وNeuronVisio يربط مع NEURON باستخدام واجهة بيثون NEURON جديدة.
التركيب:
لتثبيت NeuronVisio تحتاج إلى تلبية التبعيات التالية
ونبسب؛ * باي جتك
ونبسب؛ * البصرية
ونبسب؛ * matplotlib
من السهل تثبيت
أسهل طريقة للحصول على neuronvisio هي إذا كان لديك setuptools مثبتة:
easy_install neuronvisio
دون setuptools، فإنه لا يزال من السهل جدا. تحميل الملف neuronvisio.tgz من صفحة Cheeseshop neuronvisio، وuntar هو وتشغيل:
بيثون setup.py تثبيت
توثيق
وثائق متوفرة في مجلد وثيقة أو عبر الإنترنت.
بداية سريعة
هذا الرمز هو فقط لإعطاء فكرة في كيفية استخدام وحدة nrnvisio:
1. النار حتى وحدة ipython مع التبديل pylab:
على & nbsp؛ ipython -pylab # إذا كنت لا تستخدم التبديل فلن ترى أي الرسم البياني.
2. استيراد الوحدة النمطية:
& nbsp؛ من neuronvisio.controls استيراد الضوابط
على & nbsp؛ الضوابط = الضوابط ()
عند بدء nrnvisio وأطلق الموضوع. في هذا الموضوع كل عملية nrnvisio لن يحدث دون عرقلة وحدة التحكم.
وكمثال سريع التعليمات البرمجية التالية:
على & nbsp؛ 1. يخلق قسم واحد يسمى سوما
على & nbsp؛ 2. إدراج قناة Hodgkey-هكسلي وتصرف سلبي
على & nbsp؛ 3. إدراج alphaSynapse لتوفير الامفيتامين.
مثال سريع يمكن أن تكون على النحو التالي ::
من الضوابط nrnvisio.controls استيراد
ضوابط = الضوابط () # ابتداء من واجهة المستخدم الرسومية
من الخلايا العصبية استيراد ح # الحصول على HocInterpreter
سوما = h.Section () # إنشاء قسم
soma.insert ('ح ح') # إدراج قناة HH
soma.insert ('با') # إدخال تصرف سلبي
SYN = h.AlphaSynapse (0.5، ثانية = سوما) مدخلات # متشابك
syn.onset = 0.5 # عندما لاطلاق النار
syn.gmax = 0.05 # تصرف من المشبك
syn.e = 0 # إمكانية انعكاس
المزيد سبيل المثال في المعرض سبيل المثال الدليل كيفية استخدام Neuronvisio مع نموذج أكثر تعقيدا
الميزات:.
التصور 3D للنموذج مع إمكانية تغييره وقت التشغيل
إنشاء ناقلات لتسجيل أية متغيرات الحالية في القسم
التكامل Pylab لرسم مباشرة نتيجة للمحاكاة
استكشاف timecourse من أي متغير بين الوقت باستخدام مقياس ونا مميزا
واجهة المستخدم الرسومية يعمل في موضوع خاص بها لذلك فمن الممكن استخدام وحدة التحكم (ipython اقترح بشدة)
المتطلبات:
بيثون
لم يتم العثور على التعليقات