز للتجربة 950 ميغاهيرتز ليست الكتابة.
في اختبار نظام Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 وأضاف اختبار عد R2، قيم ممثل المؤسسة. هذا يدل على أن R2 تكرارها، والكتابة ممثل المؤسسة في 950 ميغاهيرتز / 4000 نقطة هرتز. والحل يمكن أن يكون لتغيير تردد تشتت القليل جدا، لتسمح بإضافة نقطة البيانات.
وأضاف المزيد من الاختبارات لRelax_disp.test_paul_schanda_nov_2015. هذا وسوف تظهر أن مكررات من R2، لا يتم التعامل مع القيم ممثل المؤسسة أيضا.
في وظيفة r2eff_read في وحدة البيانات من التشتت، وأضاف الاحتمالات لقراءة R2، قيم ممثل المؤسسة التي يتم نسخ. ويتم هذا الفحص الأول في حالة وجود مفتاح تشتت في R2، القاموس ممثل المؤسسة. إذا كان موجودا، ومواصلة إضافة 0،001 إلى تردد حتى وجود إمكانية جديدة. وهذا من شأنه التعامل مع العديد من R2، نقاط ممثل المؤسسة، باعتبارها قيما منفصلة وعدم اتخاذ أي قرار في المتوسط لهم.
وأضاف توقع رفع خطأ الاسترخاء، إذا تحاول رسم ويتم تخزين أي معلومات نموذج.
رفع خطأ إذا بالتآمر منحنيات التشتت، ويتم حفظ أي نموذج.
تغير سبيل المثال النصي لتحليل البيانات.
مدد اختبار نظام Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 لتشمل صناعة السيارات في التحليل ونوبات متفاوت المسافات. ينبغي أن يظهر هذا أن التحليل هو ممكن الآن.
وأضاف حالة مؤقتة والسيناريو لإعداد واجهة المستخدم الرسومية لبيانات بول Schanda.
وأضاف اختبار Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 واجهة المستخدم الرسومية. هذا وسوف تظهر أن تحميل الدولة سيخلق مشكلة. Traceback (المكالمات الأخيرة الأخيرة): TypeError: يجب أن يكون الباحث () حجة سلسلة أو عدد، وليس "NoneType".
أضيفت نصي عينة للبيانات الاسترخاء-حساب مرة أخرى من ملف النتائج خالية من نموذج. وهذا مفيد عندما يكون ملف النتائج ليست هي النموذج النهائي، وهذه النتائج ملف لا تحتوي على بيانات حساب الظهر. هذا هو استجابة لدعم كريستينا مولر لطلب # 3303.
باستخدام lib.float.isNaN غاري () بدلا من math.isnan ()، أن يكون التوافق مع بيثون 2.5.
إصلاح لهجاء الخطأ وتوثيق السلوك الجديد من relax_disp.r2eff_read، عند قراءة R2، نقاط ممثل المؤسسة مع نفس التردد. إذا كانت تدور حاوية تحتوي بالفعل على R2 والقيم ممثل المؤسسة مع 'تيرة نبض CPMG "أو" تدور قفل قوة الحقل "، سيتم تغيير تردد من قيمة صغيرة متناهية الصغر من + 0.001 هرتز. هذا يسمح مكررة أو أكثر من نفس التردد.
تعديل الكائن الهيكلي الداخلي ليكون أقل تأثرا شكل فوسفات. والآن التعامل مع الرقم التسلسلي PDB بذكاء، لأنه يتم إعادة تعيين إلى 1 عند إنشاء نموذج جديد. هذه المعلومات لا يزال يحتفظ لدعم منطق قراءة السجلات CONECT، وسيتم القضاء عليها في المستقبل. والآن لم يعد تخزين معلومات معرف سلسلة في الكائن الهيكلي الداخلي، كما يتم إعادة هذه المعلومات عن طريق وظيفة المستخدم structure.write_pdb على أساس كيف تم إنشاء الكائن الهيكلي الداخلي.
التحديثات إلى نوح والطبقات اختبار نظام الهيكل للكائن التغييرات الهيكلية الداخلية. يمكن أن يكون الرقم التسلسلي الآن إعادة تعيين، ولم يعد تخزين معلومات معرف السلسلة.
إضافة ملف إلى البيانات جناح المشتركة اختبار للمساعدة في تنفيذ التحليل البنيوي محكمة التحكيم الدائمة. هذا هو N-المجال من مجمع كام-IQ المستخدمة في تحليل إطار النظام. ومن الهياكل 5 الأولى من الدعوة إلى وظيفة مستخدم frame_order.distribute، مع مختلف أجسام جامدة اندمجت معا مرة أخرى في جزيء واحد.
مكون نهاية ظيفة أمام المستخدم structure.pca. هذا على غرار حاليا في إطار وظيفة المستخدم structure.rmsd.
تنفيذ الأساسي من النهاية الخلفية وظيفة المستخدم structure.pca. هذه هي وظيفة PCA جديد () وحدة pipe_control.structure.main. بكل بساطة يقوم بعض الشيكات، يجمع إحداثيات الذرية، والسيطرة على الممرات إلى وظيفة الاسترخاء pca_analysis مكتبة () وحدة lib.structure.pca لم تنفذ حاليا.
جزئية تنفيذ التحليل PCA في الاسترخاء المكتبة. هذا هو لوظيفة مستخدم structure.pca جديدة. تم إنشاء وحدة lib.structure.pca، وظيفة pca_analysis () التي تم إنشاؤها لحساب مصفوفة التغاير هيكل، عن طريق وظيفة calc_covariance_matrix ()، ومن ثم حساب القيم الذاتية والمتجهات الذاتية للمصفوفة التغاير، فرزها واقتطاع ل العدد المرغوب فيه من وسائط محكمة التحكيم الدائمة.
وأضاف الخوارزمية وnum_modes الحجج على وظيفة مستخدم structure.pca. يتم تمرير هذه على طول الطريق إلى الواجهة الخلفية المكتبة الاسترخاء.
تنفيذ خوارزمية SVD لتحليل PCA في الاسترخاء المكتبة. وهذا يستدعي ببساطة numpy.linalg.svd ().
تحليل PCA في الاسترخاء مكتبة يحسب الآن في بنية التوقعات على أجهزة الكمبيوتر.
وظيفة تحليل PCA في الاسترخاء مكتبة والآن يعودون البيانات. وهذا يشمل القيم PCA وناقلات، وفي بنية التوقعات.
ويجري حاليا تخزين قيم الشراكة والتعاون وناقلات، وفي بنية التوقعات. هذا هو في الخلفية وظيفة المستخدم structure.pca في وحدة pipe_control.structure.main.
وأضاف شكل والحجج DIR إلى وظيفة مستخدم structure.pca. هذا هو إلى الأمام وينتهي الظهر.
تعديل assemble_structural_coordinates () طريقة للعودة مزيد من المعلومات. هذا هو من وحدة pipe_control.structure.main. يتم قبول حجة قوائم منطقية الآن والذي يؤدي وظيفة لتعود بالإضافة إلى قائمة معرف الكائن في جزيء، ونموذج قائمة رقم في الجزيء، والقائمة اسم جزيء في الجزيء.
وظيفة المستخدم structure.pca الآن يخلق الرسوم البيانية من التوقعات الكمبيوتر. وهذا يشمل PC1 مقابل PC2، PC3 PC2 مقابل، الخ
واضاف Gromacs PCA ينتج عن الملف distribution.pdb. ويشمل هذا البرنامج النصي المستخدمة لتنفيذ جميع أجزاء من Gromacs وجميع ملفات الإخراج.
تحديث النتائج Gromacs PCA لأحدث نسخة 5.1.1 Gromacs.
إنشاء اختبار نظام Structure.test_pca الأولي. هذا ينفذ وظيفة المستخدم structure.pca جديدة، ويتحقق إذا تم تخزين البيانات في cdp.structure.
تحسين الرسوم البيانية في الخلفية وظيفة المستخدم structure.pca. تتجمع الرسوم البيانية حتى الآن أن نماذج مختلفة من نفس هيكل في الأنابيب البيانات نفسها ضمن مجموعة رسم بياني واحد. كما تم تحسين رأس الرسم البياني.
توسيع الشيكات اختبار نظام Structure.test_pca لمقارنتها مع القيم من Gromacs.
ويمكن الآن أن تحسب هيكل المتوسط الموزون. هذا هو لوظيفة calc_mean_structure () من الاسترخاء lib.structure.statistics وحدة المكتبة. ويمكن الآن أن يتم توفير الأوزان لكل هيكل للسماح المتوسط المرجح أن تكون محسوبة وعاد.
واضاف لدعم هياكل المراقبة في وظيفة المستخدم structure.pca. وهذا يسمح مجموعة فرعية من الهياكل المستخدمة في تحليل جهاز الكمبيوتر لديك صفر الوزن بحيث تكون هذه الهياكل يمكن استخدامها لأغراض المقارنة. وقد أضاف obs_pipes، obs_models، وobs_molecules الحجج إلى الواجهة الأمامية وظيفة المستخدم. يستخدم الخلفية هذا إلى إنشاء مجموعة من الأوزان لكل هيكل. وظائف lib.structure.pca استخدام الأوزان صفر إلى إزالة الهياكل مراقب من الحسابات وضع الكمبيوتر.
خلق اختبار نظام Structure.test_pca_observers. هذا هو لاختبار مفهوم الهياكل مراقب جديد من وظيفة المستخدم structure.pca.
تحسين المطبوعات من مكتبة تحليل العنصر الرئيسي الاسترخاء. هذا هو في وظيفة pca_analysis () وحدة lib.structure.pca.
إصلاحات وتحسينات للالرسوم البيانية التي تنتجها وظيفة المستخدم structure.pca. والآن إنشاء مجموعات مختلفة بشكل صحيح، وصفت الآن في المؤامرات.
إضافة النصي نشر الاختبار، للانتشار السريع على جوجل الحوسبة السحابية. وهذا هو المقصود لتثبيت في أوبونتو 14.04 LTS.
توسيع النصي للتثبيت.
وضع التثبيت في وظائف في السيناريو نشر.
تقسيم النصي نشر في عدة وظائف صغيرة.
إضافة بيانات التحقق من تثبيت البرنامج النصي.
عندما مصادر النصوص، عدة وظائف لا يمكن أن يؤديها بدلا من ذلك.
المساحات إضافة إلى تثبيت البرنامج النصي للطباعة أفضل.
مضيفا السيناريو التعليمي.
إضافة 2 البرامج النصية البرنامج التعليمي.
إصلاح لخطأ معرف تدور صغير في النص التعليمي.
خلق اختبار نظام لاصطياد الأخطاء # 24131، وعدم تصدير BMRB عند الكائن SpinContainer لا يوجد لديه سمة S2، كما ذكرت من قبل مارتن Ballaschk.
تعديل نظام اختبار Mf.test_bug_24131_bmrb_deposition للتحقق من وRelaxError. نتائج الاختبار في RelaxError، كما يحتوي على ملف نتائج لا يدور المحدد.
وأضاف اختبار نظام Mf.test_bug_24131_missing_interaction للقبض على مشكلة أخرى. هذا هو جزء من الشوائب # 24131، وعدم تصدير BMRB مع الكائن SpinContainer عدم وجود قيمة S2. لكن الإصلاح السابق من تخطي يدور إلغاء تحديد عرض مشكلة جديدة من الاسترخاء لا تزال تبحث عن التفاعلات interatomic لذلك تدور إلغاء تحديد.
بوجفيكسيس:
منسوخ لقبا في إصدار HTML من الاسترخاء دليل، وبالتالي تكرار أسماء الملفات HTML الكتابة الأجزاء السابقة، تم القضاء عليها.
إصلاح لعلة # 23933، و "NameError:" هويات "اسم عالمي لم يتم تعريف" مشكلة عند تحميل البيانات الاسترخاء. تم إدخال خلل في نوفمبر عام 2014، ويرجع ذلك إلى بعض ناقصة معالجة رمز الخطأ. والمشكلة هي أن هذا النوع تدور التي ينتمي إليها البيانات الاسترخاء (N مقابلH) لم يتم تحديد. الآن يتم رفع RelaxMultiSpinIDError صحيح. لم متغير هويات لا وجود لها - كان الرمز الذي كان من المقرر أن تضاف، ولكن لم يكن يوما وكان ينسى.
إصلاح لمعادلة ثابتة وكالة الفضاء الكندية في الفصل خالية من نموذج للدليل. شوهد هذا من قبل كريستينا مولر وذكرت على الاسترخاء المستخدمين القائمة البريدية.
إصلاح الخلل لتخزين الكائن الهيكلي XML في ملفات الدولة والنتائج. في وقت سابق ان لا يتم حفظ أي أجسام إضافة إلى cdp.structure (أو أي كائن هيكل) بواسطة الأسلوب الهيكلي to_xml كائن () ما لم يتم تعديل وظيفة صراحة تخزين هذا الكائن. الآن سيتم تحويل كافة الكائنات الحالية إلى XML.
إصلاح لتحليل الاسترخاء التشتت في واجهة المستخدم الرسومية، والقبض عليهم من قبل الاختبار Relax_disp.test_paul_schanda_nov_2015 واجهة المستخدم الرسومية. عند تحميل ملف من دولة السيناريو، والقيمة بلا يمكن أن تكون موجودة. يقع هذا الآن إلى القيم القياسية.
إصلاح لتشغيل الاسترخاء في ملقم مع أي عرض رسومية واستخدام matplotlib. تم العثور على خطأ مع اختبار نظام Relax_disp.test_repeat_cpmg. والخطأ التي تم إنشاؤها و: QXcbConnection: تعذر الاتصال لعرضه. أجهضت (ملقاة الأساسية). الخلفية من matplotlib لابد من تغييرها. هذا على سبيل المثال وصفها في: http://stackoverflow.com/questions/2766149/possible-to-use-pyplot-without-display و http://stackoverflow.com/questions/8257385/automatic-detection-of-display-availability-with-matplotlib.
تعديل سلوك bmrb.write الخلفية وظيفة المستخدم لتحليل خالية من طراز (إصلاح الأخطاء # 24131). هذا هو في طريقة bmrb_write () التحليل API خالية من نموذج. يتم تخطي يدور إلغاء تحديد الآن وتمت إضافة الاختيار للتأكد من أنه قد تم تجميع البيانات زيادة ونقصان.
إصلاح آخر لعلة # 24131، وعدم تصدير BMRB عند الكائن SpinContainer لا يوجد لديه سمة S2. الآن يتم تخزين أية بيانات في ملف BMRB إذا لم يتم تحديد نموذج خالية من نموذج يصل لزيادة ونقصان. وهذا يسمح للجناح اختبار لتمرير.
إصلاح الأخطاء تسمح للاختبار نظام Mf.test_bug_24131_missing_interaction لتمرير. هذا هو جزء من الشوائب # 24131، وعدم تصدير BMRB مع الكائن SpinContainer عدم وجود قيمة S2. كانت المشكلة عند تجميع البيانات نشر الموترة. وكان يطلق عليها وظيفة spin_loop ()، كما يقال موتر نشر لجميع المخلفات. لذلك تمت إضافة skip_desel = صحيح لتتناسب مع جزء خالية من نموذج.
ما هو الجديد في النسخة 4.0.0:
ميزات:
التنفيذ النهائي، كاملة، وصحيحة من الناحية النظرية إطار النظام لدراسة الاقتراحات هيئة جامدة. هذا هو حاليا لتحليل البيانات RDC وPCS من أنظمة الانحياز داخليا.
التغيرات:
حذف وظيفة المستخدم frame_order.average_position وكافة التعليمات البرمجية الخلفية المرتبطة بها. سمحت هذه الوظيفة المستخدم للمستخدم تحديد خمسة أنواع مختلفة من النزوح إلى متوسط موضع مجال التحرك: تناوب النقي، مع عدم وجود ترجمة، حول محور الحركة في النظام؛ تناوب حول محور حركة النظام جنبا إلى جنب مع الترجمة؛ ترجمة نقية مع عدم وجود دوران. تناوب حول مركز الكتلة في المجال تتحرك مع عدم وجود الترجمة؛ تناوب حول مركز الكتلة في المجال تتحرك جنبا إلى جنب مع الترجمة. الآن الخيار الأخير سيكون الخيار الافتراضي وفقط. هذا الخيار هو ما يعادل الخوارزمية القياسية التراكب (خوارزمية Kabsch) إلى بنية افتراضية في متوسط الموقف الحقيقي. الأربعة الأخرى هي نتيجة لتاريخ تطور نظرية. هذه تحد من جدوى نظرية وسوف تتسبب فقط في ارتباك.
تنظيف من أجل إطار قانون الوظيفة المستهدفة. هذا يتطابق مع التغيير السابق لحذف وظيفة المستخدم frame_order.average_position. وتشمل التغييرات إزالة العلم الترجمة الأمثل كما هو الآن تنفيذ هذا دائما، وإزالة العلم الذي يتسبب في متوسط درجة تناوب نطاق محور لتتناسب مع النقطة المحورية الحركي وهذه هي الآن تنفصل بشكل دائم.
ترتيب أبجدي من الوظائف في وحدة lib.frame_order.pseudo_ellipse.
خرج كل من النماذج "الخط" ترتيب الإطار، كما لم يتم تنفيذها حتى الآن. هذا هو رمز الواجهة عادل - عدم وجود الخلفية.
تحديث مخروط كام النصي نموذج طلب الإطار الاختبار الأمثل الخواص. بسبب كل من التغييرات في تحليل إطار النظام، وكان السيناريو القديم لم يعد يؤدي وظيفة.
خلق النصي للإطار كام نماذج اختبار النظام لإيجاد متوسط موضع المجال. كما تم القضاء على الدوران حول محور ثابت، والتحول من 1J7P_1st_NH_rot.pdb إلى 1J7P_1st_NH.pdb لابد من تحويلها إلى ترجمة ودوران حول مجلس الوزراء. وسيتم استخدام هذا البرنامج النصي لتحل محل دوران محور زوايا أويلر مع ناقلات الترجمة ودوران الزوايا يولر كوم. ولكن وظيفة المستخدم structure.superimpose سوف تحتاج إلى تعديل للتعامل مع كل من استعلاء النقطه الوسطى القياسية فضلا عن استعلاء كوم.
تحديث إطار كام اختبار النظام النصي نموذج التراكب. الآن استدعاء الدالة المستخدم structure.superimpose بشكل صحيح. تمت إضافة ملف السجل الإخراج إلى مستودع لأنه يحتوي على المعلومات الصحيحة الترجمة وتناوب يولر اللازمة لنماذج الاختبار.
تحديث المعلمة للمخروط كام النصي نموذج طلب الإطار الاختبار الأمثل الخواص. زوايا أويلر لتم استبدال دوران حول المحور الحركي من قبل ناقلات الترجمة ويولر زاوية المعلمات كوم التناوب.
إصلاح لعدد من النماذج إطار النظام الذي لم يكن لديك القيود المعلمة. وظيفة linear_constraint () كان عائدا A، ب = [] [] لهذه النماذج، ولكن هذه المصفوفات numpy فارغة وقد يسبب مكتبة minfx إلى فشل. والآن اشتعلت هذه القيم وتحولت خوارزمية القيد خارج في طريقة API محدد تقليل ().
زيادة دقة جميع البيانات في البرنامج النصي اختبار النظام توليد البيانات الأساسي إطار كام. كلها قد حولت هذه من float16 إلى float64 أنواع numpy.
إصلاح من أجل إعداد خطأ RDC في البرنامج النصي قاعدة توليد البيانات اختبار النظام إطار كام. يقع بنية البيانات rdc_err في حاويات البيانات interatomic، لا الحاويات زيادة ونقصان.
تعديل الجزء هيكل تحميل البرنامج النصي قاعدة بيانات الجيل إطار النظام كام. والآن تحميل الهياكل إلا إذا تم تعيين علامة DIST_PDB، كما أنها تستخدم فقط لتوليد توزيع 3D من الهياكل. وهذا يوفر الكثير من الوقت وذاكرة الكمبيوتر.
تسريع ضخمة من السيناريو قاعدة توليد البيانات اختبار النظام إطار كام. باستخدام صفائف numpy متعددة الأبعاد لتخزين مواقع نووية وناقلات وحدة XH جميع يدور، وأداء تناوب على هذه الهياكل باستخدام numpy.tensordot ()، والحسابات الآن عاملا من 10 مرات أسرع. وكان مقياس التقدم إلى تغيير لإظهار كل 1000 بدلا من 100 التكرار. يتم تنفيذ دورات لمواقف وناقلات الآن بالتتابع، وتحديد بطريق الخطأ الشوائب مع نماذج حركة مزدوجة (أي في "الدوار المزدوج" نموذج).
تعديل إطار كام اختبار النظام النصي قاعدة توليد البيانات للحفاظ على ذاكرة الوصول العشوائي الكمبيوتر. متجه XH وهياكل البيانات موقف الذرية للجميع تناوب N الآن من numpy.float32 بدلا من نوع numpy.float64. التغيير الرئيسي هو لحساب RDCS المتوسط وبلغ متوسط PCSs على حدة، حذف هياكل البيانات N-الحجم مرة واحدة مكتوبة على ملفات البيانات.
إعادة تصميم كاملة من الإطار كاميرا الجيل بيانات أجل النصي قاعدة لتحقيق وفورات السرعة والذاكرة. على الرغم من أن ناقلات XH السندات استدارة ورمز موقف الذري كان سريعا جدا، ومقدار الذاكرة المطلوبة لتخزين هذه في حاويات تدور وكان حاويات البيانات interatomic كبيرة عندما N & GT. 1e6. ان المكالمات وظيفة rdc.back_calc والمستخدم pcs.back_calc اللاحقة أيضا أن تأخذ وقتا طويلا جدا. لذلك تم إعادة تصميم السيناريو قاعدة. وقد تم تقسيم طريقة _create_distribution () إلى أربعة: _calculate_pcs ()، _calculate_rdc ()، _create_distribution ()، و_pipe_setup (). ويطلق على طريقة _pipe_setup () أولا لإعداد الأنابيب البيانات مع جميع البيانات المطلوبة. ثم _calculate_rdc () و_calculate_pcs () الطرق، وأخيرا _create_distribution () إذا تم تعيين علامة DIST_PDB. وقد تم القضاء على المكالمات إلى rdc.back_calc وpcs.back_calc ظائف المستخدم. بدلا من ذلك _calculate_rdc () و_calculate_pcs () طرق حساب وRDC المتوسط وPCS أنفسهم numpy هياكل مجموعة. بدلا من تخزين ناقلات استدارة وهياكل البيانات مواقع نووية ضخمة، تتلخص في RDCS وPCSs. هذه ومن ثم تقسيمها من قبل self.N في النهاية إلى متوسط القيم. مقارنة مع القانون القديم، عندما يتم تعيين N إلى 20 مليون لاستخدام ذاكرة الوصول العشوائي قطرات من ~ 20 GB إلى ~ 65 MB. وانخفض إجمالي وقت التشغيل أيضا على نظام واحد من بضعة أيام إلى بضعة ساعات (أمر أو اثنين من الحجم).
غيرت متر التحديث التقدم للبرنامج النصي اختبار النظام توليد البيانات الأساسي إطار كام. كان الدوار بعيدا سريع جدا، وتحديث كل 5 الزيادات، والآن تحديثها كل 250. والعدد الإجمالي حاليا طباعة فقط كل 10000 الزيادات.
تحسينات على مقياس التقدم للبرنامج النصي قاعدة توليد البيانات اختبار النظام إطار كام. تطبع فواصل الآن بين الآلاف والأرقام الآن مبررا الحق.
زيادة كبيرة في دقة RDC وPCS المتوسط. هذا هو البرنامج النصي قاعدة توليد البيانات اختبار النظام إطار كام. عن طريق جمع RDCS وPCSs في صفائف numpy.float128 1D (لهذا، لا بد من نظام 64 بت)، ثم قسمة N في نهاية المطاف، ويمكن حساب متوسط قيمة مع دقة أعلى من ذلك بكثير. كما N يصبح أكبر والمتوسط العددي يقدم كميات أكبر وأكبر من التحف الاقتطاع. ولذلك فإن هذا التغيير يخفف هذا.
إصلاح لRDC وPCS المتوسط في البرنامج النصي قاعدة توليد البيانات اختبار النظام إطار كام. لنموذج الدوار المزدوج، أو أي وضع نموذج الحركي المتعدد، كان المتوسط غير صحيح. بدلا من قسمة N، ينبغي تقسيم القيم التي كتبها N ^ M، حيث M هو عدد وسائط الحركي.
زيادة كبيرة في دقة للبيانات اختبار نموذج الدوار مجانا كاميرا إطار النظام. ارتفاع الدقة لأن الهياكل رقم في التوزيع هي الآن عشرين مليون بدلا من مليون شخص، واستخدمت في أعلى بكثير المتوسط الدقة numpy.float128 من السيناريو قاعدة توليد البيانات المحدثة. هذه البيانات يجب أن تسمح لتقدير أفضل بكثير من بيتا وغاما متوسط نطاق القيم المعلمة موقف للنماذج الدوار الحرة التي تتأثر انهيار المعلمة ألفا إلى الصفر.
زيادة كبيرة في دقة للبيانات اختبار نموذج الدوار المزدوج كاميرا إطار النظام. ارتفاع الدقة لأن الهياكل رقم في التوزيع هي الآن أكثر من عشرين مليون (4500 ^ 2) بدلا من ربع مليون (500 ^ 2). ولقد تم استخدام أعلى بكثير المتوسط الدقة numpy.float128 من السيناريو قاعدة توليد البيانات المحدثة.
إصلاح لتعطيل القيد في التقليل إطار النظام عند وجود أي قيود.
زيادة كبيرة في دقة للبيانات اختبار نموذج أجل الدوار إطار كام. ارتفاع الدقة لأن الهياكل رقم في التوزيع الآن 20 مليون بدلا من 166666، واستخدمت في المتوسط بيانات numpy.float128.
زيادة كبيرة في الدقة للنظام إطار كام مجموعة نموذج الدوار بيانات الاختبار 2ND. ارتفاع الدقة لأن الهياكل رقم في التوزيع الآن 20 مليون بدلا من 1،000،001 وتم استخدام المتوسط بيانات numpy.float128.
تحديث المعلمة لدوار كام النصي نموذج طلب الإطار الاختبار الأمثل 2ND. زوايا أويلر لتم استبدال دوران حول المحور الحركي من قبل ناقلات الترجمة ويولر زاوية المعلمات كوم التناوب.
زيادة كبيرة في الدقة للكاميرا 2ND إطار النظام الدوار مجانا مجموعة البيانات اختبار النموذج. ارتفاع الدقة لأن الهياكل رقم في التوزيع الآن 20 مليون بدلا من 999،999 وتم استخدام المتوسط بيانات numpy.float128.
والمتطلبات:
لم يتم العثور على التعليقات