وتطوير فريق دولي من المطورين انها جهد تعاوني توزيعها على تطوير المكتبات بيثون والتطبيقات التي تلبي احتياجات الأعمال الحالية والمستقبلية في المعلوماتية الحيوية
ما هو الجديد في هذا الإصدار:.
وBio.Phylo لديها الآن بناء الشجرة وحدات الآراء، من على العمل GSoC التي كتبها ينبع يي.
سوف Bio.Entrez الآن تلقائيا تحميل وتخزين الملفات NCBI DTD جديدة للإعراب XML تحت الدليل الرئيسي للمستخدم (باستخدام ~ / .biopython على يونكس مثل أنظمة، ومبلغ APPDATA / بايو بايثون على ويندوز).
يشمل Bio.Sequencing.Applications الآن مجمع للحصول أداة سطر الأوامر samtools.
Bio.PopGen.SimCoal الآن يدعم أيضا fastsimcoal.
SearchIO hmmer3 النص، لسان hmmer3، وhmmer3-domtab الآن تدعم الانتاج من hmmer3.1b1.
يمكن BioSQL الآن استخدام حزمة الخلية موصل (المتاحة للبايثون 2 و 3 و PyPy) كبديل للMySQLdb (بايثون 2 فقط) للاتصال قاعدة بيانات MySQL.
ما هو الجديد في الإصدار 1.63:
الآن يستخدم أسلوب بيثون 3 المدمج في وظيفة المقبلة في مكان .next في iterators أسلوب بايثون 2 "(طريقة).
الإصدار الحالي إزالة شرط من المكتبة 2to3.
ما هو الجديد في الإصدار 1.62:
الإصدار الأول من بايو بايثون التي تدعم رسميا بيثون 3.
ما هو الجديد في الإصدار 1.60:
وحدة جديدة Bio.bgzf يدعم القراءة والكتابة الملفات BGZF (محظور الشكل والرمز البريدي GNU)، وهو البديل من GZIP مع وصول عشوائي كفاءة، والأكثر شيوعا تستخدم كجزء من تنسيق ملف BAM وtabix.
سوف محلل بنك الجينات / EMBL الآن تعطي تحذيرا على المواقع ميزة غير المعترف بها ويستمر تحليل (ترك المكان ميزة بأنها بلا).
يتم ترجمة Bio.PDB.MMCIFParser الآن افتراضيا (ولكن لا يزال غير متوفر تحت جايثون، PyPy أو بيثون 3).
ما هو الجديد في الإصدار 1.59:
Bio.TogoWS حدة نمطية جديدة يقدم المجمع لAPI TogoWS REST.
تم تحديث وظيفة NCBI Entrez إحضار Bio.Entrez.efetch للتعامل مع NCBI في معالجة أكثر صرامة من الحجج ID متعددة في EFetch 2.0.
ما هو الجديد في الإصدار 1.58:
واجهة وموزعي جديدة لPAML (تحليل ذو علاقة بالتطور النوعي التي كتبها القصوى احتمال) حزمة من البرامج، ودعم codeml، baseml وyn00 فضلا عن تمت إضافة الثعبان إعادة تنفيذ chi2 وكذلك وحدة Bio.Phylo.PAML.
يشمل Bio.SeqIO الآن دعم قراءة ملفات ABI (ومثل، سانجر ومثل، ملفات التتبع التسلسل الشعرية، التي تحتوي يسمى التسلسل مع الصفات PHRED).
وBio.AlignIO ومثل؛ FASTA-M10 ومثل. تم تحديث محلل للتعامل مع خطوط علامة كما هو مستخدم في مشروع قانون بيرسون FASTA النسخة 3.36.
ما هو الجديد في الإصدار 1.57:
بايو بايثون يمكن الآن تثبيتها مع نقطة.
ما هو الجديد في الإصدار 1.56:
تم تحديث وحدة Bio.SeqIO لدعم البروتين ملفات EMBL (التي تستخدم لقاعدة بيانات براءات الاختراع)، وملفات IMGT (البديل من EMBL ملف الشكل، مع مساعدة من أوري Laserson)، وملفات XML UniProt.
ما هو الجديد في الإصدار 1.55:
وكانت هناك الكثير من العمل من أجل بيثون 3 دعم (عبر النصي 2to3)، ولكن ما لم نكن كسر شيء يجب أن لا تلاحظ أي تغييرات .
من حيث الميزات الجديدة، وتسليط الضوء أكثر ما يلفت الانتباه هو أن سطر الأوامر فئات المجمع تطبيق أداة هي الآن قابلة للتنفيذ، والتي ينبغي أن يجعل من الاسهل بكثير لاستدعاء أدوات خارجية.
المتطلبات:
بيثون 2.6 أو أعلى
لم يتم العثور على التعليقات