picme هو حزمة بايثون الذي يحتوي برامج لتقدير ومؤامرة informativeness النشوء والتطور لمجموعات البيانات الكبيرة.
تركيب
في الوقت الحالي، وأسهل طريقة لتثبيت البرنامج هي:
بوابة استنساخ بوابة: //github.com/faircloth-lab/picme.git / مسار / إلى / picme
لتشغيل الاختبارات:
مؤتمر نزع السلاح / مسار / إلى / picme /
اختبار الثعبان / test_townsend_code.py
استعمال
رمز المكالمات estimate_p_i.py ملف دفعي لhyphy التي هي في قوالب /. يحتاج هذا الملف ليكون في نفس الموقف بالنسبة للأينما كنت وضعت estimate_p_i.py. إذا قمت بتثبيت يخفف على النحو الوارد أعلاه، سوف يكون على ما يرام، في الوقت الراهن.
لتشغيل:
مؤتمر نزع السلاح / مسار / إلى / picme /
الثعبان picme_compute.py Input_Folder_of_Nexus_Files / Input.tree
على & nbsp؛ - الإخراج Output_Directory
على & nbsp؛ - العهود = 32-42،88-98،95-105،164-174
على & nbsp؛ - الأوقات = 37،93،100،170
على & nbsp؛ - متعدد المعالجة
--multiprocessing هو اختياري، وبدون ذلك، سيتم تشغيل كل مكان على التوالي.
إذا كان لديك بالفعل بتشغيل النتائج المذكورة أعلاه وحفظها في مجلد الإخراج (انظر أدناه)، يمكنك استخدام سجلات معدل الموقع موجودة مسبقا بدلا من تقدير تلك مرة أخرى مع:
الثعبان picme_compute.py Input_Folder_of_Site_Rate_JSON_Files / Input.tree
على & nbsp؛ - الإخراج Output_Directory
على & nbsp؛ - العهود = 32-42،88-98،95-105،164-174
على & nbsp؛ - الأوقات = 37،93،100،170
على & nbsp؛ - متعدد المعالجة
على & nbsp؛ - معدلات الموقع
النتائج
picme يكتب النتائج إلى قاعدة بيانات SQLite في الدليل الإخراج من اختيارك. هذا الدليل أيضا يحمل ملفات سعر الموقع في شكل JSON لكل موضع مرت picme_compute.py.
يمكنك الوصول إلى النتائج في قاعدة البيانات كما يلي. لمزيد من الأمثلة، بما في ذلك التآمر، راجع وثائق
- كرنك حتى سكليتي:
على & nbsp؛ sqlite3 Output_Directory / النشوء والتطور، informativeness.sqlite
- الحصول على بيانات متكاملة لجميع العهود:
على & nbsp؛ حدد مكان، فاصل، بي من مواضع، فاصل حيث loci.id = interval.id
- الحصول على بيانات متكاملة لحقبة محددة:
على & nbsp؛ حدد مكان، فاصل، بي من مواضع، فاصل
على & nbsp؛ حيث فاصل = '95 -105 'وloci.id = interval.id.
- الحصول على عدد من مواضع وجود حد أقصى (PI) في حقب مختلفة:
على & nbsp؛ إنشاء جدول ماكس مؤقت كما حدد الهوية، وبحد أقصى (باي) كحد اقصى لكل من مجموعة الفاصلة عن الهوية.
على & nbsp؛ إنشاء تي الجدول المؤقت كما حدد interval.id، فاصل، والحد الأقصى من فترة، كحد أقصى
على & nbsp؛ حيث interval.pi = max.max.
على & nbsp؛ تحديد الفاصل الزمني، عد (*) من مجموعة تي من قبل الفاصل.
نقلا عن picme
عند استخدام picme، يرجى ذكر:
- فيركلوث قبل الميلاد، وتشانغ J، الفارو ME: picme تمكن من تحليل إنتاجية عالية من informativeness النشوء والتطور.
- تاونسند JP: التنميط informativeness النشوء والتطور. بيول منهجي. 2007، 56: 222-231.
- بركة SLK، فروست SDW، موسى SV: HyPhy: فرضية اختبار باستخدام شجرة الأنساب. المعلوماتية الحيوية 2005، 21: 676-679
المتطلبات:
بيثون
hyphy2
NumPy
SciPy
DendroPy
لم يتم العثور على التعليقات