والمحلية الأساسية محاذاة أداة البحث في BLAST القصير هو مجموعة من برامج البحث التشابه تهدف إلى استكشاف كل من تسلسل متاح قواعد البيانات بغض النظر عما إذا كان الاستعلام البروتين أو الحمض النووي.
ويستخدم خوارزمية الكشف عن مجريات الأمور التي تسعى المحلية بدلا من التحالفات العالمية، وبالتالي فهي قادرة على الكشف عن العلاقات بين متواليات التي تشترك فقط من مناطق معزولة من التشابه.
ويمكن تشغيل محليا باسم للتنفيذ الكامل، ويمكن استخدامها لتشغيل عمليات البحث BLAST ضد وقواعد البيانات المحلية الخاصة، أو نسخ من قواعد البيانات NCBI تحميلها. تشغيله على نظام التشغيل ماك، Win32 و، LINUX، وسولاريس، IBM AIX، SGI، كومباك صندوق الاستقرار النفطي، وHP- UX النظم
ما هو الجديد في هذا الإصدار:.
التحسينات:
الوثائق المعززة، يتضمن تعليمات الإعداد مبسطة، وهي متاحة على http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK1762
واضاف لدعم الصعب اخفاء-قواعد البيانات BLAST.
تحسين أداء makeblastdb لFASTA الإدخال مع أعداد كبيرة من متواليات، وتحسين التحقق من الخطأ.
السماح أفضل الخيارات هيت والتنسيق XML لوضع Blast2Sequences
السماح تسلسل الاستعلام متعددة لpsiblast.
تسمح مواصفات أي تسلسل متعددة محاذاة تسلسل كما الربان مع حجة -in_msa psiblast.
إضافة حجة -input_type اختياري لmakeblastdb.
واضاف لدعم الاستعلام وطول الموضوع لإخراج جداول.
تحسن أداء حجة -seqidlist.
ويستخدم الحد الأدنى من عدد من الأوصاف والتحالفات الآن لجدولي والإخراج XML (بما يتفق مع سلوك التطبيقات blastall القديمة).
إصلاحات الشوائب:
Makeblastdb والمشاكل blastdbcmd مع إعراب وتخزين واسترجاع معرفات التسلسل.
في عداد المفقودين معرفات تخضع في الناتج جدولي.
Blast_formatter تجاهل -num_alignments و-num_descriptions
ويمكن إنقاذ الانفجار أرشيف تنسيق بشكل غير صحيح مع استعلامات متعددة.
أنشئت Blast_formatter اتصال شبكة لزوم لها.
لم Blast_formatter عدم حفظ إخفاء المعلومات بشكل صحيح.
Rpstblastn قد تحطم إذا بحث العديد من متواليات.
سوف megablast فهرستها يتم تشغيل في وضع متعددة الخيوط.
لم يتم تخزين عنوان الاستعلام في PSSM التي انقذت psiblast.
فشل محتمل لتشغيل في وضع متعددة الخيوط مع الاستعلامات متعددة أو تسلسل قاعدة بيانات كبيرة.
Tblastn يدير مع اخفاء قاعدة البيانات قد يغيب عن المباريات.
الناتج اقتطاع لإدخال التسلسل مع مسافات إضافية في defline
مشكلة مع ثنائيات ماكوسكس على ماكوسكس 10.5
ما هو الجديد في الإصدار 2.2.24:
يدخل BLAST الأرشيف شكل للسماح إعادة صياغة قائمة بذاتها BLAST يبحث مع blast_formatter.
وتضيف الدعم لترجمة اخفاء لينة يخضع في قواعد البيانات BLAST.
وتضيف الدعم لتنسيق الإخراج عمليات BLAST تتبع الظهير (btop).
وتضيف خيارات سطر الأوامر لblastdbcmd لإدراج قواعد البيانات BLAST المتاحة.
تحسين أداء تنسيق عمليات البحث BLAST النائية. يستخدم رمز إنهاء المستمر للخروج من ظروف الذاكرة.
إصلاح لخلل في megablast مفهرسة مع العديد من قواعد البيانات BLAST مفصولة الفضاء.
ما هو الجديد في الإصدار 2.2.19:
متغير البيئة BLASTDB الآن يدعم عدة مسارات البحث في قاعدة البيانات. عندما يكون ذلك ممكنا، يتم استخدام الجدول أصغر البروتين بحث لتحسين الأداء.
يدعم formatrpsdb الآن إنشاء قواعد بيانات أكبر من 2G.
seedtop الآن يدعم البحث مع قوائم غي.
تم تصحيح قيمة X3 لblastn / megablast.
لم يتم العثور على التعليقات