tigreBrowser هو التعبير الجيني متصفح نموذج للحصول على نتائج من حزمة R تيغري (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html).
التركيب:
يتطلب tigreBrowser بيثون الإصدار> = 2.5. يمكن تركيبها tigreBrowser مع الأمر التالي:
بيثون setup.py تثبيت
لمزيد من المعلومات حول تثبيت وحدات بيثون (على سبيل المثال، وتركيب دون أذونات الجذر للمستخدم الحالي فقط)، انظر http://docs.python.org/install/
خادم بدء
خادم الويب المضمنة في tigreBrowser يجب أن يعمل من أجل استخدام متصفح نتيجة الفعلي.
سوف تحتاج إلى ملف قاعدة البيانات التي تم إنشاؤها بواسطة حزمة R تيغري (http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/tigre.html). تحتوي هذه الحزمة على ملف قاعدة بيانات اختبار 'database.sqlite "والتي يمكن استخدامها لاختبار tigreBrowser. تم إنشاء قاعدة بيانات الاختبار باستخدام الإرشادات والبيانات المثال المدرجة في تيغري الحزمة.
تنفيذ tigreServer.py لبدء واجهة المستخدم الرسومية من الخادم. من أجل البدء في المتصفح نتيجة لذلك، يجب على المرء أولا تحديد ملف قاعدة البيانات التي سيتم عرض النتائج. ويمكن تحقيق ذلك عن طريق تحديد "ملف قاعدة البيانات المفتوحة" واختيار ملف قاعدة البيانات. يجب أن لا يكون ملف قاعدة البيانات أذونات الكتابة. ويمكن بعد ذلك بدأ الخادم عن طريق النقر على "بدء الخادم. عند النقر عليها، تظهر التسمية تحت أزرار لإظهار URL للمتصفح النتيجة.
المتصفح نتيجة يمكن الوصول إليه الآن في هذا URL باستخدام متصفح الإنترنت العادي. إرشادات حول استخدام متصفح هي في الجزء التالي من هذا الدليل. المتصفح متوفر حتى يتم إيقاف الملقم مع زر "إيقاف الخادم.
ويمكن أيضا أن تستخدم tigreServer.py مع واجهة سطر الأوامر. بدء تشغيل البرنامج النصي مع خيار "--help" لمزيد من التفاصيل.
باستخدام متصفح
اختيار مجموعة البيانات
يحدد اختيار مجموعة البيانات التي سوف تكون النتائج واضحة في قائمة النتائج وفي أي ترتيب. يستخدم اختيار تجربة مجموعة لتحديد مجموعة من التجارب. وسيتم عرض نتائج الوحيدة من هذه التجارب في الجدولة.
التالي في اختيار مجموعة البيانات هو اختيار عامل النسخ (TF) أو مجموعة الهدف، اعتمادا على ما إذا تم تعيين المتصفح نتيجة لوضع الهدف أو منظم ترتيب التصنيف وضع (انظر التثبيت). في الهدف ترتيب الوضع، واختيار فريق العمل المتاحة وإدراج نتائج يحتوي على نتائج لأهداف مختلفة مع TF معين. في منظم ترتيب الوضع، يتم تحديد الهدف المحدد وسوف قائمة تظهر النتائج للمنظمين مختلفة.
حيث بلغ عدد النتائج يمكن أن تكون عالية، يمكن تقسيم النتائج إلى عدة صفحات. "عدد الجينات في صفحة" اختيار يمكن استخدامها لضبط عدد من النتائج أظهرت. يمكن أن تكون مفيدة لتقليل عدد النتائج في حالة تحميل الصفحة ببطء بسبب العدد الهائل من الصور.
أخيرا، يمكن تغيير الترتيب الذي يتم أظهرت النتائج مع "حسب" الاختيار. سيتم فرز نتائج تنازليا حسب معيار معين.
تصفية
النتائج يمكن أن تتم تصفيته وفقا لمعايير مختلفة. يمكن للمرء، على سبيل المثال، تظهر النتائج فقط عن الجينات التي لديها Z-درجة أعلى من عتبة معينة.
فمن الممكن الجمع بين معايير متعددة عند تصفية. "[+]" وصلة يمكن استخدامها لإضافة معيار آخر. والمعيار يمكن إزالتها أيضا باستخدام "[-]" وصلة (لا تظهر عندما يكون هناك معيار واحد فقط). عندما يتم استخدام معايير متعددة، نتيجة الجينات يجب أن تستوفي جميع المعايير التي أظهرت في القائمة.
يتم تنشيط التصفية باستخدام "تطبيق مرشحات" مربع.
تسليط الضوء
إذا الجينات في قاعدة بيانات تحتوي على بيانات تكميلية، ويمكن إبراز النتائج باستخدام تلك البيانات. وأظهرت الخيارات المتاحة تسليط الضوء مع الألوان المرتبطة بتلك الخيارات.
أعمال تسليط الضوء من خلال إظهار مربعات ملونة تحت أسماء التحقيق في القائمة نتيجة لجينات التي لها بيانات التكميلي الذي يطابق التحديد.
بحث
فمن الممكن أن نتائج الجينات نظرا البحث. أعمال البحث عن طريق كتابة فاصلة فصل قائمة أسماء الجين أو التحقيق في مربع البحث. ويمكن أيضا أن تستخدم الأسماء المستعارة الجينات كإدخال البحث.
نتائج عرض
وسوف تظهر النتائج لاختيار معين من مجموعة البيانات، والمرشحات، ويسلط الضوء على البحث عند "إرسال" النقر على زر. وبعد ذلك يتم الاستعلام عن قاعدة بيانات للنتائج التي تتناسب مع اختيار معين. "إعادة تعيين" يمكن استخدام زر لمسح كل الاختيارات وtextfields.
قائمة نتائج يحتوي على عدة أعمدة. في العمود الأول يتم عرض اسم التحقيق مع GENENAME المرتبطة التحقيق. بجانب اسم الجين، هو الرقم التعبير الجيني إذا كان أحد يعرف في قاعدة البيانات. العمود التالي يحتوي على النتائج الفعلية للجينات. يتم عرض أي بيانات التكميلي أيضا هنا. سيتم عرض أرقام التجربة جنبا إلى جنب مع القيم النتيجة.
أخيرا، المعلمات التجربة، في حالة إدخالها في قاعدة البيانات، سيتم عرض كجدول بجانب الأرقام
المتطلبات:.
بيثون
لم يتم العثور على التعليقات