RAPTOR

RAPTOR هو برنامج مبتكر صمم للدقيقة بنية البروتين التنبؤ. فهو يجمع بين أدوات تحليل متقدمة في حل واحد برنامج متكامل ويقدم ثلاث طرق خيوط مختلفة. النهج الأمثل برمجة عدد صحيح فريد RAPTOR هو الأكثر فعالية لإيجاد قوالب هيكل أهداف مع انخفاض تناظر تسلسل وقادرة على توليد نماذج ذات جودة عالية. واجهة سهلة الاستخدام وسهلة لفهم القيم E مثالية للمبتدئين والخبراء. قبل كل شيء، وعرض بديهية من الناتج تمكن المستخدمين من فهم النتائج ببساطة في لمحة. وبالنظر إلى تسلسل البروتين المستهدف، إذا كان هناك بروتين مثلي مع هيكل 3D معروف، ويمكن العثور عليها عن طريق استخدام أدوات البحث تسلسل مثل PSI-BLAST، كما قدمت في RAPTOR. ثم تم بناء هيكل الهدف من بنية المعروفة. ومع ذلك، عندما تناظر تسلسل ليست كبيرة، أي أقل من 25٪، PSI-BLAST لا يمكن التوصل إلى ضرب ثقة. على عكس PSI-BLAST، والتي ببساطة لا للبحث عن تسلسل والبروتين خيوط، أضعاف الاعتراف، يجعل استخدام كل من التماثل والبنية المعلوماتية. فإنه بفحص تسلسل البروتين مع بنية غير معروف مقابل قاعدة بيانات هياكل معروفة. باستخدام وظيفة تسجيل وإجراء تحليل التوافق بين هياكل ثلاثية الأبعاد وتسلسل البروتين الخطية، وسيتم تحديد أفضل القالب الهيكلي الذي لبناء الهيكل تسلسل ل. ونتيجة لذلك، بروتين خيوط يعطي التنبؤ متفوقة من النمذجة التماثل عند وجود هامشي تناظر تسلسل

والقيود:.

وظائف محدودة