والقوبيون هو خلق API بيثون لقراءة ملفات البيانات الثنائية باستخدام إطار إدارة البيانات القوبيون المقبل جنرال.
عادة، ويأتي هذا الدليل كجزء من حزمة القوبيون كاملة، والمتاحة من:
على & nbsp؛ المتشعب: //goby.campagnelab.org/
وتتضمن حزمة كاملة شفرة المصدر جافا. إذا قمت بتحميل هذه الحزمة من PyPI أو بعض المصادر بيثون محددة أخرى، قد كنت قد تلقيت فقط الجزء بيثون من التعليمات البرمجية.
تحذير التنمية
المكتبات القوبيون بيثون ليست ناضجة مثل تنفيذ جافا. قد يكون من أكثر عربات التي تجرها الدواب وليس المقصود بها لتوفير مجموعة كاملة من الميزات التي تم العثور عليها في إصدار جافا.
التركيب:
على & nbsp؛ 1. تأكد أن لديك بيثون 2.5 أو أحدث. إذا كنت في شك، تشغيل:
الثعبان -V
على & nbsp؛ 2. تحميل وتثبيت حزم مسبق الثعبان:
على & nbsp؛ 1. المخازن المؤقتة بروتوكول
على & nbsp؛ متاح من http://code.google.com/p/protobuf/ أو PyPI
على & nbsp؛
2. pyjavaproperties - بيثون بديل للjava.util.Properties
على & nbsp؛ متاح من http://pypi.python.org/pypi/pyjavaproperties
على & nbsp؛ 3. تثبيت حزمة القوبيون:
بيثون setup.py تثبيت
على & nbsp؛ قد تتطلب هذه الخطوة امتيازات الخارق.
الاستعمال:
يتم توفير البرامج النصية سبيل المثال لإظهار كيفية الوصول إلى محتوى الملفات القوبيون في بيثون.
ونبسب؛ * هنا هو كيفية مسح ملف المحاذاة القوبيون:
على & nbsp؛ GobyAlignmentStats.py basename
(الملفات basename.entries وbasename.header يجب الخروج).
ونبسب؛ * الأمر المقبل طباعة محتوى ملف المحاذاة كنص:
GobyAlignmentToText.py basename
ونبسب؛ * الأمر المقبل سيتم تحويل ميثاق يقرأ الملف إلى تنسيق FASTA:
-يقرأ file.compact GobyCompactToFasta.py
ونبسب؛ * الأمر المقبل طباعة إحصائيات عن مضمون ميثاق يقرأ ملف:
GobyReadsStats.py file.compact-يقرأ
المتطلبات:
بيثون
لم يتم العثور على التعليقات