Jmol هو برنامج مفتوح المصدر ، ونظام متعدد المنصات ، وبرنامج رسوميات مجاني تم تصميمه في الأصل ليكون بمثابة عارض جزيئي للهياكل الكيميائية ثلاثية الأبعاد. يتم تشغيله بأربعة أوضاع مستقلة ، كتطبيق HTML5 على الويب ، وبرنامج Java ، وبرمجية Java ، ومكون من جانب الخادم "بدون رأس".
ينم في لمحة
تتضمن الميزات الرئيسية دعمًا عاليًا للعرض ثلاثي الأبعاد دون الحاجة إلى أي جهاز متطور ، وتصدر الملفات إلى صيغ JPG و PNG و GIF و PDF و WRL و OBJ و POV-Ray وتدعم خلايا الوحدة الأساسية وتدعم RasMol و Chime لغات البرمجة النصية ، بالإضافة إلى مكتبة جافا سكريبت.
بالإضافة إلى ذلك ، يدعم البرنامج الرسوم المتحركة ، والأسطح ، والاهتزازات ، والمدارات ، والقياسات ، والتناظر ، وعمليات خلايا الوحدة ، والأشكال التخطيطية.
تنسيقات الملفات المدعومة
حاليًا ، يدعم التطبيق مجموعة كبيرة من تنسيقات الملفات ، والتي يمكن أن نذكر منها MOL MDL و V3000 MDL و SDF MDL و CTFile MDL و CIF و mmCIF و CML و PDB و XYZ و XYZ + vib و XYZ-FAH و MOL2، CSF، GAMESS، Gaussian، MM1GP، HIN HIN / HIV، MOLPRO and MOPAC.
بالإضافة إلى ذلك ، يتم دعم CASTEP و FHI و VASP و ADF و XSD و AGL و DFT و AMPAC و WebMO و PSI3 و CRYSTAL و MGF و NWCHEM و odydata و xodydata و QOUT و SHELX و SMOL و GRO و PQR و JME .
يدعم جميع متصفحات الويب الرئيسية
تم اختبار البرنامج بنجاح مع جميع متصفحات الويب الرئيسية ، بما في ذلك Mozilla Firefox و Google Chrome و Internet Explorer و Opera و Safari. تم اختبار تطبيقات المستعرض المذكورة أعلاه على جميع أنظمة التشغيل السائدة (راجع القسم التالي لأنظمة تشغيل الدعم).
يدعم جميع أنظمة التشغيل السائدة
كونه مكتوبًا بلغة برمجة Java ، فإن Jmol عبارة عن تطبيق مستقل عن النظام الأساسي مصمم لدعم جميع توزيعات GNU / Linux ، وأنظمة التشغيل Microsoft Windows و Mac OS X ، وأي نظام تشغيل آخر يتم فيه تثبيت بيئة تشغيل Java. / p>
ما هو الجديد في هذا الإصدار:
إصلاح الأخطاء: لا تسمح ميزة Jmol SMILES بالبحث عن رمز الإدراج - & quot؛ ^ & quot؛ لرمز الإدراج: [G # 129 ^ A. *]
ما هو الجديد في الإصدار:
إصلاح الأخطاء: يضيف Jmol SMILES الذي لا يسمح بالبحث عن رمز الإدراج - & quot؛ ^ & quot؛ لرمز الإدراج: [G # 129 ^ A. *]
ما هو الجديد في الإصدار 14.20.3:
إصلاح الأخطاء: يضيف Jmol SMILES الذي لا يسمح ببحث رمز الإدخال - & quot؛ ^ & quot؛ لرمز الإدراج: [G # 129 ^ A. *]
ما هو الجديد في الإصدار 14.6.5:
إصلاح الأخطاء: يضيف Jmol SMILES الذي لا يسمح بإجراء بحث عن رمز الإدراج - & quot؛ ^ & quot؛ لرمز الإدراج: [G # 129 ^ A. *]
ما هو الجديد في الإصدار 14.6.1:
إصلاح الأخطاء: يضيف Jmol SMILES الذي لا يسمح ببحث رمز الإدخال - & quot؛ ^ & quot؛ لرمز الإدراج: [G # 129 ^ A. *]
ما هو الجديد في الإصدار 14.4.4 Build 2016.04.22:
إصلاح الأخطاء: مجموعات ذرة التعليقات لم يتم ضبطها لإضافة hydrogens مضافة
علة الإصلاح: 14.3.3_2014.08.02 كسر قارئ MMCIF
إصلاح الأخطاء: BinaryDocument (ملف Spartan) قراءة مكسورة في 14.1.12_2014.03.18
ما هو الجديد في الإصدار 14.4.4 Build44.14:
إصلاح الأخطاء: مجموعات ذرة التعليقات لم يتم ضبطها لإضافة hydrogens مضافة
علة الإصلاح: 14.3.3_2014.08.02 كسر قارئ MMCIF
إصلاح الأخطاء: BinaryDocument (ملف Spartan) قراءة مكسورة في 14.1.12_2014.03.18
ما هو الجديد في الإصدار 14.4.4 Build.33.3:
إصلاح الأخطاء: مجموعات ذرة التعليقات غير مضبوطة مع hydrogens المضافة
علة الإصلاح: 14.3.3_2014.08.02 كسر قارئ MMCIF
إصلاح الأخطاء: BinaryDocument (ملف Spartan) قراءة مكسورة في 14.1.12_2014.03.18
ما هو الجديد في الإصدار 14.4.3 Build 2016.03.02:
إصلاح الأخطاء: مجموعات ذرة التعليقات لم يتم ضبطها لإضافة hydrogens مضافة
علة الإصلاح: 14.3.3_2014.08.02 كسر قارئ MMCIF
إصلاح الأخطاء: BinaryDocument (ملف Spartan) قراءة مكسورة في 14.1.12_2014.03.18
ما هو الجديد في الإصدار 14.4.3 Build2.28:
إصلاح الأخطاء: مجموعات ذرة التعليقات لم يتم ضبطها لإضافة hydrogens مضافة
علة الإصلاح: 14.3.3_2014.08.02 كسر قارئ MMCIF
إصلاح الأخطاء: BinaryDocument (ملف Spartan) قراءة مكسورة في 14.1.12_2014.03.18
ما هو الجديد في الإصدار 14.4.2 Build2.05:
إصلاح الأخطاء: مجموعات ذرة التعليقات غير مضبوطة لإضافة hydrogens
علة الإصلاح: 14.3.3_2014.08.02 كسر قارئ MMCIF
إصلاح الأخطاء: BinaryDocument (ملف Spartan) قراءة مكسورة في 14.1.12_2014.03.18
ما هو الجديد في الإصدار 14.4.0 Build 2015.12.02:
إصلاح الأخطاء: مجموعات الذرات التوضيحية لم يتم ضبطها لإضافة hydrogens
علة الإصلاح: 14.3.3_2014.08.02 كسر قارئ MMCIF
إصلاح الأخطاء: BinaryDocument (ملف Spartan) قراءة مكسورة في 14.1.12_2014.03.18
ما هو الجديد في الإصدار 14.2.15:
إصلاح الأخطاء: لا يتم ضبط مجموعات مجموعات التعليقات التوضيحية مع hydrogens المضافة
علة الإصلاح: 14.3.3_2014.08.02 كسر قارئ MMCIF
إصلاح الأخطاء: BinaryDocument (ملف Spartan) قراءة مكسورة في 14.1.12_2014.03.18
ما هو الجديد في الإصدار 14.2.13:
إصلاح الأخطاء: مجموعات ذرة التعليقات لم يتم ضبطها لإضافة hydrogens مضافة
علة الإصلاح: 14.3.3_2014.08.02 كسر قارئ MMCIF
إصلاح الأخطاء: BinaryDocument (ملف Spartan) قراءة مكسورة في 14.1.12_2014.03.18
ما هو الجديد في الإصدار 14.2.12:
إصلاح الأخطاء: مجموعات ذرة التعليقات غير مضبوطة مع hydrogens المضافة
علة الإصلاح: 14.3.3_2014.08.02 كسر قارئ MMCIF
إصلاح الأخطاء: BinaryDocument (ملف Spartan) قراءة مكسورة في 14.1.12_2014.03.18
ما هو الجديد في الإصدار 14.1.8 Beta:
ميزة جديدة - تعيين cartoonRibose:
يرسم في حلقات الريبوز ، مع إظهار جوانب التجعيد
يربط عبر C4'-C5'-O5'-P صراحة
يظهر C3'-O3 'كمرجع.
تعطيل cartoonBaseEdges (Leontis-Westhof Edges)
تعطيل بواسطة SET cartoonBaseEdges ON
اقترحه ريك سبني ، ولاية أوهايو
ميزة جديدة: يعمل الإطار المتحرك [a، b، c، d] مع الأرقام السالبة للإشارة إلى النطاقات:
إطار متحرك [1 ، -5 ، 10 ، -6] - & gt؛ [1،2،3،4،5،10،9،8،7،6]
قراءة كـ & quot؛ من 1 إلى 5 ومن 10 إلى 6 & quot؛
ميزة جديدة: Tinker File reader (وقارئ برنامج FoldingXYZ):
يمكن استخدام Tinker :: ولكن هذا مطلوب فقط إذا كان السطر الأول هو atomCount
يستوعب تنسيق Tinker الأقدم مع ذرات n-1 لـ atomCount
يسمح للمسارات ورقم الطراز المطلوب
ميزة جديدة: إطار رسوم متحركة (بالفعل 13.1 ولكن غير موثقة) [51 50 49 48 47 46 45 (إلخ) 27 1 2 3 4 5 6 7 (إلخ) ....]
ميزة جديدة: x = قارن ({atomset1} ، {atomset2} ، & quot؛ MAP & quot؛)
ميزة جديدة: x = قارن ({atomset1} ، {atomset2} ، & quot؛ MAP & quot ؛، & quot؛ كل & quot؛)
ميزة جديدة: x = قارن ({atomset1} ، {atomset2} ، & quot؛ MAP & quot ؛، & quot؛ أفضل & quot؛)
ميزة جديدة: x = قارن ({atomset1} ، {atomset2} ، & quot؛ MAP & quot ؛، & quot؛ allH & quot؛)
ميزة جديدة - x = مقارنة ({atomset1} ، {atomset2} ، & quot؛ MAP & quot ؛، & quot؛ bestH & quot؛):
يولد واحد أو أكثر من قوائم الارتباطات على أساس SMILES غير العطرية
يتضمن ذرات H بشكل اختياري
يولد اختياريا كل تعيينات ذرة ممكنة
إرجاع int [] [] = [[a1 b1]، [a2 b2]، [a3 b3]، ...]
حيث b و bn عبارة عن مؤشرات atom صحيحة أو قائمة عند & quot؛ كل & quot؛ يتم اختيار الخيار.
ما يلي سوف تولد خريطة ارتباط ذرة واحدة لهياكل اثنين بما في ذلك ذرات الهيدروجين: تحميل الملفات ومثل ؛ a.mol ومثل ؛ ومثل؛ b.mol ومثل. x = قارن ({1.1} {2.1} & quot؛ MAP & quot؛ & quot؛ H & quot؛)
يقارن التالي نموذج الكافيين من NCI إلى ذلك من PubChem:
تحميل الكافيين $ ؛ تحميل إلحاق: الكافيين ؛ الإطار *
اختر 2.1 ؛ label٪ [atomIndex]
مقارنة {1.1} {2.1} SMILES تدور الترجمة
x = قارن ({1.1} ، {2.1} ، & quot؛ MAP & quot؛ & quot؛ bestH & quot؛)
for (a in x) {a1 = a [1]؛ a2 = a [2]؛ select atomindex = a1؛ label @ a2}
ميزة جديدة: قارن {model1} {model2} SMILES:
لا حاجة إلى إعطاء SMILES ؛ يمكن أن تنشئه Jmol من {model1}
ميزة جديدة: x = {*}. تجد (& quot؛ SMILES & quot؛ & quot؛ H & quot؛):
يولد SMILES مع ذرات H صريحة
إصلاح الأخطاء: وظيفة البنية التحتية () باستخدام SMILES بدلاً من SMARTS ، بحيث تكون الهياكل الكاملة فقط ؛
إصلاح الأخطاء: تحسين ملاءمة الخطأ والرسائل في الأساليب المتعلقة بـ SMILES
إصلاح الأخطاء: جعل اكتشاف Webexport من المسار إلى Jmol.jar و jsmol.zip أكثر قوة.
علة الاصلاح: getProperty extractModel لا تكريم مجموعة فرعية
إصلاح الأخطاء: تعيين pdbGetHeader TRUE لا يصادف REMARK3 REMARK290 REMARK350
إصلاح الخطأ: يجب أن تقوم خاصية getProperty (& quot؛ JSON & quot؛، ....) بلف القيمة في {value: ...}
إصلاح الأخطاء: الشفافية المستمرة MO مكسورة 11.x
إصلاح الأخطاء: قم بإظهار MENU اكتب MENU load MENU all broken in 12.2
إصلاح الأخطاء: يجب أن تكون {*} [n] فارغة إذا كانت nAtoms
ما هو الجديد في الإصدار 14.0.7:
إصلاح الأخطاء: 14.0.6 تم التنصت بشكل قاتل - unitcell وعرض الارتداد ، getProperty
ما هو الجديد في الإصدار 14.0.5:
إصلاح الأخطاء: LCAOCartoon translucency مكسور
إصلاح الأخطاء: كسر العمود الفقري شفافة
علة الإصلاح: pqr ، p2n القراء كسرها
إصلاح الأخطاء: يمكن أن تفشل خاصية خريطة isosurface xxx إذا كان السطح جزءًا (بطريقة أو بأخرى) له نقطة غير مرتبطة بذرة أساسية.
ما هو الجديد في الإصدار 14.1.5 Beta:
إصلاح الأخطاء: LCAOCartoon translucency broken
إصلاح الأخطاء: كسر العمود الفقري الشفاف
علة الاصلاح: pqr ، p2n القراء كسرها
إصلاح الأخطاء: يمكن أن تفشل خاصية خريطة isosurface xxx إذا كان السطح عبارة عن جزء (بطريقة ما) له نقطة غير مرتبطة بذرة أساسية.
ما هو الجديد في الإصدار 14.0.4:
إصلاح الخطأ: صواريخ مكسورة
إصلاح الأخطاء: PDB byChain ، bySymop غير مدعوم.
ما هو الجديد في الإصدار 14.0.2:
إصلاح الأخطاء: التعديل لا يميز بين q و t ؛
إصلاح الأخطاء: القياسات المعدلة لا تعمل
إصلاح الأخطاء: عدم تخطي مجموعة defaultLattice & quot؛ {NaN NaN NaN} & quot؛
إصلاح الأخطاء: فشل مخطط isosurface الذري المداري
إصلاح الأخطاء: لا يتم تحديث العرض الاهتزازي للتشكيل مع المسافات
إصلاح الأخطاء: يؤدي إيقاف الاهتزاز إلى تحذير غير ضروري في وحدة التحكم
علة الإصلاح: رسم symop مكسورة
إصلاح الأخطاء: تعطل array.mul (matrix3f) Jmol
إصلاح الأخطاء: حدد symop = 1555 مكسورة
إصلاح الأخطاء: تعيين التقاط dragSelected لا يعمل
رمز: refactored CifReader ، فصل رمز MMCifReader و MSCifReader: طفيفة إعادة تسمية / إعادة بيع ديون الأساليب في SV
كود: يضيف javajs.api.JSONEncodable واجهة
تنفيذ بسيط للغاية في org.jmol.script.SV
يسمح بتطبيقات javajs لتقديم نتائج JSON مخصصة
ما هو الجديد في الإصدار 14.1.2 Beta:
ميزة جديدة: JavaScript: JSmol api Jmol.evaluateVar (applet، expression):
أفضل من Jmol.evaluate لأن النتيجة هي متغير جافا سكريبت ، وليس سلسلة.
DEPRECATING JSmol api Jmol.evaluate (applet، expression)
ميزة جديدة: getProperty (& quot؛ JSON & quot ؛، ....):
إرجاع رمز JSON للموقع
يسمح JavaScript: x = Jmol.getPropertyAsArray (& quot؛ variableInfo & quot؛، & quot؛ بعض التعبير & quot؛)
ميزة جديدة: getProperty variableInfo:
يسمح باسترجاع المتغيرات في تنسيق Java أو JSON
يقيم التعبير
الإعداد الافتراضي & quot؛ كل & quot؛
ميزة جديدة: تعديل قابل للتعديل بواسطة q و t ، حتى d = 3:
تعديل على / قبالة (جميع الذرات)
moduation {atom set} على / قبالة
تعديل ف ف إزاحة
تعديل x.x t-offset
التشكيل {t1 t2 t3}
التشكيل {q1 q2 q3} TRUE
ميزة جديدة: اخترتليست:
أمر مجموعة من الذرات المختارة في الآونة الأخيرة
يمكن استخدام نفس المتغير PICKED ، ولكن يتم ترتيب ذلك بالتتابع ، وليس مؤقتًا
ضعف النقر قبالة هيكل مسح القائمة
@ {pickedList} [0] ذرة منتقاة أخيرًا
@ {pickedList} [- 1] atom-picked picked
ميزة جديدة: array.pop () ، array.push () - مماثلة لجافا سكريبت
ميزة جديدة: مقياس التعديل x.x
ميزة جديدة: التسمية التوضيحية & quot؛ xxxxx & quot؛ x.x - عدد الثواني للتشغيل
ميزة جديدة: تعديل 0.2 / / يحدد T قيمة
ميزة جديدة: array.pop () ، array.push (x)
a = [] ؛ a.push (& quot؛ testing & quot؛)؛ print a.pop ()
ميزة جديدة: حدد ON / OFF atom-set:
يحول أو يزيل الهالات المختارة وكذلك القيام بالاختيار
راحة فقط
ميزة جديدة: pt1.mul3 (pt2):
إرجاع {pt1.x * pt2.x، pt1.y * pt2.y، pt1.z * pt2.z}
إذا لم يكن كلاهما نقطة ، يعود إلى الضرب البسيط
reature جديد: array.mul3 (pt2) - ينطبق mul3 على جميع عناصر المصفوفة
ميزة جديدة: {atomset}. تعديل (النوع ، t):
يسلم P3 (تعديل التشرد)
منفذة فقط للنوع = & quot؛ D & quot؛ (اختياري)
اختياري t هو 0 بشكل افتراضي
إصلاح الأخطاء: التعديل لا يميز بين q و t ؛
إصلاح الأخطاء: القياسات المعدلة لا تعمل
إصلاح الأخطاء: عدم تخطي مجموعة defaultLattice & quot؛ {NaN NaN NaN} & quot؛
إصلاح الأخطاء: تفشل خريطة isosurface ذرة المدارية
إصلاح الأخطاء: لا يتم تحديث العرض الاهتزازي للتشكيل مع المسافات
إصلاح الأخطاء: يؤدي إيقاف الاهتزاز إلى تحذير غير ضروري في وحدة التحكم
علة الإصلاح: رسم symop مكسورة
إصلاح الأخطاء: تعطل array.mul (matrix3f) Jmol
إصلاح الأخطاء: حدد symop = 1555 إصلاح الأخطاء المعطلة: تعيين اختيار السحبمحدد لا يعمل
رمز: refactored CifReader ، فصل MMCifReader و MSCifReader
كود: طفيفة إعادة تسمية / إعادة بيع ديون طرق في SV
الكود: يضيف javajs.api.JSONEncodable interface:
تنفيذ بسيط للغاية في org.jmol.script.SV
يسمح بتطبيقات javajs لتقديم نتائج JSON مخصصة
ما هو الجديد في الإصدار 14.0.1:
ميزة جديدة: Jmol._j2sLoadMonitorOpacity (الإعداد الافتراضي 55)
ميزة جديدة: وظيفة load () ، كما هو الحال في تحميل الطباعة (& quot؛ xxx & quot؛) ، وقصر الملف المحلي في التطبيق الصغير:
لا توجد ملفات دليل الجذر
لا توجد ملفات بدون ملحق
لا توجد ملفات تحتوي على أي & quot؛ /. & quot؛ في الطريق
ميزة جديدة: ملفات JAR وقعت بشكل آمن
ميزة جديدة: ملفات JAR applet تتضمن JNLPs (Java Launch Launch Protocols) لتحميل الملفات المحلية
ميزة جديدة: خيارات عنوان JSmol _USE = _JAR = _J2S = تتجاوز بيانات المعلومات
ميزة جديدة: (كانت موجودة ولكن غير موثقة) quaternion الطباعة ([مجموعة من quaternions]) - إرجاع يعني كروية على غرار بوس وفلمور
ميزة جديدة: quaternion الطباعة ([مجموعة من quaternions] ، صحيح):
يعود الانحراف المعياري لوسط كروي ولوسور
الوحدات هي درجات زاوية
ميزة جديدة - قيم معامل معامل quaternion:
print quaternion (1،0،0،0)٪ & quot؛ matrix & quot؛
تتضمن الخيارات w x y z العادي eulerzxz eulerzyz vector theta axisx axisy axisz axisangle matrix
ميزة ew - تعيين celShadingPower:
يحدد قوة التظليل سيل
قيم صحيحة
الافتراضي 10 هو خط سميك
5 هو خط رفيع
0 يتحول cel shading قبالة
يعمل على وحدات بكسل استنادًا إلى مصدر عادي إلى مصدر ضوء (طاقة & gt؛ 0) أو مستخدم (طاقة & lt؛ 0)
لتعيين اللون على خلفية التباين (أسود أو أبيض) عند normal_z & lt؛ 1 - 2 ^ - (| celShadingPower | / 10)
ميزة جديدة: تقارير القراءة MMCIF _citation.title في وحدة التحكم البرمجة النصية Jmol
ميزة جديدة: تقليل SELECT {atomset} فقط - الخيار الوحيد يستثني جميع الذرات الأخرى
ميزة جديدة: تصغير {atomset} - ضمني SELECT و ONLY
ميزة جديدة - & quot؛ إضافات & quot؛ الدلائل في JSmol لبرامج JS و SPT المساهمة:
jsmol / شبيبة / تحويلة
jsmol / SPT / تحويلة
ميزة جديدة: تحميل ... filter & quot؛ ADDHYDROGENS & quot؛ - مجموعة pdbAddHydrogens المحلية فقط لأمر واحد تحميل
ميزة جديدة: قارن {1.1} {2.1} BONDS SMILES
ميزة جديدة: list = compare ({atomset1} {atomset2} & quot؛ SMILES & quot؛ & quot؛ BONDS & quot؛)
ميزة جديدة: كتابة JSON xxx.json
ميزة جديدة: [# 210] JSON {& quot؛ mol & quot؛: ...} قارئ
ميزة ew - تعيين particleRadius:
نصف قطر عالمي للذرات على قيمة نصف القطر القصوى (16.0)
الافتراضيات إلى 20.0ميزة جديدة - مرشحات CIF و PDB & quot؛ BYCHAIN & quot؛ و & quot؛ BYSYMOP & quot؛ لتفريق الفيروس:
يخلق ذرة واحدة فقط لكل سلسلة أو لكل symop
يمكن قياس حجم أكبر من الحد الأقصى من 16 Angstroms باستخدام ، على سبيل المثال:
set particleRadius 30؛
رحلة الفضاء 30 ؛ // أي رقم يزيد عن 16 عامًا هنا يستخدم particleRadius بدلاً من ذلك
ميزة جديدة: list = compare ({atomset1} {atomset2} SmartsString & quot؛ BONDS & quot؛)
ميزة جديدة: وظيفة symop () تسمح التماثل من تصفية الجزيئية البيولوجية ل PDB و MMCIF
ميزة جديدة - isosurface SYMETRY:
ينطبق المشغلين التماثل على isosurface
تقديم أكثر كفاءة وخلق
الاختيار الافتراضي هو {symop = 1} فقط
التلوين الافتراضي هو لون بواسطة symop استناداً إلى propertyColorScheme
مثال:
تحميل فلتر 1P & quot؛ جزيء حيوي 1 & quot؛
خاصية اللون
isosurface sa resolution 0.8 symmetry sasurface 0
ميزة جديدة - خاصية atom جديدة: chainNo:
بالتتابع من 1 لكل نموذج ؛
chainNo == 0 يعني & quot؛ لا يوجد سلسلة & quot؛ أو سلسلة = ''
ميزة جديدة - خاصية newColorScheme & quot؛ ودودة & quot ؛:
نظام ألوان ملائم للعمى
تستخدم في RCSDميزة جديدة: JSpecView خالية تماما جافا. يشمل 2D NMR وطباعة PDF من الأطياف
ميزة جديدة - WRITE PDF & quot؛ xxx.pdf & quot؛ الجودة و GT. 1 يطلب وضع أفقي:
يستخدم فئات إنشاء PDF مخصصة فعالة
أحجام الصورة لتناسبها إذا كانت كبيرة جدًا
ميزة جديدة: يضيف JSpecView PDF و 2 N NMR لجافا سكريبت
ميزة جديدة: تحميل & quot؛ == xxx & quot؛ FILTER & quot؛ NOIDEAL & quot؛ - تحميل المكون الكيميائي من PDB باستخدام & quot؛ nonideal & quot؛ مجموعة التنسيق
إصلاح الأخطاء: إزالة القرص المضغوط ؛ ChemDoodle قد غيرت التنسيقات ؛ استخدم JSON بدلاً من ذلك
إصلاح الأخطاء: تشير ملفات PDB و CIF إلى تجميعات مثل PAU كرقم سالب كبير
إصلاح الأخطاء: مقارنة مع عدم وجود دوران يبدأ حلقة لا نهائية
إصلاح الأخطاء: مشكلة التكرار مع التأخير (-1)
إصلاح الأخطاء: تحريك الماوس لمتصفح Chrome في جافا سكريبت
إصلاح الأخطاء: إصلاح قائمة جافا سكريبت المنبثقة لتغييرات اللغة
إصلاح الأخطاء: لا تتم معالجة مكونات جافا سكريبت الأساسية ؛ لم يتم التعرف على Jmol._debugCode
إصلاح الأخطاء: unitcell تعويض بشكل غير صحيح عن الجزيئات الحيوية. أصل غير صحيح للمحاور.
إصلاح الأخطاء: isosurface / mo FRONTONLY مكسورة
إصلاح الأخطاء: توطين اللغات معطل في جافا سكريبتإصلاح الأخطاء: قارئ ADF لا يقرأ إخراج MO من DIRAC Build 201304052106
إصلاح الأخطاء: تقارير Safari الأصفر معلومات Jmol بدلاً من طلب قبول التطبيق الصغير
- العلامة حاجة ليكون
إصلاح الأخطاء: قارئ CIF لا يتعامل مع _pdbx_struct_assembly_gen.assembly_id بشكل صحيح
- مجموعة ذرة خاطئة للتحميل = 3fsx.cif filter & quot؛ ASSEMBLY 1 & quot؛
إصلاح الأخطاء: [# 558 مشكلة التوافق مع ChemDoodle] خطأ JSmol في تعريف Number.toString ()
إصلاح الأخطاء: عجلة الفأر لا تعمل بشكل صحيح
إصلاح الأخطاء: لا يقوم برنامج التحويل البرمجي جافا سكريبت J2S بالضغط على int + = float إلى عدد صحيح
إصلاح الأخطاء: تم تعطيل خيار جافا سكريبت WEBGL
إصلاح الأخطاء: جافا سكريبت NMRC الحساب لا يصل إلى الموارد
إصلاح الأخطاء: لم يتم تنفيذ استريو JavaScript
إصلاح الأخطاء: إصلاح قارئ MOL لملف متعدد النماذج (فقط 13.3.9_dev)
علة تحديد: خطأ قارئ MOL مع تحميل APPEND - لا يستمر أرقام ذرة
إصلاح الأخطاء: قارئ التعديل CIF لا يقرأ تركيبات خطية من موجهات موجة الخلايا
إصلاح الأخطاء: قراءة CIF مع فلتر & quot؛ BIOMOLECULE 1 & quot؛ يفشل فقط في عملية الهوية
إصلاح الأخطاء: قارئ MMCIF لا يقرأ جميع خيارات _pdbx_struct_assembly_gen.oper_expressionإصلاح الأخطاء: PDB CRYST entry 1.0 1.0 1.0 90 90 90 should mean & quot؛ no unit cell & quot؛ بغض النظر عن مرشح جزيء حيوي
إصلاح الأخطاء: لا تتلاءم طبقة الإيزوسورب بشكل جيد مع الجزيئات المسطحة مثل HEM
إصلاح الأخطاء: قد تفشل عملية طباعة userfunc () (userfunc () بحد ذاتها بخير)
إصلاح الأخطاء: ضمن (الحلزون) لم يتم تطبيقه على بوليمرات C-alpha-only فقط
إصلاح الأخطاء: لم يتم تحديث _modelTitle عند تحميل ملف جديد أو ضغطه
إصلاح الأخطاء: {*}. symop.all لا يقدم المشغل التماثل بشكل مناسب
إصلاح الأخطاء: للسند الثلاثي في SMILES في عناوين URL
إصلاح الأخطاء: build.xml تفتقد إلى فصول إنشاء PDF
إصلاح الأخطاء: متابعة تحديث Java ، إضافة التحقق من المسار الصحيح للبرنامج المحلي الموقّع المحلي
إصلاح الأخطاء: {xxx} .property_xx لم يتم حفظه في الولاية (كسر 8/7/2013 مراجعة 18518)
إصلاح الأخطاء: يتم تحديث Manifests لملفات JAR التطبيقية الموقعة وغير الموقعة
إصلاح الأخطاء: الكتابة فشلت
علة الاصلاح: البرنامج النصي scriptWait () طريقة مكسورة
إصلاح الأخطاء: قد تعرض جلسة عمل PyMOL خلية الوحدة بعد قراءة الحالة المحفوظة
إصلاح الأخطاء: يفشل قارئ MMCIF لأنواع التجميع المتعددة
إصلاح الأخطاء: CIF reader & quot؛ biomolecule 1 & quot؛ ترجمة إلى & quot؛ molecular & quot؛ بدلاً من & quot؛ تجميع & quot؛إصلاح الأخطاء: مسار التحميل مع ملفات متعددة لا تعمل
إصلاح الأخطاء: لا تنغلق قائمة التطبيق الصغير لبرنامج JS بشكل صحيح عند تغيير اللغة
إصلاح الأخطاء: لم يتم تعيين سمة معرف خانة اختيار HTML
رمز: إعادة بيع ديون التطبيق / رمز appletjs. org.jmol.util.GenericApplet
كود: إعادة بيع ديون ، وتبسيط من القراء المخزنة وتدفق المدخلات مخزنة.
رمز: إعادة بناء دينا جافا سكريبت ، بناء أفضل _... xml
الكود: جافا سكريبت عدد صحيح ، طويل ، قصير ، بايت ، عائم ، مضاعف كل إعادة صياغة
رمز: توضيح GT._
التعليمات البرمجية: refactored كافة الطبقات الداخلية غير الضرورية إلى المستوى الأعلى
الكود: استخدام معزول / ModulationSet باستخدام api / JmolModulationSet
رمز - ترجمة جميع لغات التطبيق الصغير من ملفات .po العادية:
كما لجافا سكريبت بالفعل
لا حاجة لتجميع ملفات فئة لغات التطبيق الصغير
لا لغة. jar الملفات
يحتوي دليل jsmol / idioma الجديد على ملفات .po لكل من Java و HTML5
الكود: تمثيل أسرع لـ isosurface يضيف ضمنيًا & quot؛ frontonly & quot؛ مع تحديد {xxx} فقط
code: عرض أسرع isosurface ضمنيًا & quot؛ isosurfacepropertySmoothing FALSE & quot؛ في الحالات ذات الصلة (عدد صحيح)code: JmolBinary.getBufferedReaderForResource () - يدمج كافة المراجع إلى URL.getContent () و Class.getResource ()
code: يعمل JavaScript على حل مشكلة الطبقة الداخلية مع إعادة تعيين اسم المتغير
code: work-around for eval (functionName) not working in JavaScript.
كود: تجريب مع انسداد المحيط
كود: البيانات المطلوبة مطلوبة لـ Java Ju51 (January، 2014).
code: تم نقل JmolOutputChannel إلى javajs.util.OutputChannel
code: jsmol.php ثابت للسماح & quot؛ في طريقة saveFile
رمز: إعادة بيع ديزل محلل في javajs.util
code: تم نقل DSSP إلى org.jmol.dssx ، مما أدى إلى تقليل حمل JSmol الحيوي بمقدار 20 كيلوبايت
رمز: حزمة iText تخلى ، لم تعد اللجنة الوطنية للانتخابات ، كما كتبت المبدئي PDF الخاص بي
المتطلبات:
بيئة تشغيل جافا أوراكل القياسية الإصدار
لم يتم العثور على التعليقات