edittag

البرمجيات قطة:
edittag
تفاصيل البرنامج:
الإصدار: 1.1
تاريخ إيداع: 20 Feb 15
المطور: Brant Faircloth
ترخيص: حرر
شعبية: 10

Rating: nan/5 (Total Votes: 0)

وedittag هو جمع تطبيق لتصميم مجموعات من تعديل العلامات تسلسل متري، والتحقق من علامات تسلسل التشكل لتحرير متري، ودمج علامات تسلسل لمحولات التسلسل منصة محددة والاشعال PCR. edittag يختلف عن المناهج الأخرى:
ونبسب؛ * edittag يولد أطوال التعسفية من الأكواد تسلسل تحرير المتري في أطر زمنية معقولة باستخدام المعالجة المتعددة
ونبسب؛ * edittag تنتج تحرير التسلسل المتري مجموعات العلامة مطابقة لمسافة تحرير المختارة
ونبسب؛ * edittag المستخدمة primer3 لدمج علامات تسلسل لالاشعال PCR
ونحن نقدم عدة مجموعات كبيرة من تحرير المتري علامات تسلسل تصميمها باستخدام edittag في الأشكال التالية:
ونبسب؛ * النص - وهذا الملف هو في شكل مناسب لcheck_levenshtien_distance.py
ونبسب؛ * CSV
ونبسب؛ * قاعدة بيانات SQLite
تنويه
فيركلوث قبل الميلاد، جلين TC. مجموعات كبيرة من تحديد تسلسل تحرير المتري
علامات لتسهيل واسعة النطاق مضاعفة من يقرأ من نطاق واسع
التسلسل الموازي. doi_
التركيب:
easy_install
easy_install edittag
tar.gz
package.tar.gz مجلد مشترك
القطران -xzf package.tar.gz
بيثون setup.py تثبيت
مستودع
بوابة استنساخ بوابة: //github.com/baddna/edittag.git edittag
حزمة اختيارية (PY-levenshtein)
مجلد مشترك http://pylevenshtein.googlecode.com/files/python-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
القطران -xzvf الثعبان-Levenshtein-0.10.1.tar.bz2
بيثون setup.py تثبيت
حزمة اختيارية (primer3)
إذا كنت ترغب في تصميم الاشعال دمج تحرير المتري علامات تسلسل، تحتاج إلى أولا تثبيت نسخة معدلة من primer3:
بوابة استنساخ بوابة: //github.com/baddna/mod-primer3.git
مؤتمر نزع السلاح وزارة الدفاع-primer3 / SRC
جعل
جعل تثبيت
تأكد من أن قمت بنقل ثنائيات من وزارة الدفاع-primer3 إلى موقع في المسار الخاص بك (التحرك على الأقل طويلة primer3 وprimer3_config في نفس الدليل في المسار الخاص بك). ثم يمكنك تشغيل

المتطلبات:

بيثون
NumPy
Levenshtein
وزارة الدفاع-primer3

برامج مماثلة

Geant4
Geant4

20 Feb 15

LSim
LSim

2 Jun 15

AREM
AREM

11 May 15

MetagenomeDB
MetagenomeDB

12 May 15

تعليقات ل edittag

لم يتم العثور على التعليقات
إضافة تعليق
بدوره على الصور!