وقفيصة هي عبارة عن منصة شاملة مفتوحة المصدر والذي يدمج خط أنابيب الحسابية عالية الأداء لتحديد تسلسل الممرض & nbsp؛ و توصيف في الجينومات البشرية وtranscriptomes جنبا إلى جنب مع قاعدة بيانات النتائج قابلة للوعلى شبكة الإنترنت تطبيق البرمجيات سهلة الاستخدام لإدارة، الاستعلام عن وتصور النتائج.
ابدء
سوف تحتاج إلى قاعدة بيانات مونغو دي بي، وهو 2.6+ تثبيت بيثون وأباتشي القط 6+. لمزيد من التفاصيل، وقراءة ويكي:
http://wiki.github.com/capsid/capsid/home
What هو الجديد في هذا الإصدار:
المآزق رسالة خطأ عند تشغيل الطرح والمواءمة لم يتم العثور
مزيد من العمل على إصلاح استعلامات تشغيلها لفترة طويلة
ما هو الجديد في الإصدار 1.4.2:
يزيل التبعية MongoKit
ما هو الجديد في الإصدار 1.4.1:
المآزق المؤشر مهلة للاستعلامات إحصاءات تشغيل طويل
ما هو الجديد في الإصدار 1.4.0:
ويضيف إحصاءات بينما يجري تشغيلها بدلا من كل ذلك في نهاية
يوفر معرف فريد للجينات كما رمز المستخدم
ما هو الجديد في الإصدار 1.2.7:
المآزق README
ما هو الجديد في الإصدار 1.2.6:
الطرح مرشحات من أصل تفاصيلها عند بناء معين يقرأ
ما هو جديد في الإصدار 1.2:
برامج مساعدة لإنشاء ملفات FastQ من يقرأ تفاصيلها
فائدة للعودة تقاطع الملفات FastQ
فائدة للعودة ملفات مرشح FastQ
وأضاف mapq العلم عتبة إلى الطرح
Gbloader ويمكن الآن تحميل البكتيريا والعوامل الوراثية الفطرية
يحفظ تسلسل الجينوم لقاعدة البيانات باستخدام GridFS
خفض أثر الذاكرة عند حساب إحصاءات
فرعية بدلا من استخدام os.system
يحتاج عشرات mapq مرشح لتشمل 0
ما هو جديد في الإصدار 1.1:
ويضيف دعما لنهاية الزوج يقرأ
ما هو الجديد في الإصدار 1.0.1:
واضاف لدعم التوثيق مونغو دي بي
المتطلبات:
بيثون
لم يتم العثور على التعليقات