DendroPy

البرمجيات قطة:
DendroPy
تفاصيل البرنامج:
الإصدار: 4.0.2 محدث
تاريخ إيداع: 20 Jul 15
ترخيص: حرر
شعبية: 43

Rating: 2.0/5 (Total Votes: 2)

ويقدم دروسا وظائف للعمل مع البيانات النشوء والتطور مثل الأشجار والمصفوفات الحرف.
كما أنها تدعم القراءة والكتابة من البيانات في مجموعة واسعة من صيغ البيانات النشوء والتطور القياسية، مثل NEXUS، NeXML، Phylip، NEWICK، FASTA، الخ ..
بالإضافة إلى ذلك، يتم توزيع البرامج النصية لأداء بعض الحسابات النشوء والتطور مفيدة كجزء من المكتبة، مثل SumTrees، الذي يلخص الدعم للانشقاقات أو بالمنظومة التي قدمها عينة الخلفي من أشجار النشوء والتطور.
يتم توسيع هناك وثائق وملفات البرنامج التعليمي في حزمة التنزيل

ما هو الجديد في هذا الإصدار:.

البنية التحتية الجديدة لشروح الفوقية: AnnotationSet والشرح.
الدعم الكامل من NeXML 0.9 تحليل البيانات الوصفية والكتابة.
get_from_url () وread_from_url () طرق تسمح الآن لقراءة البيانات من النشوء والتطور في URL.
واضاف البيولوجي وحدة التشغيل البيني (ومثل؛ dendropy.interop.gbif ومثل؛).

ما هو الجديد في الإصدار 3.12.2:

البنية التحتية الجديدة لشروح الفوقية: AnnotationSet والشرح.
الدعم الكامل من NeXML 0.9 تحليل البيانات الوصفية والكتابة.
get_from_url () وread_from_url () طرق تسمح الآن لقراءة البيانات من النشوء والتطور في URL.
واضاف البيولوجي وحدة التشغيل البيني (ومثل؛ dendropy.interop.gbif ومثل؛).

ما هو الجديد في الإصدار 3.11.0:

النصي تطبيق جديد لسلسلة من التسميات فرع من الأشجار عبر إدخال متعددة: sumlabels.py.
فئة جديدة التوافقية dendropy.interop.seqgen.SeqGen: مجمع لتسلسل جنرال دمجها في المكتبة.
وظيفة جديدة التوافقية dendropy.interop.muscle.muscle_align (): مجمع لمحاذاة العضلات.
فئة جديدة التوافقية dendropy.interop.raxml.RaxmlRunner: مجمع لRAxML.
وأضاف طريقة prune_taxa () لCharacterMatrix.
تحركت وحدات الرياضيات لsubpackage الخاصة بهم: dendropy.mathlib.
وحدة جديدة للمصفوفة وناقلات الحسابية: dendropy.mathlib.linearalg.
وحدة جديدة لحساب المسافة الإحصائي: dendropy.mathlib.distance.
عائلة Mahalanobis وظائف حساب المسافة في dendropy.mathlib.distance: squared_mahalanobis، squared_mahalanobis_1d، mahalanobis، mahalanobis_1d.

ما هو الجديد في الإصدار 3.9.0:

ميزات جديدة:
تناقضات مستقلة النشوء والتطور (PIC) التحليل يمكن الآن أن تنفذ باستخدام فئة dendropy.continuous.PhylogeneticIndependentContrasts.
تبسيط coalescent الواردة (شجرة الجينات في أنواع الأشجار) المحاكاة.
التغييرات:
الحجج الكلمات الرئيسية لas_string ()، وقد أنب write_to_path ()، write_to_file، الخ. طرق لتصبح أكثر اتساقا لNEXUS وصيغ Newick. لا تزال معتمدة كلمات السابقة، ولكن سيتم إهمال. مجموعة جديدة من الحجج الكلمات الرئيسية المدعومة يمكن أن ينظر في: المرجع: NEXUS وNewick كتابة التخصيص & # x3c؛ Customizing_Writing_NEXUS_and_Newick & # x3e. قسم.
NEXUS وNewick تنسيقات حاليا افتراضي لحالة الأحرف التسميات الأصنوفة. تحديد case_insensitive_taxon_labels = خطأ لحالة الحساسية.
علة المآزق:
قراءة حرف معشق مصفوفات لم تعد النتائج في الكتلة التالية يجري تخطي (NEXUS).
اشتعلت OverflowError عند حساب إحصاءات موجزة.

ما هو الجديد في الإصدار 3.8.0: يمكن الآن rerooted

التحف شجرة في منتصف (انظر Tree.reroot_at_midpoint ()).
الشروح (أي سمات شجرة، عقدة أو حافة الأشياء التي كان لها ومثل؛ تعليم () ومثل؛ دعاهم) ويمكن الآن أن تكتب عن التعليقات الوصفية (ومثل؛ [& الحقل = قيمة] ومثل؛) عند كتابة NEXUS / شكل NEWICK إذا كان annotations_as_comments حجة الكلمة المستخدمة.
عند قراءة في الأشجار NEXUS / شكل NEWICK، تحديد extract_comment_metadata = صحيح سيؤدي في تصريحات الوصفية التي سحبت في القاموس، مع المفاتيح للfieldnames والقيم كونها قيم الحقل.
عند قراءة البيانات شكل NEXUS، ومجموعات سيتم معالجتها بنات، ومجموعات الأحرف تحليل في CharacterDataMatrix ذات الصلة.
مجموعات الأحرف (كما، على سبيل المثال، تحليل من NEXUS SETS كتل: انظر أعلاه) يمكن تصديرها ككائنات CharacterDataMatrix الجديدة، ويتم حفظ / التلاعب / الخ. independentally.
عند كتابة في NEXUS أو NEWICK الأشكال، يمكن للwrite_item_comments حجة الكلمة (صحيح أو خطأ) السيطرة على ما اذا كانت تصريحات بمد المرتبطة العقد على الأشجار وسوف تكون مكتوبة أم لا.
فئة TopologyCounter تضاف إلى dendropy.treesum: يسمح لتتبع ترددات طوبولوجيا.
treesplits.tree_from_splits () يسمح الإنشاء والتطوير من (المخطط فقط) شجرة من مجموعة من الانقسامات.
وقد تم الآن هاجر معظم الوظائف التي تستخدم ليكون 'dendropy.treemanip "وسائل الأم من فئة dendropy.Tree. سيتم إهمال "dendropy.treemanip.
ويمكن الآن أن تكون مجردة الأشجار استنادا إلى قائمة من العلامات الأصناف لإزالة أو الاحتفاظ بها (في السابق، فإن أساليب تقبل سوى قوائم الكائنات الأصناف).

ما هو الجديد في الإصدار 3.7.1:

ميزات جديدة:
تنفيذ 'النهج العام أخذ العينات "(هارتمان وآخرون 2010: الأشجار أخذ العينات من النماذج التطورية؛ SYST بيول 49، 465-476.) طريقة محاكاة الأشجار من طراز المواليد والوفيات.
التغييرات:
الصحيحة / أسماء متسقة لبعض الوظائف الاحتمالات.
علة المآزق:
خطأ في تأكيد الكتابة فوق الملف الناتج عند استخدام SumTrees "-e '/' - تقسيم حواف 'الخيار.
إشارة شبه متحجرة قديمة وأشهب إلى 'taxa_block "تصحيح ل' taxon_set.

ما هو الجديد في الإصدار 3.7.0:

المرحلة إلى ترخيص أسلوب BSD.

ما هو الجديد في الإصدار 3.6.1:

SumTrees يعمل الآن (في الوضع المسلسل) ضمن إصدارات بيثون القديمة (أي & # x3c؛ 2.6).
إصلاحات من أجل التوافق مع بيثون 2.4.x.

ما هو الجديد في الإصدار 3.5.0: طريقة

ladderize المضافة ()، لأجل العقد في الصعود (الافتراضي) أو تنازلي (ladderize (يمين = صحيح)) النظام.
واضاف ومثل؛ وحش ملخص شجرة ومثل؛ مواصفات مخطط لمعالجة أشجار إجماع BEAST المشروح.
وأضاف حدة جديدة للتفاعل مع قواعد البيانات NCBI: dendropy.interop.ncbi.

ما هو الجديد في الإصدار 3.4:.

ez_setup.py المجمعة تحديثها لأحدث إصدار.

المتطلبات:

بيثون 2،4-3،0

برامج مماثلة

تعليقات ل DendroPy

لم يتم العثور على التعليقات
إضافة تعليق
بدوره على الصور!