وGenepidgin هو مجموعة من الأدوات التي تساعد في بيثون تقييم وتعيين جين أسماء المنتجات على & nbsp؛ هناك ثلاثة عناصر أساسية:genepidgin * أنظف *على & nbsp؛ توحد أسماء الجين في المبادئ التوجيهية تسمية UNIPROTgenepidgin * مقارنة *على & nbsp؛ يقارن مجموعتين أو أكثر من أسماء الجينgenepidgin * حدد *على & nbsp؛ يختار اسم المنتج...
وSTEPS هو عبارة عن حزمة لمحاكاة مؤشر ستوكاستيك الدقيقة لأنظمة رد فعل نشر في هندستها 3D معقدة بصورة تعسفية. لدينا خوارزمية محاكاة الأساسية هي تنفيذ SSA غيليسبي، وسعت للتعامل مع انتشار الجزيئات على عناصر من شبكة رباعي السطوح 3D.في حين وضعت أساسا لمحاكاة نماذج مفصلة لمسارات الإشارات العصبية في التشعبات وحول نقاط الاشتباك...
وTRMiner هو أداة بايثون الذي يهدف إلى القيمين البيانات العلمية على & nbsp؛. انها تسمح لتقليم بسرعة مجموعات كبيرة من المنشورات العلمية لأحكام ذات الصلة من أجل هدف التعدين معين.ويتحقق هذا في خطوتين. أولا، وtranlated النصوص على شكل سلاسل من رموز للكلمات ذات الصلة. ثانيا، يتم البحث أنماط التعبير العادية في تسلسل رمزية....
نظام المعيار المعلوماتية الحيوية هو محاولة لبناء إطار معقول الاختبار، والاختبارات، والبيانات، لتمكين المستخدمين النهائيين والموردين للتحقيق في أداء أنظمتها.ما نحاول القيام به هو خلق إطار للاختبار، ومجموعة أساسية من الاختبارات يتمكن الجميع من تحميل واستخدامها لتحقيق عناصر محددة من أداء النظم.وعلاوة على ذلك، هي مصدر...
شتادين حزمة هو مجموعة كاملة النمو التجمع تسلسل الحمض النووي (Gap4)، والتحرير، وأدوات التحليل (سبين) ليونكس، لينكس، ماكوسكس ويندوز من مايكروسوفت.على الجبهة Gap4 كانت هناك العديد من قاصر انضمامه ذات الصلةتحسينات في كيف عشرات ينضم في إيجاد ينضم الداخلية ووظيفة الزر محاذاة في تاريخ محرر.أيضا نتيجة لgap4 هي التغييرات...
AREM هو على أساس MACS (التحليل القائم على نموذج للبيانات ذات رقاقة وما يليها).ويستخدم على نطاق واسع عالية الإنتاجية تسلسل بالإضافة إلى هطول الأمطار المناعية لونين (رقاقة تسلسل) في وصف الجينوم على نطاق أنماط ملزمة عوامل النسخ، والعوامل المساعدة، معدلات الكروماتين، وغيرها من البروتينات الحمض النووي ملزم. خطوة رئيسية في...
وseriesoftubes هو خط أنابيب ممتدة لSolexa البيانات الشذرة وما يليها.حزمة الوثائق والمتطلبات:...
MetagenomeDB هي مكتبة بايثون مصممة لتخزين بسهولة، واسترداد وتعليم تسلسل metagenomic & nbsp؛ يمكنك MetagenomeDB تكون بمثابة طبقة تجريد فوق قاعدة بيانات MongoDB. أنه يوفر API لإنشاء وتعديل وربط نوعين من الكائنات، وهي سلاسل ومجموعات:على & nbsp؛ * تسلسل (الدرجة تسلسل) يمكن أن يكون يقرأ، contigs، استنساخ PCR، الخعلى &...
وختم هو وحدة بيثون أن يوفر محاذاة تسلسل على Hadoop.ختم هو من مابريديوس طلب محاذاة تسلسل البيولوجية. أنه يعمل على Hadoop (http://hadoop.apache.org) من خلال Pydoop (http://pydoop.sourceforge.net)، وهو API بيثون مابريديوس وHDFS لHadoop المتطلبات:. ...
وMISO (خليط من الأشكال الإسوية) هو إطار احتمالي مكتوبة في بيثون أن quantitates مستوى التعبير على & nbsp؛ من الجينات تقسم بدلا من البيانات RNA يليها، ويحدد الأشكال الإسوية المنظمة تفاضلي أو الإكسونات عبر العينات.عبر الاقتداء عملية توليدي التي يتم إنتاجها من الأشكال الإسوية في RNA تسلسل يقرأ، يستخدم نموذج MISO الاستدلال...
